# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm09174.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1334.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1334, 992 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7890646 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8658+/-0.000204; mu= 6.1198+/- 0.011 mean_var=148.8056+/-28.971, 0's: 38 Z-trim: 194 B-trim: 345 in 1/63 Lambda= 0.105139 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|81906198|sp|Q9EP71.1|RAI14_MOUSE RecName: Full= ( 979) 6151 945.6 0 gi|108860921|sp|Q5U312.2|RAI14_RAT RecName: Full=A ( 978) 5672 873.0 0 gi|109076898|ref|XP_001089076.1| PREDICTED: simila ( 980) 5276 812.9 0 gi|31418642|gb|AAH52988.1| Retinoic acid induced 1 ( 980) 5255 809.7 0 gi|108860920|sp|Q9P0K7.2|RAI14_HUMAN RecName: Full ( 980) 5251 809.1 0 gi|7274242|gb|AAF44722.1|AF155135_1 novel retinal ( 980) 5241 807.6 0 gi|114600670|ref|XP_001151811.1| PREDICTED: retino ( 980) 5240 807.4 0 gi|109076912|ref|XP_001088962.1| PREDICTED: simila ( 983) 5210 802.9 0 gi|109076908|ref|XP_001088857.1| PREDICTED: simila ( 972) 5203 801.8 0 gi|109076910|ref|XP_001088627.1| PREDICTED: simila (1005) 5202 801.7 0 gi|32481927|gb|AAP84319.1| RAI14 isoform [Homo sap ( 983) 5185 799.1 0 gi|114600686|ref|XP_517817.2| PREDICTED: retinoic ( 973) 5171 797.0 0 gi|114600684|ref|XP_001151369.1| PREDICTED: retino (1012) 5168 796.5 0 gi|114600688|ref|XP_001151689.1| PREDICTED: retino ( 972) 5167 796.4 0 gi|114600692|ref|XP_001151622.1| PREDICTED: retino ( 979) 5166 796.2 0 gi|114600690|ref|XP_001151494.1| PREDICTED: retino ( 981) 5166 796.2 0 gi|114600696|ref|XP_001151560.1| PREDICTED: retino (1002) 5166 796.2 0 gi|76676409|ref|XP_604226.2| PREDICTED: similar to ( 968) 5154 794.4 0 gi|37039909|gb|AAQ63889.2| retinoic acid induced 1 ( 972) 5129 790.6 0 gi|73954343|ref|XP_536507.2| PREDICTED: similar to ( 979) 5125 790.0 0 gi|183223981|dbj|BAG24507.1| retinoic acid induced ( 980) 5096 785.6 0 gi|74189968|dbj|BAE24605.1| unnamed protein produc ( 789) 4938 761.5 0 gi|194223973|ref|XP_001498084.2| PREDICTED: simila ( 948) 4846 747.7 6.3e-213 gi|114600698|ref|XP_001151240.1| PREDICTED: retino ( 909) 4791 739.3 2e-210 gi|148671348|gb|EDL03295.1| retinoic acid induced ( 950) 4603 710.8 7.9e-202 gi|55249703|gb|AAH85775.1| Retinoic acid induced 1 ( 949) 4194 648.8 3.7e-183 gi|118103699|ref|XP_425003.2| PREDICTED: similar t ( 976) 4119 637.4 1e-179 gi|224090304|ref|XP_002194218.1| PREDICTED: retino ( 972) 3974 615.4 4.2e-173 gi|114600694|ref|XP_001151748.1| PREDICTED: retino ( 951) 3795 588.3 6.2e-165 gi|149584460|ref|XP_001521096.1| PREDICTED: simila ( 810) 3395 527.5 1e-146 gi|194388614|dbj|BAG60275.1| unnamed protein produ ( 659) 2917 454.9 5.9e-125 gi|67969502|dbj|BAE01100.1| unnamed protein produc ( 485) 2489 389.9 1.6e-105 gi|159155208|gb|AAI54701.1| LOC100127689 protein [ ( 970) 2103 331.6 1.1e-87 gi|160774315|gb|AAI55173.1| LOC794796 protein [Dan ( 988) 1861 294.9 1.3e-76 gi|50949277|emb|CAB43236.2| hypothetical protein [ ( 344) 1816 287.7 6.9e-75 gi|193785726|dbj|BAG51161.1| unnamed protein produ ( 296) 1547 246.8 1.2e-62 gi|123789115|sp|Q80VM7.3|ANR24_MOUSE RecName: Full ( 985) 1163 189.0 9.6e-45 gi|91207951|sp|Q8CGB3.2|UACA_MOUSE RecName: Full=U (1411) 1135 184.9 2.4e-43 gi|148694057|gb|EDL26004.1| uveal autoantigen with (1433) 1134 184.8 2.7e-43 gi|27502742|gb|AAH42415.1| Uveal autoantigen with (1413) 1124 183.3 7.6e-43 gi|148694055|gb|EDL26002.1| uveal autoantigen with (1241) 1116 182.0 1.6e-42 gi|114657884|ref|XP_001174955.1| PREDICTED: uveal (1402) 1109 181.0 3.6e-42 gi|114657882|ref|XP_510510.2| PREDICTED: uveal aut (1411) 1109 181.0 3.7e-42 gi|114657880|ref|XP_001174957.1| PREDICTED: uveal (1416) 1109 181.0 3.7e-42 gi|109081717|ref|XP_001087966.1| PREDICTED: simila (1402) 1106 180.5 5e-42 gi|109081715|ref|XP_001088091.1| PREDICTED: simila (1418) 1106 180.5 5e-42 gi|118096020|ref|XP_413937.2| PREDICTED: similar t (1416) 1105 180.4 5.6e-42 gi|149041883|gb|EDL95724.1| rCG57880, isoform CRA_ (1408) 1100 179.6 9.4e-42 gi|109484809|ref|XP_001073577.1| PREDICTED: simila (1410) 1093 178.6 2e-41 gi|119598261|gb|EAW77855.1| uveal autoantigen with (1403) 1087 177.6 3.7e-41 >>gi|81906198|sp|Q9EP71.1|RAI14_MOUSE RecName: Full=Anky (979 aa) initn: 6151 init1: 6151 opt: 6151 Z-score: 5048.6 bits: 945.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 6151; 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