# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpf00743.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1204.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1204, 1020 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7909046 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5766+/-0.000204; mu= 7.7460+/- 0.011 mean_var=128.7549+/-24.401, 0's: 36 Z-trim: 62 B-trim: 7 in 1/65 Lambda= 0.113030 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|187595282|sp|A6X8Z5.1|CDGAP_MOUSE RecName: Full (1425) 6857 1130.4 0 gi|149060496|gb|EDM11210.1| Cdc42 GTPase-activatin (1428) 6049 998.6 0 gi|74212924|dbj|BAE33406.1| unnamed protein produc (1268) 5815 960.4 0 gi|74211702|dbj|BAE29205.1| unnamed protein produc (1158) 5086 841.5 0 gi|119599979|gb|EAW79573.1| Cdc42 GTPase-activatin (1444) 4688 776.7 0 gi|114588649|ref|XP_001162142.1| PREDICTED: Cdc42 (1444) 4685 776.2 0 gi|121948919|sp|Q2M1Z3.1|CDGAP_HUMAN RecName: Full (1444) 4680 775.4 0 gi|119879517|ref|XP_593520.3| PREDICTED: similar t (1451) 4475 742.0 5.1e-211 gi|194222812|ref|XP_001502668.2| PREDICTED: simila (1452) 3471 578.3 9.9e-162 gi|74002653|ref|XP_856487.1| PREDICTED: similar to (1451) 2921 488.6 9.8e-135 gi|5020264|gb|AAD38043.1|AF151363_1 Cdc42 GTPase-a ( 820) 2770 463.7 1.7e-127 gi|221039634|dbj|BAH11580.1| unnamed protein produ (1099) 2630 441.0 1.5e-120 gi|74151529|dbj|BAE38872.1| unnamed protein produc ( 273) 1795 304.3 5.3e-80 gi|126325811|ref|XP_001369984.1| PREDICTED: simila (1475) 1306 225.2 1.9e-55 gi|74002651|ref|XP_545114.2| PREDICTED: similar to (1466) 1276 220.3 5.6e-54 gi|74210582|dbj|BAE23651.1| unnamed protein produc ( 570) 1117 194.1 1.8e-46 gi|224044025|ref|XP_002188774.1| PREDICTED: simila (1486) 998 175.0 2.5e-40 gi|118083500|ref|XP_416566.2| PREDICTED: similar t (1423) 982 172.4 1.5e-39 gi|119599980|gb|EAW79574.1| Cdc42 GTPase-activatin ( 550) 767 137.0 2.6e-29 gi|220972438|gb|EED90770.1| predicted protein [Tha (1524) 431 82.6 1.7e-12 gi|156548320|ref|XP_001602898.1| PREDICTED: simila (4629) 378 74.3 1.6e-09 gi|187020927|emb|CAP39508.1| Hypothetical protein (2035) 345 68.6 3.6e-08 gi|220976661|gb|EED94988.1| predicted protein [Tha (1964) 333 66.7 1.3e-07 gi|119414852|gb|EAW24790.1| hypothetical protein N (1169) 324 65.0 2.5e-07 gi|70878483|gb|EAN91735.1| trans-sialidase, putati (1748) 326 65.5 2.7e-07 gi|99077761|emb|CAK18547.1| cell surface flocculin (1630) 323 65.0 3.6e-07 gi|115943141|ref|XP_800520.2| PREDICTED: hypotheti (2262) 325 65.4 3.7e-07 gi|70885467|gb|EAN98284.1| trans-sialidase, putati (1519) 318 64.1 6.1e-07 gi|224056975|ref|XP_002190837.1| PREDICTED: simila (1388) 312 63.1 1.1e-06 gi|167879928|gb|EDS43311.1| conserved hypothetical (1182) 307 62.2 1.7e-06 gi|189181724|ref|NP_001121182.1| proteoglycan 4 is (1270) 307 62.3 1.8e-06 gi|189181722|ref|NP_001121181.1| proteoglycan 4 is (1311) 307 62.3 1.9e-06 gi|189181720|ref|NP_001121180.1| proteoglycan 4 is (1363) 307 62.3 1.9e-06 gi|83288393|sp|Q92954.2|PRG4_HUMAN RecName: Full=P (1404) 307 62.3 2e-06 gi|211591430|emb|CAP97660.1| Pc22g03720 [Penicilli (1373) 304 61.8 2.7e-06 gi|47227207|emb|CAG00569.1| unnamed protein produc ( 760) 300 60.9 2.8e-06 gi|221043636|dbj|BAH13495.1| unnamed protein produ ( 904) 301 61.2 2.8e-06 gi|115681537|ref|XP_001201559.1| PREDICTED: simila ( 727) 299 60.8 3e-06 gi|1572721|gb|AAB09089.1| megakaryocyte stimulatin (1404) 302 61.5 3.5e-06 gi|221041954|dbj|BAH12654.1| unnamed protein produ ( 853) 297 60.5 4.2e-06 gi|121918854|gb|EAY23620.1| ATPase, AAA family pro (1706) 299 61.1 5.7e-06 gi|134055473|emb|CAK43988.1| unnamed protein produ (1588) 297 60.7 6.7e-06 gi|194666944|ref|XP_583302.4| PREDICTED: similar t (5503) 303 62.2 8.6e-06 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 299 61.4 1.1e-05 gi|194211947|ref|XP_001915860.1| PREDICTED: simila (5559) 300 61.7 1.2e-05 gi|115679674|ref|XP_001178094.1| PREDICTED: hypoth (2192) 292 60.0 1.5e-05 gi|220679355|emb|CAX13565.1| nucleolar and coiled- (1001) 282 58.1 2.6e-05 gi|194674235|ref|XP_606494.4| PREDICTED: proteogly (1271) 280 57.9 3.9e-05 gi|157019995|gb|EAA45411.4| AGAP007563-PB [Anophel (7484) 291 60.3 4.2e-05 gi|189538813|ref|XP_001338642.2| PREDICTED: simila ( 778) 275 56.9 4.8e-05 >>gi|187595282|sp|A6X8Z5.1|CDGAP_MOUSE RecName: Full=Cdc (1425 aa) initn: 6857 init1: 6857 opt: 6857 Z-score: 6044.1 bits: 1130.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 6857; 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