Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1537
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1537, 590 aa
  1>>>pF1KSDA1537 590 - 590 aa - 590 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.6517+/-0.00169; mu= -13.6620+/- 0.100
 mean_var=514.9595+/-110.620, 0's: 0 Z-trim(108.9): 93  B-trim: 235 in 2/51
 Lambda= 0.056518
 statistics sampled from 10490 (10549) to 10490 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.324), width:  16
 Scan time:  3.400

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS81470.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10        ( 606) 3801 325.3 1.3e-88
CCDS41534.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10        ( 641) 3801 325.4 1.4e-88
CCDS34312.1 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5         ( 600) 2458 215.8 1.2e-55
CCDS4445.2 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5          ( 708) 2458 215.9 1.4e-55
CCDS60544.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10        ( 379) 2148 190.4 3.6e-48
CCDS44414.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10        ( 403) 1688 152.9 7.4e-37
CCDS75138.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4         ( 567) 1285 120.2 7.3e-27
CCDS34001.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4         ( 620) 1285 120.2 7.8e-27
CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4          ( 469) 1247 117.0 5.5e-26
CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4         ( 506) 1247 117.0 5.8e-26


>>CCDS81470.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10             (606 aa)
 initn: 3801 init1: 3801 opt: 3801  Z-score: 1704.1  bits: 325.3 E(32554): 1.3e-88
Smith-Waterman score: 3801; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:17-606)

                               10        20        30        40    
pF1KSD                 MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
                       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90       100    
pF1KSD RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
               70        80        90       100       110       120

          110       120       130       140       150       160    
pF1KSD YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
              130       140       150       160       170       180

          170       180       190       200       210       220    
pF1KSD SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
              190       200       210       220       230       240

          230       240       250       260       270       280    
pF1KSD LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
              250       260       270       280       290       300

          290       300       310       320       330       340    
pF1KSD ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
              310       320       330       340       350       360

          350       360       370       380       390       400    
pF1KSD NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
              370       380       390       400       410       420

          410       420       430       440       450       460    
pF1KSD LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
              430       440       450       460       470       480

          470       480       490       500       510       520    
pF1KSD ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
              490       500       510       520       530       540

          530       540       550       560       570       580    
pF1KSD KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
              550       560       570       580       590       600

          590
pF1KSD CSSNLP
       ::::::
CCDS81 CSSNLP
             

>>CCDS41534.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10             (641 aa)
 initn: 3801 init1: 3801 opt: 3801  Z-score: 1703.8  bits: 325.4 E(32554): 1.4e-88
Smith-Waterman score: 3801; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:52-641)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DAEGGRRGMLTRRSLATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
              30        40        50        60        70        80 

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
              90       100       110       120       130       140 

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
             150       160       170       180       190       200 

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
             210       220       230       240       250       260 

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
             270       280       290       300       310       320 

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
             330       340       350       360       370       380 

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
             390       400       410       420       430       440 

              400       410       420       430       440       450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
             450       460       470       480       490       500 

              460       470       480       490       500       510
pF1KSD KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
             510       520       530       540       550       560 

              520       530       540       550       560       570
pF1KSD EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
             570       580       590       600       610       620 

              580       590
pF1KSD VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
       ::::::::::::::::::::
CCDS41 VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
             630       640 

>>CCDS34312.1 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5              (600 aa)
 initn: 2458 init1: 2458 opt: 2458  Z-score: 1112.3  bits: 215.8 E(32554): 1.2e-55
Smith-Waterman score: 2458; 62.9% identity (88.4% similar) in 587 aa overlap (1-587:11-597)

                         10        20        30        40        50
pF1KSD           MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLS
                 : ::::: :..::::.::.::.:. :::::::::::::::::::.:::..
CCDS34 MMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSLDADHAPLQQFFVVMEHCLKHGLKVKKSFIG
               10        20        30        40        50        60

               60        70        80        90       100       110
pF1KSD YNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLI
        ::...::::::::: ::: .:..:::.:: ::: .::.:::: :::::::.::::. ::
CCDS34 QNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLPELKTAVGRGRAWLYLALMQKKLADYLKVLI
               70        80        90       100       110       120

              120       130       140       150       160       170
pF1KSD IQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKN
        .. ::::::: .:::::::: :::::::::::.:::::.:::::::::::::::.:::.
CCDS34 DNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVGLNVLDANLCLKGEDLDSQVGVIDFSLYLKD
              130       140       150       160       170       180

              180       190       200       210       220       230
pF1KSD EEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKN
        .:. . ... .:. .::::::::::::.:. ::..:....:.:::.:.:: :::. : .
CCDS34 VQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHLSCTVGDLQTKIDGLEKTNSKLQEELSAATD
              190       200       210       220       230       240

              240       250       260       270       280       290
pF1KSD NIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLR
        : .::::..::: .:.::  .... .:.:: :...::.:::..::::::::... .::.
CCDS34 RICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEITKQDTKVELETYKQTRQGLDEMYSDVWKQLK
              250       260       270       280       290       300

              300       310       320       330       340       350
pF1KSD DESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQ
       .:...: ..:.:: .:..:: :.:.:::::::: :::::::..::::::::::::..:..
CCDS34 EEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLLEKDTHEKQDTLVALRQQLEEVKAINLQMFH
              310       320       330       340       350       360

              360       370       380       390       400       410
pF1KSD KLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLS
       : :..:..:..::: :. .: :::.. ..:.:.:.:::..:.:.. ::....:  ::  .
CCDS34 KAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSMKQMEERLQHSERARQGAEERSHKLQQELGG
              370       380       390       400       410       420

              420       430       440       450       460       470
pF1KSD KSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKE
       .  .:: :.:: ..:  .:: .:: ::: ::.::..::.:::. : :: : ::. .::::
CCDS34 RIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQRQALQRELQHEKDTSSLLRMELQQVEGLKKE
              430       440       450       460       470       480

              480       490       500       510       520       530
pF1KSD FLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHC
       . .::::. .:.:: .::::::::.: .::.::::.:::::.:.::.: .:::: :::::
CCDS34 LRELQDEKAELQKICEEQEQALQEMGLHLSQSKLKMEDIKEVNQALKGHAWLKDDEATHC
              490       500       510       520       530       540

              540       550       560       570       580       590
pF1KSD KLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQRCSSNLP
       . ::::::.:.:::::::::.::::.::.::: ::: :::::::::::.::.:::::   
CCDS34 RQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPVRVCDSCHTLLLQRCSSTAS
              550       560       570       580       590       600

>>CCDS4445.2 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5               (708 aa)
 initn: 2458 init1: 2458 opt: 2458  Z-score: 1111.4  bits: 215.9 E(32554): 1.4e-55
Smith-Waterman score: 2458; 62.9% identity (88.4% similar) in 587 aa overlap (1-587:119-705)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
                                     : ::::: :..::::.::.::.:. :::::
CCDS44 AGLGGGDSGDGTARAASKCQMMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSLDADHAPLQQF
       90       100       110       120       130       140        

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
       ::::::::::::::.:::.. ::...::::::::: ::: .:..:::.:: ::: .::.:
CCDS44 FVVMEHCLKHGLKVKKSFIGQNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLPELKTAVGRGR
      150       160       170       180       190       200        

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
       ::: :::::::.::::. :: .. ::::::: .:::::::: :::::::::::.:::::.
CCDS44 AWLYLALMQKKLADYLKVLIDNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVGLNVLDANLCL
      210       220       230       240       250       260        

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
       :::::::::::::::.:::. .:. . ... .:. .::::::::::::.:. ::..:...
CCDS44 KGEDLDSQVGVIDFSLYLKDVQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHLSCTVGDLQTK
      270       280       290       300       310       320        

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
       .:.:::.:.:: :::. : . : .::::..::: .:.::  .... .:.:: :...::.:
CCDS44 IDGLEKTNSKLQEELSAATDRICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEITKQDTKVELET
      330       340       350       360       370       380        

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
       ::..::::::::... .::..:...: ..:.:: .:..:: :.:.:::::::: ::::::
CCDS44 YKQTRQGLDEMYSDVWKQLKEEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLLEKDTHEKQDT
      390       400       410       420       430       440        

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
       :..::::::::::::..:..: :..:..:..::: :. .: :::.. ..:.:.:.:::..
CCDS44 LVALRQQLEEVKAINLQMFHKAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSMKQMEERLQHS
      450       460       470       480       490       500        

              400       410       420       430       440       450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
       :.:.. ::....:  ::  ..  .:: :.:: ..:  .:: .:: ::: ::.::..::.:
CCDS44 ERARQGAEERSHKLQQELGGRIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQRQALQRELQHE
      510       520       530       540       550       560        

              460       470       480       490       500       510
pF1KSD KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
       ::. : :: : ::. .::::. .::::. .:.:: .::::::::.: .::.::::.::::
CCDS44 KDTSSLLRMELQQVEGLKKELRELQDEKAELQKICEEQEQALQEMGLHLSQSKLKMEDIK
      570       580       590       600       610       620        

              520       530       540       550       560       570
pF1KSD EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
       :.:.::.: .:::: :::::. ::::::.:.:::::::::.::::.::.::: ::: :::
CCDS44 EVNQALKGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKP
      630       640       650       660       670       680        

              580       590
pF1KSD VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
       ::::::::.::.:::::   
CCDS44 VRVCDSCHTLLLQRCSSTAS
      690       700        

>>CCDS60544.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10             (379 aa)
 initn: 2148 init1: 2148 opt: 2148  Z-score: 978.3  bits: 190.4 E(32554): 3.6e-48
Smith-Waterman score: 2148; 100.0% identity (100.0% similar) in 342 aa overlap (44-385:2-343)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KSD LSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60                              MVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIG
                                            10        20        30 

            80        90       100       110       120       130   
pF1KSD ASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAV
              40        50        60        70        80        90 

           140       150       160       170       180       190   
pF1KSD IVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 IVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYV
             100       110       120       130       140       150 

           200       210       220       230       240       250   
pF1KSD EELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKT
             160       170       180       190       200       210 

           260       270       280       290       300       310   
pF1KSD QQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 QQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEI
             220       230       240       250       260       270 

           320       330       340       350       360       370   
pF1KSD ELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKT
             280       290       300       310       320       330 

           380       390       400       410       420       430   
pF1KSD NKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDL
       ::::::::::::                                                
CCDS60 NKITAAMRQLEQSDNDLLTQTRTIAMSLVKCASSDTQDQYKLVKDISF            
             340       350       360       370                     

>>CCDS44414.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10             (403 aa)
 initn: 1668 init1: 1668 opt: 1688  Z-score: 775.2  bits: 152.9 E(32554): 7.4e-37
Smith-Waterman score: 2126; 90.9% identity (91.2% similar) in 385 aa overlap (1-385:17-367)

                               10        20        30        40    
pF1KSD                 MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
                       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90       100    
pF1KSD RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                      
CCDS44 RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGL----------------------
               70        80        90                              

          110       120       130       140       150       160    
pF1KSD YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
                   .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ------------NEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
                  100       110       120       130       140      

          170       180       190       200       210       220    
pF1KSD SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
        150       160       170       180       190       200      

          230       240       250       260       270       280    
pF1KSD LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
        210       220       230       240       250       260      

          290       300       310       320       330       340    
pF1KSD ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
        270       280       290       300       310       320      

          350       360       370       380       390       400    
pF1KSD NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                   
CCDS44 NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQSDNDLLTQTRTIAMSLVKC
        330       340       350       360       370       380      

          410       420       430       440       450       460    
pF1KSD LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
                                                                   
CCDS44 ASSDTQDQYKLVKDISF                                           
        390       400                                              

>>CCDS75138.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4              (567 aa)
 initn: 1439 init1: 1210 opt: 1285  Z-score: 595.7  bits: 120.2 E(32554): 7.3e-27
Smith-Waterman score: 1886; 53.1% identity (78.7% similar) in 588 aa overlap (1-588:22-565)

                                    10        20        30         
pF1KSD                      MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLK
                            ::::::::::::::..:::::::: ::::::::::::::
CCDS75 MRDDTEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLK
               10        20        30        40        50        60

      40        50        60        70        80        90         
pF1KSD HGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQ
       ::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :::.::::::::.::.::::::::::
CCDS75 HGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQ
               70        80        90       100       110       120

     100       110       120       130       140       150         
pF1KSD KKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQV
       ::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:.::::::::::::.:.:::::::::
CCDS75 KKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQV
              130       140       150       160       170       180

     160       170       180       190       200       210         
pF1KSD GVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNT
       ::::::::::. ..  . : . ::.::::::::::::::.::.::..:...::.::::::
CCDS75 GVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNT
              190       200       210       220       230       240

     220       230       240       250       260       270         
pF1KSD KLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLD
       :: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::              :.. .  :..: .  
CCDS75 KLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL--------------ESNRKGPKQDRTAEG
              250       260       270                     280      

     280       290       300       310       320       330         
pF1KSD EMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLE
       .  .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:::::.::::. ::::.:..:::::.
CCDS75 QALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLD
        290       300       310       320       330       340      

     340       350       360       370       380       390         
pF1KSD EVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAED
       ...:.. :.  :::.:. :.:.:.:. .:::::::...:...::::::.:::.... :: 
CCDS75 DLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQRLRQAERSRQSAEL
        350       360       370       380       390       400      

     400       410       420       430       440       450         
pF1KSD EDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRN
       ... . :.  .: .::: .. .  .:  ::: .:: ::: :      ::....  ..  .
CCDS75 DNRLFKQDFGDKINSLQLEVEELTRQRNQLELELKQEKERR------LQNDRSIPGRGSQ
        410       420       430       440             450       460

     460       470       480       490       500       510         
pF1KSD ETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGL
       .... .. :..   .:.:: .:::  .:..             .:. . . : .. :   
CCDS75 KSESKMDGKHK---MQEENVKLKKPLEESH-------------RLQPHPMDEQDQLL---
              470          480                    490       500    

     520       530       540       550       560       570         
pF1KSD VWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHA
         :..:    :.::... ::.  :. :.::.  ::.::: :::::::: :  :::. :: 
CCDS75 --LSEKPQL-CQLCQEDGSLT--KNVCKNCSGTFCDACSTNELPLPSSIKLERVCNPCHK
                510         520       530       540       550      

     580       590
pF1KSD LLIQRCSSNLP
        :... :..  
CCDS75 HLMKQYSTSPS
        560       

>>CCDS34001.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4              (620 aa)
 initn: 1439 init1: 1210 opt: 1285  Z-score: 595.2  bits: 120.2 E(32554): 7.8e-27
Smith-Waterman score: 1886; 53.1% identity (78.7% similar) in 588 aa overlap (1-588:75-618)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
                                     ::::::::::::::..:::::::: :::::
CCDS34 LDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQF
           50        60        70        80        90       100    

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
       :::::::::::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :::.::::::::.::.:
CCDS34 FVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGR
          110       120       130       140       150       160    

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
       :::::::::::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:.::::::::::::.:.
CCDS34 AWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCM
          170       180       190       200       210       220    

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
       :::::::::::::::::::. ..  . : . ::.::::::::::::::.::.::..:...
CCDS34 KGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAK
          230       240       250       260       270       280    

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
       ::.:::::::: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::              :.. . 
CCDS34 VDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL--------------ESNRKG
          290       300       310       320                     330

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
        :..: .  .  .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:::::.::::. ::::.
CCDS34 PKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDA
              340       350       360       370       380       390

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
       :..:::::....:.. :.  :::.:. :.:.:.:. .:::::::...:...::::::.::
CCDS34 LVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQRLRQA
              400       410       420       430       440       450

              400       410       420       430       440       450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
       :.... :: ... . :.  .: .::: .. .  .:  ::: .:: ::: :      ::..
CCDS34 ERSRQSAELDNRLFKQDFGDKINSLQLEVEELTRQRNQLELELKQEKERR------LQND
              460       470       480       490       500          

              460       470       480       490       500       510
pF1KSD KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
       ..  ..  ..... .. :..   .:.:: .:::  .:..             .:. . . 
CCDS34 RSIPGRGSQKSESKMDGKHK---MQEENVKLKKPLEESH-------------RLQPHPMD
          510       520          530       540                     

              520       530       540       550       560       570
pF1KSD EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
       : .. :     :..:    :.::... ::.  :. :.::.  ::.::: :::::::: : 
CCDS34 EQDQLL-----LSEKPQL-CQLCQEDGSLT--KNVCKNCSGTFCDACSTNELPLPSSIKL
      550            560        570         580       590       600

              580       590
pF1KSD VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
        :::. ::  :... :..  
CCDS34 ERVCNPCHKHLMKQYSTSPS
              610       620

>>CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4               (469 aa)
 initn: 1338 init1: 1210 opt: 1247  Z-score: 580.0  bits: 117.0 E(32554): 5.5e-26
Smith-Waterman score: 1563; 63.6% identity (87.0% similar) in 385 aa overlap (1-385:75-445)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
                                     ::::::::::::::..:::::::: :::::
CCDS35 LDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQF
           50        60        70        80        90       100    

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
       :::::::::::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :::.::::::::.::.:
CCDS35 FVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGR
          110       120       130       140       150       160    

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
       :::::::::::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:.::::::::::::.:.
CCDS35 AWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCM
          170       180       190       200       210       220    

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
       :::::::::::::::::::. ..  . : . ::.::::::::::::::.::.::..:...
CCDS35 KGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAK
          230       240       250       260       270       280    

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
       ::.:::::::: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::              :.. . 
CCDS35 VDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL--------------ESNRKG
          290       300       310       320                     330

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
        :..: .  .  .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:::::.::::. ::::.
CCDS35 PKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDA
              340       350       360       370       380       390

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
       :..:::::....:.. :.  :::.:. :.:.:.:. .:::::::...:...::::     
CCDS35 LVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQSEKDL
              400       410       420       430       440       450

              400       410       420       430       440       450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
                                                                   
CCDS35 VKQAKTLNSAANKLIPKHH                                         
              460                                                  

>>CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4              (506 aa)
 initn: 1307 init1: 1210 opt: 1247  Z-score: 579.6  bits: 117.0 E(32554): 5.8e-26
Smith-Waterman score: 1570; 63.7% identity (87.0% similar) in 386 aa overlap (1-386:135-506)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
                                     ::::::::::::::..:::::::: :::::
CCDS47 SYPSGGGGSSGSGKHHPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQF
          110       120       130       140       150       160    

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
       :::::::::::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :::.::::::::.::.:
CCDS47 FVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGR
          170       180       190       200       210       220    

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
       :::::::::::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:.::::::::::::.:.
CCDS47 AWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCM
          230       240       250       260       270       280    

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
       :::::::::::::::::::. ..  . : . ::.::::::::::::::.::.::..:...
CCDS47 KGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAK
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