Result of FASTA (ccds) for pF1KB7552
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7552, 268 aa
  1>>>pF1KB7552 268 - 268 aa - 268 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8721+/-0.000829; mu= 4.6721+/- 0.050
 mean_var=201.5314+/-41.806, 0's: 0 Z-trim(114.9): 896  B-trim: 11 in 1/50
 Lambda= 0.090345
 statistics sampled from 14448 (15438) to 14448 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.794), E-opt: 0.2 (0.474), width:  16
 Scan time:  2.740

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6146.1 SNAI2 gene_id:6591|Hs108|chr8           ( 268) 1876 256.2 1.7e-68
CCDS13423.1 SNAI1 gene_id:6615|Hs108|chr20         ( 264)  903 129.4 2.6e-30
CCDS32505.1 SNAI3 gene_id:333929|Hs108|chr16       ( 292)  837 120.8 1.1e-27
CCDS13006.1 SCRT2 gene_id:85508|Hs108|chr20        ( 307)  605 90.6 1.4e-18
CCDS6421.1 SCRT1 gene_id:83482|Hs108|chr8          ( 348)  599 89.9 2.7e-18
CCDS54214.1 ZNF177 gene_id:7730|Hs108|chr19        ( 481)  427 67.6 1.9e-11
CCDS35075.1 ZNF782 gene_id:158431|Hs108|chr9       ( 699)  428 67.9 2.2e-11
CCDS76957.1 ZNF18 gene_id:7566|Hs108|chr17         ( 548)  419 66.6 4.3e-11
CCDS32568.1 ZNF18 gene_id:7566|Hs108|chr17         ( 549)  419 66.6 4.3e-11
CCDS42496.1 ZNF846 gene_id:162993|Hs108|chr19      ( 533)  417 66.3   5e-11
CCDS45988.1 ZNF44 gene_id:51710|Hs108|chr19        ( 615)  418 66.5 5.1e-11
CCDS54223.1 ZNF44 gene_id:51710|Hs108|chr19        ( 663)  418 66.6 5.3e-11
CCDS7923.1 ZNF408 gene_id:79797|Hs108|chr11        ( 720)  416 66.3 6.8e-11
CCDS12214.1 ZNF560 gene_id:147741|Hs108|chr19      ( 790)  416 66.4 7.2e-11
CCDS12212.1 ZNF177 gene_id:7730|Hs108|chr19        ( 321)  406 64.7 9.4e-11


>>CCDS6146.1 SNAI2 gene_id:6591|Hs108|chr8                (268 aa)
 initn: 1876 init1: 1876 opt: 1876  Z-score: 1343.0  bits: 256.2 E(32554): 1.7e-68
Smith-Waterman score: 1876; 100.0% identity (100.0% similar) in 268 aa overlap (1-268:1-268)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPRSFLVKKHFNASKKPNYSELDTHTVIISPYLYESYSMPVIPQPEILSSGAYSPITVWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MPRSFLVKKHFNASKKPNYSELDTHTVIISPYLYESYSMPVIPQPEILSSGAYSPITVWT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TAAPFHAQLPNGLSPLSGYSSSLGRVSPPPPSDTSSKDHSGSESPISDEEERLQSKLSDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TAAPFHAQLPNGLSPLSGYSSSLGRVSPPPPSDTSSKDHSGSESPISDEEERLQSKLSDP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 HAIEAEKFQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDAQSRKSFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 HAIEAEKFQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDAQSRKSFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 HTLPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSCPHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 HTLPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSCPHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKK
              190       200       210       220       230       240

              250       260        
pF1KB7 YQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 YQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH
              250       260        

>>CCDS13423.1 SNAI1 gene_id:6615|Hs108|chr20              (264 aa)
 initn: 921 init1: 745 opt: 903  Z-score: 657.7  bits: 129.4 E(32554): 2.6e-30
Smith-Waterman score: 903; 54.4% identity (71.5% similar) in 274 aa overlap (1-264:1-259)

               10        20           30        40        50       
pF1KB7 MPRSFLVKKHFNASKKPNYSEL-DTHT--VIISPYLYESYSMPVIPQPEILSSGAYSPIT
       :::::::.:  . ..::::::: :..   .. .::  ... . .:: ::::.  :  :. 
CCDS13 MPRSFLVRKPSDPNRKPNYSELQDSNPEFTFQQPY-DQAHLLAAIPPPEILNPTASLPML
               10        20        30         40        50         

        60        70        80        90        100       110      
pF1KB7 VWTTAAPFHAQLPNGLSPLSGYSSSLGRVSPPPP-SDTSSKDHSGSESPISDEEERLQSK
       .: ..   .:: : . . :    :   ::.     :: .:   :   :: :     ..: 
CCDS13 IWDSVLAPQAQ-PIAWASLRLQESP--RVAELTSLSDEDSGKGSQPPSPPSPAPSSFSS-
      60        70         80          90       100       110      

        120       130       140        150            160       170
pF1KB7 LSDPHAIEAEKFQCNLCNKTYSTFSGLAK-HKQLHC-----DAQSRKSFSCKYCDKEYVS
        ..  ..:::         .:..: ::..  :::       : :.::.:.::::.:::.:
CCDS13 -TSVSSLEAE---------AYAAFPGLGQVPKQLAQLSEAKDLQARKAFNCKYCNKEYLS
          120                130       140       150       160     

              180       190       200       210       220       230
pF1KB7 LGALKMHIRTHTLPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSCPHCNRAFADRSNLRA
       :::::::::.:::::::  ::::::::::::::.::::::::::::::.:::::::::::
CCDS13 LGALKMHIRSHTLPCVCGTCGKAFSRPWLLQGHVRTHTGEKPFSCPHCSRAFADRSNLRA
         170       180       190       200       210       220     

              240       250       260         
pF1KB7 HLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH 
       :::::::::::::. :..:::::::::::.::::     
CCDS13 HLQTHSDVKKYQCQACARTFSRMSLLHKHQESGCSGCPR
         230       240       250       260    

>>CCDS32505.1 SNAI3 gene_id:333929|Hs108|chr16            (292 aa)
 initn: 862 init1: 814 opt: 837  Z-score: 610.6  bits: 120.8 E(32554): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 879; 51.4% identity (67.7% similar) in 294 aa overlap (1-265:1-289)

               10        20                  30           40       
pF1KB7 MPRSFLVKKHFNASKKPNYSELDTHTVI----------ISPYL---YESYSMPV-IPQPE
       :::::::: : .. . ::: .:.:.  :          . : :    :. :.:  .::: 
CCDS32 MPRSFLVKTH-SSHRVPNYRRLETQREINGACSACGGLVVPLLPRDKEAPSVPGDLPQPW
               10         20        30        40        50         

         50        60        70          80        90       100    
pF1KB7 ILSSGAYSPITVWTTAAPFHAQLPNGLSPL--SGYSSSLGRVSPPPPSDTSSKDHSGSES
         :: : . :..       .:   .::. :  :  .   .:..  : .:  : .:  .  
CCDS32 DRSS-AVACISLPLLPRIEEALGASGLDALEVSEVDPRASRAAIVPLKD--SLNHL-NLP
      60         70        80        90       100         110      

          110        120                   130       140       150 
pF1KB7 PISDEEERLQSKLS-DPHA-----IEAEK-------FQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHC
       :.     : .  :. : :.     . ::.       :.:  :.: : :..:::.:.::::
CCDS32 PLLVLPTRWSPTLGPDRHGAPEKLLGAERMPRAPGGFECFHCHKPYHTLAGLARHRQLHC
         120       130       140       150       160       170     

             160       170       180       190       200       210 
pF1KB7 DAQSRKSFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRTHTLPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEK
         :  . :.::::::::.::::::::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::
CCDS32 HLQVGRVFTCKYCDKEYTSLGALKMHIRTHTLPCTCKICGKAFSRPWLLQGHVRTHTGEK
         180       190       200       210       220       230     

             220       230       240       250       260        
pF1KB7 PFSCPHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH
       :..: ::.::::::::::::::::::.:::.:. :.::::::::: .:::::::   
CCDS32 PYACSHCSRAFADRSNLRAHLQTHSDAKKYRCRRCTKTFSRMSLLARHEESGCCPGP
         240       250       260       270       280       290  

>>CCDS13006.1 SCRT2 gene_id:85508|Hs108|chr20             (307 aa)
 initn: 810 init1: 582 opt: 605  Z-score: 446.9  bits: 90.6 E(32554): 1.4e-18
Smith-Waterman score: 614; 39.5% identity (59.9% similar) in 299 aa overlap (1-267:1-294)

                   10          20        30           40           
pF1KB7 MPRSFLVKK----HFNAS--KKPNYSELDTHTVIIS---PYLYESYSMPVIP-------Q
       :::::::::     :. :    :.:  :.:  :. .   :   ..:.   .:       :
CCDS13 MPRSFLVKKIKGDGFQCSGVPAPTYHPLETAYVLPGARGPPGDNGYAPHRLPPSSYDADQ
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90              
pF1KB7 PEILSSGAYSPITVWTTAAPFHAQLPNGLSPLSGYSSSLGRVSPPPPSDTSSKDH-----
          :  .   :  ..  ::: . . :.  :: :. :.   : .    .:. : :      
CCDS13 KPGLELAPAEP--AYPPAAPEEYSDPE--SPQSSLSARYFR-GEAAVTDSYSMDAFFISD
               70          80          90        100       110     

              100       110         120       130       140        
pF1KB7 ---------SGSESPISDEEERLQSKL--SDPHAIEAEKFQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQ
                .:...  : .     ..   .  .:  ...  :  :.:::.: :.:..:::
CCDS13 GRSRRRRGGGGGDAGGSGDAGGAGGRAGRAGAQAGGGHRHACAECGKTYATSSNLSRHKQ
         120       130       140       150       160       170     

      150       160       170       180       190       200        
pF1KB7 LHCDAQSRKSFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRTHTLPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHT
        : . .:. . .:  : : :::. :: ::. ::.:   : .::::::::::::::.:.::
CCDS13 THRSLDSQLARKCPTCGKAYVSMPALAMHLLTHNLRHKCGVCGKAFSRPWLLQGHMRSHT
         180       190       200       210       220       230     

      210       220       230       240       250       260        
pF1KB7 GEKPFSCPHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH
       :::::.: ::..:::::::::::.::::  :.:.:..:.:.:.  : :::: :..:  : 
CCDS13 GEKPFGCAHCGKAFADRSNLRAHMQTHSAFKHYRCRQCDKSFALKSYLHKHCEAACAKAA
         240       250       260       270       280       290     

CCDS13 EPPPPTPAGPAS
         300       

>>CCDS6421.1 SCRT1 gene_id:83482|Hs108|chr8               (348 aa)
 initn: 794 init1: 575 opt: 599  Z-score: 442.0  bits: 89.9 E(32554): 2.7e-18
Smith-Waterman score: 599; 58.0% identity (78.3% similar) in 138 aa overlap (127-264:190-327)

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB7 KDHSGSESPISDEEERLQSKLSDPHAIEAEKFQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDAQSR
                                     .  :. :.:::.: :.:..::: : . .:.
CCDS64 LGSGPGGRGGTRAGAGTEARAGPGAAGAGGRHACGECGKTYATSSNLSRHKQTHRSLDSQ
     160       170       180       190       200       210         

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB7 KSFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRTHTLPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSCP
        .  :  : : :::. :. ::. :: :   : .::::::::::::::.:.:::::::.: 
CCDS64 LARRCPTCGKVYVSMPAMAMHLLTHDLRHKCGVCGKAFSRPWLLQGHMRSHTGEKPFGCA
     220       230       240       250       260       270         

        220       230       240       250       260                
pF1KB7 HCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH        
       ::..:::::::::::.::::  :..::: :.:.:.  : :.:: ::.:            
CCDS64 HCGKAFADRSNLRAHMQTHSAFKHFQCKRCKKSFALKSYLNKHYESACFKGGAGGPAAPA
     280       290       300       310       320       330         

CCDS64 PPQLSPVQA
     340        

>>CCDS54214.1 ZNF177 gene_id:7730|Hs108|chr19             (481 aa)
 initn: 793 init1: 289 opt: 427  Z-score: 319.1  bits: 67.6 E(32554): 1.9e-11
Smith-Waterman score: 427; 34.8% identity (63.7% similar) in 204 aa overlap (68-263:224-420)

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB7 SMPVIPQPEILSSGAYSPITVWTTAAPFHAQLPNGLSPLSGYSSSLGRVSPPPPSDTSSK
                                     :.:.: .  .   :. :..::      ...
CCDS54 HLRTPTGQKFQEYEQCDMSFSLHSSCSVREQIPTGEK--GDECSDYGKISPLSVHTKTGS
           200       210       220       230         240       250 

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pF1KB7 DHSGSESPISDEEERLQSKLSDPHAIEAEK----FQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDA
        . : :   ...:. . . ::  . .....    ..:. :.:..   :.: :: . :   
CCDS54 VEEGLEC--NEHEKTFTDPLSLQNCVRTHSGEMPYECSDCGKAFIFQSSLKKHMRSHT--
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pF1KB7 QSRKSFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRTHT--LPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEK
        ..: . : .: : . . . :..: ::::   :  :: :::::. :  :: :.:::::::
CCDS54 -GEKPYECDHCGKSFSQSSHLNVHKRTHTGEKPYDCKECGKAFTVPSSLQKHVRTHTGEK
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pF1KB7 PFSCPHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLL--HKHEESGCCVAH 
       :. :  :..:: :.:.:. : ..:.  : :.:..:.:.::  : :  ::. ..:      
CCDS54 PYECSDCGKAFIDQSSLKKHTRSHTGEKPYECNQCGKSFSTGSYLIVHKRTHTGEKTYEC
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CCDS54 KECGKAFRNSSCLRVHVRTHTGEKPYKCIQCEKAFSTSTNLIMHKRIHNGQKLHE
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>>CCDS35075.1 ZNF782 gene_id:158431|Hs108|chr9            (699 aa)
 initn: 2196 init1: 287 opt: 428  Z-score: 317.7  bits: 67.9 E(32554): 2.2e-11
Smith-Waterman score: 428; 43.8% identity (72.3% similar) in 137 aa overlap (128-262:478-611)

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                                     :.:: :.:..: .::: .:.. :    ...
CCDS35 KPFECHECGKSFNYKSILIVHQRTHTGEKPFECNECGKSFSHMSGLRNHRRTHT---GER
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pF1KB7 SFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRTHT--LPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSC
        ..:  : : .   ..:. : ::::   :  :. :::::..   :.:: : ::::::..:
CCDS35 PYKCDECGKAFKLKSGLRKHHRTHTGEKPYKCNQCGKAFGQKSQLRGHHRIHTGEKPYKC
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pF1KB7 PHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH       
        ::..::...::::.: .::.  : :::..:.::: . : :. :...             
CCDS35 NHCGEAFSQKSNLRVHHRTHTGEKPYQCEECGKTFRQKSNLRGHQRTHTGEKPYECNECG
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CCDS35 KAFSEKSVLRKHQRTHTGEKPYNCNQCGEAFSQKSNLRVHQRTHTGEKPYKCDKCGRTFS
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>>CCDS76957.1 ZNF18 gene_id:7566|Hs108|chr17              (548 aa)
 initn: 629 init1: 282 opt: 419  Z-score: 312.7  bits: 66.6 E(32554): 4.3e-11
Smith-Waterman score: 419; 38.1% identity (59.8% similar) in 194 aa overlap (73-262:358-540)

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pF1KB7 SESPISDEEERLQSKLSDPHAIEAEKFQ-CNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDAQSRKSFS
         : .  ::.:  :. ..:.:  :.:.  :  :.::.   : :  :.. :    ..  :.
CCDS76 EMSTMWLEEKRETSQKGQPRAPMAQKLPTCRECGKTFYRNSQLIFHQRTHT---GETYFQ
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pF1KB7 CKYCDKEYVSLGALKMHIRTHT--LPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSCPHC
       :  : : ..  . .  : ::::   :: :  :::.::    :. : . ::::::..:: :
CCDS76 CTICKKAFLRSSDFVKHQRTHTGEKPCKCDYCGKGFSDFSGLRHHEKIHTGEKPYKCPIC
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pF1KB7 NRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH  
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CCDS76 EKSFIQRSNFNRHQRVHTGEKPYKCSHCGKSFSWSSSLDKHQRSHLGKKPFQ
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>>CCDS32568.1 ZNF18 gene_id:7566|Hs108|chr17              (549 aa)
 initn: 629 init1: 282 opt: 419  Z-score: 312.7  bits: 66.6 E(32554): 4.3e-11
Smith-Waterman score: 419; 38.1% identity (59.8% similar) in 194 aa overlap (73-262:359-541)

             50        60        70        80         90       100 
pF1KB7 PQPEILSSGAYSPITVWTTAAPFHAQLPNGLSPLSGYS-SSLGRVSPPPPSDTSSKDHSG
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CCDS32 FTEDEPGCFGEGENLPEALQNIQDEGTGEQLSPQERISEKQLGQHLPNP--------HSG
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pF1KB7 SESPISDEEERLQSKLSDPHAIEAEKFQ-CNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDAQSRKSFS
         : .  ::.:  :. ..:.:  :.:.  :  :.::.   : :  :.. :    ..  :.
CCDS32 EMSTMWLEEKRETSQKGQPRAPMAQKLPTCRECGKTFYRNSQLIFHQRTHT---GETYFQ
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pF1KB7 CKYCDKEYVSLGALKMHIRTHT--LPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSCPHC
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CCDS32 CTICKKAFLRSSDFVKHQRTHTGEKPCKCDYCGKGFSDFSGLRHHEKIHTGEKPYKCPIC
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pF1KB7 NRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH  
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CCDS32 EKSFIQRSNFNRHQRVHTGEKPYKCSHCGKSFSWSSSLDKHQRSHLGKKPFQ
       500       510       520       530       540         

>>CCDS42496.1 ZNF846 gene_id:162993|Hs108|chr19           (533 aa)
 initn: 2016 init1: 289 opt: 417  Z-score: 311.5  bits: 66.3 E(32554): 5e-11
Smith-Waterman score: 417; 40.7% identity (71.4% similar) in 140 aa overlap (128-265:394-530)

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pF1KB7 DHSGSESPISDEEERLQSKLSDPHAIEAEKFQCNLCNKTYSTFSGLAKHKQLHCDAQSRK
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CCDS42 KLYLCKACGKAFTRSSGLVLHMRTHTGEKPYECKECGKAFNNSSMLSQHVRIHT---GEK
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pF1KB7 SFSCKYCDKEYVSLGALKMHIRTHT--LPCVCKICGKAFSRPWLLQGHIRTHTGEKPFSC
        . :: : : ... ..:. :.::::    : :: :::::.:   :. :.::::::::..:
CCDS42 PYECKECGKAFTQSSGLSTHLRTHTGEKACECKECGKAFARSTNLNMHMRTHTGEKPYAC
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pF1KB7 PHCNRAFADRSNLRAHLQTHSDVKKYQCKNCSKTFSRMSLLHKHEESGCCVAH
        .:..::   . : .: .::. .: :.::.:.:.:.. : : :: ..  :   
CCDS42 KECGKAFRYSTYLNVHTRTHTGAKPYECKKCGKNFTQSSALAKHLRTKACEKT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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