# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg18407.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1537.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1537, 628 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7900257 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0917+/-0.000201; mu= 8.4291+/- 0.011 mean_var=137.2191+/-26.506, 0's: 37 Z-trim: 131 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.109488 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|110287950|sp|Q8R4C2.2|RUFY2_MOUSE RecName: Full ( 606) 3920 631.1 3.2e-178 gi|20278979|gb|AAM18673.1|AF484555_1 RUFY2 [Mus mu ( 606) 3908 629.2 1.2e-177 gi|109509387|ref|XP_001072800.1| PREDICTED: simila ( 606) 3854 620.6 4.4e-175 gi|149043917|gb|EDL97368.1| rCG60936 [Rattus norve ( 590) 3756 605.2 2e-170 gi|18266358|gb|AAL67520.1|AF461266_1 RUFY2 [Homo s ( 606) 3750 604.2 3.9e-170 gi|110287949|sp|Q8WXA3.2|RUFY2_HUMAN RecName: Full ( 655) 3748 603.9 5.1e-170 gi|119574679|gb|EAW54294.1| RUN and FYVE domain co ( 641) 3747 603.8 5.6e-170 gi|75041144|sp|Q5R5R4.1|RUFY2_PONAB RecName: Full= ( 606) 3743 603.1 8.4e-170 gi|73952767|ref|XP_536370.2| PREDICTED: similar to ( 641) 3709 597.8 3.6e-168 gi|149689926|ref|XP_001503659.1| PREDICTED: RUN an ( 641) 3709 597.8 3.6e-168 gi|194042290|ref|XP_001928219.1| PREDICTED: RUN an ( 640) 3702 596.7 7.8e-168 gi|15625568|gb|AAL04164.1|AF411980_1 Run- and FYVE ( 590) 3652 588.7 1.8e-165 gi|194679323|ref|XP_869234.3| PREDICTED: RUN and F ( 672) 3634 585.9 1.4e-164 gi|114631064|ref|XP_521496.2| PREDICTED: hypotheti ( 749) 3625 584.6 4e-164 gi|126272594|ref|XP_001369199.1| PREDICTED: simila ( 733) 3559 574.1 5.4e-161 gi|118092570|ref|XP_421568.2| PREDICTED: similar t ( 606) 3483 562.0 1.9e-157 gi|224052110|ref|XP_002190809.1| PREDICTED: simila ( 637) 3470 560.0 8.3e-157 gi|119574675|gb|EAW54290.1| RUN and FYVE domain co ( 599) 3392 547.7 4.1e-153 gi|161611426|gb|AAI55636.1| Rufy2 protein [Danio r ( 698) 3074 497.5 6e-138 gi|220678695|emb|CAX13880.1| RUN and FYVE domain c ( 698) 3066 496.2 1.4e-137 gi|220678696|emb|CAX13881.1| RUN and FYVE domain c ( 632) 3056 494.6 4e-137 gi|134025861|gb|AAI34955.1| Rufy2 protein [Danio r ( 602) 3040 492.1 2.2e-136 gi|116283416|gb|AAH17645.1| Rufy2 protein [Mus mus ( 402) 2557 415.6 1.6e-113 gi|26337621|dbj|BAC32496.1| unnamed protein produc ( 437) 2540 412.9 1.1e-112 gi|26350335|dbj|BAC38807.1| unnamed protein produc ( 437) 2539 412.8 1.2e-112 gi|118097523|ref|XP_001233376.1| PREDICTED: simila ( 598) 2523 410.4 8.6e-112 gi|118097525|ref|XP_001233395.1| PREDICTED: simila ( 606) 2521 410.1 1.1e-111 gi|194668613|ref|XP_001790275.1| PREDICTED: RUN an ( 691) 2515 409.2 2.3e-111 gi|224067769|ref|XP_002195806.1| PREDICTED: RUN an ( 692) 2506 407.8 6.1e-111 gi|73970397|ref|XP_857455.1| PREDICTED: similar to ( 601) 2505 407.6 6.2e-111 gi|126291277|ref|XP_001379084.1| PREDICTED: simila ( 705) 2495 406.1 2e-110 gi|110282993|sp|Q96T51.2|RUFY1_HUMAN RecName: Full ( 708) 2492 405.6 2.9e-110 gi|209954682|ref|NP_001094197.1| RUN and FYVE doma ( 711) 2486 404.6 5.5e-110 gi|81873872|sp|Q8BIJ7.1|RUFY1_MOUSE RecName: Full= ( 712) 2485 404.5 6.2e-110 gi|158257284|dbj|BAF84615.1| unnamed protein produ ( 600) 2483 404.1 6.8e-110 gi|73970383|ref|XP_848829.1| PREDICTED: similar to ( 600) 2482 403.9 7.6e-110 gi|13958036|gb|AAK50771.1|AF361055_1 RUFY1 [Homo s ( 600) 2482 403.9 7.6e-110 gi|11558044|emb|CAC17732.1| FYVE-finger containing ( 600) 2482 403.9 7.6e-110 gi|149726595|ref|XP_001497583.1| PREDICTED: simila ( 600) 2475 402.8 1.6e-109 gi|33340133|gb|AAQ14554.1|AF312367_1 La binding pr ( 708) 2462 400.8 7.6e-109 gi|119574678|gb|EAW54293.1| RUN and FYVE domain co ( 436) 2456 399.7 1.1e-108 gi|149412132|ref|XP_001505794.1| PREDICTED: simila ( 700) 2428 395.5 3.1e-107 gi|169642437|gb|AAI60732.1| LOC100158302 protein [ ( 599) 2363 385.1 3.5e-104 gi|154757510|gb|AAI51818.1| RUFY2 protein [Bos tau ( 431) 2351 383.1 1e-103 gi|48476351|gb|AAT44401.1| antigen MU-RMS-40.17 [H ( 376) 2331 379.8 8.5e-103 gi|12848230|dbj|BAB27878.1| unnamed protein produc ( 373) 2192 357.9 3.4e-96 gi|194376750|dbj|BAG57521.1| unnamed protein produ ( 379) 2093 342.3 1.8e-91 gi|47218705|emb|CAG05677.1| unnamed protein produc ( 765) 2053 336.3 2.2e-89 gi|73970385|ref|XP_857210.1| PREDICTED: similar to ( 566) 1949 319.7 1.6e-84 gi|89268143|emb|CAJ81796.1| RUN and FYVE domain co ( 457) 1883 309.2 1.9e-81 >>gi|110287950|sp|Q8R4C2.2|RUFY2_MOUSE RecName: Full=RUN (606 aa) initn: 3920 init1: 3920 opt: 3920 Z-score: 3355.9 bits: 631.1 E(): 3.2e-178 Smith-Waterman score: 3920; 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