Result of FASTA (ccds) for pFN21AB0475
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB0475, 517 aa
  1>>>pF1KB0475 517 - 517 aa - 517 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9868+/-0.000889; mu= 11.5557+/- 0.054
 mean_var=145.7596+/-30.300, 0's: 0 Z-trim(110.5): 109  B-trim: 4 in 2/52
 Lambda= 0.106232
 statistics sampled from 11526 (11647) to 11526 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.358), width:  16
 Scan time:  3.040

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11        ( 517) 3505 549.1 4.5e-156
CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11        ( 458) 2272 360.0 3.2e-99
CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11        ( 352) 2249 356.4   3e-98
CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3       ( 487)  747 126.3 7.6e-29
CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3        ( 549)  718 121.9 1.8e-27
CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3       ( 366)  709 120.4 3.5e-27
CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 392)  650 111.4 1.9e-24
CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 417)  650 111.4   2e-24
CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 372)  633 108.8 1.1e-23
CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 364)  615 106.0 7.5e-23
CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19       ( 479)  614 106.0   1e-22
CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19       ( 538)  569 99.1 1.3e-20
CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1        ( 510)  542 94.9 2.3e-19


>>CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11             (517 aa)
 initn: 3505 init1: 3505 opt: 3505  Z-score: 2915.4  bits: 549.1 E(32554): 4.5e-156
Smith-Waterman score: 3505; 100.0% identity (100.0% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-517)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB0 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB0 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB0 DSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       
pF1KB0 YGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSFISKKEWYV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 YGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSFISKKEWYV
              490       500       510       

>>CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11             (458 aa)
 initn: 2276 init1: 2250 opt: 2272  Z-score: 1894.9  bits: 360.0 E(32554): 3.2e-99
Smith-Waterman score: 2279; 76.4% identity (83.7% similar) in 479 aa overlap (1-477:1-454)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB0 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: :     :..:   : .   . : :
CCDS84 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEKPR----PQRG--LGSAARLLAGTV
              310       320       330           340         350    

              370       380       390       400       410          
pF1KB0 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHP-PMAQNLQYP
       :  ..:.:..:  .     :....         .. : : ..    . .: :  :.   :
CCDS84 A--VFLILVAVLTVFFLYNRQQKS-------PPETDGAGTDQPLSQKPEPSPSRQSSLVP
            360       370              380       390       400     

     420       430       440       450       460        470        
pF1KB0 DDSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYF-TVDEAEARQ
       .: .   .  :  : . ..:::. .       :..   : ::  ..  :  .:  .: : 
CCDS84 EDIQ-VVHLDP--GRQQQQEEEDLQ-------KLSLQPPYYDLGVSPSYHPSVRTTEPRG
          410         420              430       440       450     

      480       490       500       510       
pF1KB0 DGYGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSFISKKEWYV
                                              
CCDS84 ECP                                    
                                              

>>CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11             (352 aa)
 initn: 2249 init1: 2249 opt: 2249  Z-score: 1877.3  bits: 356.4 E(32554): 3e-98
Smith-Waterman score: 2249; 96.8% identity (97.1% similar) in 349 aa overlap (1-349:1-349)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB0 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::: :     : .   ::           
CCDS84 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITAFCQLIYPGKGRTRARMF        
              310       320       330       340       350          

              370       380       390       400       410       420
pF1KB0 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPD

>>CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3            (487 aa)
 initn: 658 init1: 308 opt: 747  Z-score: 631.4  bits: 126.3 E(32554): 7.6e-29
Smith-Waterman score: 755; 33.2% identity (63.2% similar) in 419 aa overlap (44-448:48-448)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KB0 WGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSVKITQVTWQKSTNG
                                     : .: :.: .     .  :::..:.:  . 
CCDS58 RGPLLPRSFSGNPRALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIEV---NETITQISWEKIHGK
        20        30        40        50           60        70    

            80        90       100       110       120       130   
pF1KB0 SKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEGVYICEFATFPTGN
       :.:.::...:..: :: . :. :: :   :..:.:: :  . . : : :::. .::: ::
CCDS58 SSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGN
           80        90       100       110       120       130    

           140        150       160       170       180       190  
pF1KB0 RESQLNLTVMAKPT-NWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPPSVVSWETRLKGE
        .:. ..::...:: . :.: ....    : .. : .: : .:.::: . ..::  : ::
CCDS58 AQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLI---DGGNETV-AAICIAATGKPVAHIDWEGDL-GE
          140       150          160        170       180          

            200       210       220       230         240       250
pF1KB0 AEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-MDR-FKESLTLNVQYEPEVT
        :      :: :.:.::.:.: :.: :. . ..:.:..  ... .. :. :..:: :::.
CCDS58 MESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPALEKDIRYSFILDIQYAPEVS
     190       200       210       220       230       240         

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pF1KB0 IEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTLFFKGPINYSL
       . :.::::.. :  :.: :.::::::  .  :. :.:. : :. :.. :: :  :.... 
CCDS58 VTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPDGLLASDNTLHFVHPLTFNY
     250       260       270       280       290       300         

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pF1KB0 AGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGVAGSILLVLIV
       .:.:::..:: .: :: :  . :.. :.        .... .  :. :.: :..: ..:.
CCDS58 SGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDVPF--------KQTSSI--AVAGAVIGAVLALFII
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pF1KB0 VGGIVVAL--RRRRHTF--KGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPDDSD-DE
       .  ..: :  :..: ..  :       :     : . . :  .  . :  . : ...  :
CCDS58 AIFVTVLLTPRKKRPSYLDKVIDLPPTHKPPPLYEERSPPLPQKDLFQPEHLPLQTQFKE
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pF1KB0 KKAGPLGGS------SYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQD
       ...: :  :      :.. :.:.  :  :                               
CCDS58 REVGNLQHSNGLNSRSFDYEDENPVGEDGIQQMYPLYNQMCYQDRSPGKHHQNNDPKRVY
     420       430       440       450       460       470         

>>CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3             (549 aa)
 initn: 786 init1: 308 opt: 718  Z-score: 606.6  bits: 121.9 E(32554): 1.8e-27
Smith-Waterman score: 833; 32.8% identity (60.3% similar) in 527 aa overlap (25-517:52-549)

                     10        20        30        40        50    
pF1KB0       MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFA
                                     : :. .  . :.  . .  : .: :.: . 
CCDS29 ASLLGAGLLLQPPTPPPLLLLLFPLLLFSRLCGALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIE
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pF1KB0 NPLPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRL
           .  :::..:.:  . :.:.::...:..: :: . :. :: :   :..:.:: :  .
CCDS29 ---VNETITQISWEKIHGKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNI
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pF1KB0 ELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPT-NWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT
        . : : :::. .::: :: .:. ..::...:: . :.: ....    : .. : .: : 
CCDS29 GFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLI---DGGNETV-AAICI
      140       150       160       170       180           190    

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pF1KB0 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-M
       .:.::: . ..::  : :: :      :: :.:.::.:.: :.: :. . ..:.:..  .
CCDS29 AATGKPVAHIDWEGDL-GEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPAL
          200       210        220       230       240       250   

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pF1KB0 DR-FKESLTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPK
       .. .. :. :..:: :::.. :.::::.. :  :.: :.::::::  .  :. :.:. : 
CCDS29 EKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPD
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pF1KB0 GVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYT----PSPPEHGR
       :. :.. :: :  :.... .:.:::..:: .: :: :  . :.. : :    :.   :  
CCDS29 GLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDPPTTTTLQPTIQWHPS
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pF1KB0 RAG-----------PVP-------------TAIIGGVAGSILLVLIVVGGIVVALRRRRH
        :            : :             : : . :.:....::. : . .   :::: 
CCDS29 TADIEDLATEPKKLPFPLSTLATIKDDTIATIIASVVGGALFIVLVSVLAGIFCYRRRR-
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pF1KB0 TFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQ-YPDDSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEE
       ::.::: .:...  . ..: .  :    . ..:. :::.   :.: .:...   ..  ::
CCDS29 TFRGDYFAKNYIPPSDMQKES--QIDVLQQDELDSYPDSVKKENK-NPVNNLIRKDYLEE
            440       450         460       470        480         

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pF1KB0 EEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDGYGDRTLGYQY-DPEQLDLAEN-
        :       :.   . .  .  .::.          : : :  .:... . :. :  :. 
CCDS29 PE-------KTQWNNVENLNRFERPM----------DYYEDLKMGMKFVSDEHYDENEDD
     490              500                 510       520       530  

              510       
pF1KB0 MVSQNDGSFISKKEWYV
       .::. ::: ::..::::
CCDS29 LVSHVDGSVISRREWYV
            540         

>>CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3            (366 aa)
 initn: 658 init1: 308 opt: 709  Z-score: 601.5  bits: 120.4 E(32554): 3.5e-27
Smith-Waterman score: 709; 36.8% identity (67.6% similar) in 315 aa overlap (25-336:52-358)

                     10        20        30        40        50    
pF1KB0       MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFA
                                     : :. .  . :.  . .  : .: :.: . 
CCDS58 ASLLGAGLLLQPPTPPPLLLLLFPLLLFSRLCGALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIE
              30        40        50        60        70        80 

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pF1KB0 NPLPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRL
           .  :::..:.:  . :.:.::...:..: :: . :. :: :   :..:.:: :  .
CCDS58 V---NETITQISWEKIHGKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNI
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pF1KB0 ELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPT-NWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT
        . : : :::. .::: :: .:. ..::...:: . :.: ....    : .. : .: : 
CCDS58 GFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLI---DGGNETV-AAICI
      140       150       160       170       180           190    

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pF1KB0 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-M
       .:.::: . ..::  : :: :      :: :.:.::.:.: :.: :. . ..:.:..  .
CCDS58 AATGKPVAHIDWEGDL-GEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPAL
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pF1KB0 DR-FKESLTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPK
       .. .. :. :..:: :::.. :.::::.. :  :.: :.::::::  .  :. :.:. : 
CCDS58 EKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPD
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pF1KB0 GVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGP
       :. :.. :: :  :.... .:.:::..:: .: :: :  . :. .               
CCDS58 GLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISAYNSVASLNC       
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pF1KB0 VPTAIIGGVAGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPP

>>CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (392 aa)
 initn: 469 init1: 183 opt: 650  Z-score: 552.3  bits: 111.4 E(32554): 1.9e-24
Smith-Waterman score: 655; 34.4% identity (63.3% similar) in 381 aa overlap (6-374:1-363)

               10           20        30        40        50       
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGL---ALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP-
            .: : .  : :   :: . ..  ::. . :::.  .. ::.: .:.: : .  : 
CCDS46      MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPN
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pF1KB0 LPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEF----LRPSFTDGTIRLS
       .  ....:.:: .  .: . ..:... ..: :      .:.::    :   . ....:. 
CCDS46 MEVTHVSQLTWAR--HGESGSMAVFHQTQGPSY--SESKRLEFVAARLGAELRNASLRMF
          60          70        80          90       100       110 

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pF1KB0 RLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATC
        :..:::: : : :.::: :.:  .. : :.::: :  :  .. : .     . : .: :
CCDS46 GLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTG-----EPVPMARC
             120       130       140       150            160      

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pF1KB0 TSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH
       .:..:.::. ..:.. : :  . ... .  .::::: : . :::: ..  ....: :...
CCDS46 VSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHE
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pF1KB0 MDRFKESLTLN--VQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL
         .  . ::.:  : : :::.: :.:.:::: . .. ::: : .::  : :.:.:  : :
CCDS46 SFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPL
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pF1KB0 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRA
       :  . ::.  :... :..  .  : ::..:: .:.:.... :.. : :    : ::   .
CCDS46 PPFAVAQGAQLLIR-PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGP----PSEH---S
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pF1KB0 GPVPTAIIGGVAGSILLVLIVVG-GIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQH
       :   .:::  : : ::. ::..: ::                                  
CCDS46 GMSRNAIIFLVLG-ILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSEHHQSCRN     
      340       350        360       370       380       390       

>>CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (417 aa)
 initn: 469 init1: 183 opt: 650  Z-score: 551.9  bits: 111.4 E(32554): 2e-24
Smith-Waterman score: 655; 34.4% identity (63.3% similar) in 381 aa overlap (6-374:1-363)

               10           20        30        40        50       
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGL---ALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP-
            .: : .  : :   :: . ..  ::. . :::.  .. ::.: .:.: : .  : 
CCDS12      MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPN
                    10        20        30        40        50     

         60        70        80        90           100       110  
pF1KB0 LPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEF----LRPSFTDGTIRLS
       .  ....:.:: .  .: . ..:... ..: :      .:.::    :   . ....:. 
CCDS12 MEVTHVSQLTWAR--HGESGSMAVFHQTQGPSY--SESKRLEFVAARLGAELRNASLRMF
          60          70        80          90       100       110 

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB0 RLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATC
        :..:::: : : :.::: :.:  .. : :.::: :  :  .. : .     . : .: :
CCDS12 GLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTG-----EPVPMARC
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pF1KB0 TSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH
       .:..:.::. ..:.. : :  . ... .  .::::: : . :::: ..  ....: :...
CCDS12 VSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHE
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pF1KB0 MDRFKESLTLN--VQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL
         .  . ::.:  : : :::.: :.:.:::: . .. ::: : .::  : :.:.:  : :
CCDS12 SFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPL
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pF1KB0 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRA
       :  . ::.  :... :..  .  : ::..:: .:.:.... :.. : :    : ::   .
CCDS12 PPFAVAQGAQLLIR-PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGP----PSEH---S
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     350       360       370        380       390       400        
pF1KB0 GPVPTAIIGGVAGSILLVLIVVG-GIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQH
       :   .:::  : : ::. ::..: ::                                  
CCDS12 GMSRNAIIFLVLG-ILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVS
      340       350        360       370       380       390       

>>CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (372 aa)
 initn: 424 init1: 202 opt: 633  Z-score: 538.5  bits: 108.8 E(32554): 1.1e-23
Smith-Waterman score: 633; 33.6% identity (63.5% similar) in 351 aa overlap (6-345:1-337)

               10           20        30        40        50       
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGL---ALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP-
            .: : .  : :   :: . ..  ::. . :::.  .. ::.: .:.: : .  : 
CCDS46      MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPN
                    10        20        30        40        50     

         60        70        80        90           100       110  
pF1KB0 LPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEF----LRPSFTDGTIRLS
       .  ....:.:: .  .: . ..:... ..: :      .:.::    :   . ....:. 
CCDS46 MEVTHVSQLTWAR--HGESGSMAVFHQTQGPSY--SESKRLEFVAARLGAELRNASLRMF
          60          70        80          90       100       110 

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pF1KB0 RLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATC
        :..:::: : : :.::: :.:  .. : :.::: :  :  .. : .     . : .: :
CCDS46 GLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTG-----EPVPMARC
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pF1KB0 TSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH
       .:..:.::. ..:.. : :  . ... .  .::::: : . :::: ..  ....: :...
CCDS46 VSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHE
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pF1KB0 MDRFKESLTLN--VQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL
         .  . ::.:  : : :::.: :.:.:::: . .. ::: : .::  : :.:.:  : :
CCDS46 SFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPL
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pF1KB0 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRA
       :  . ::.  :... :..  .  : ::..:: .:.:.... :.. : :    : ::    
CCDS46 PPFAVAQGAQLLIR-PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGP----PSEHSGTE
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pF1KB0 GPVPTAIIGGVAGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHH
                                                                   
CCDS46 HASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR                             
             350       360       370                               

>>CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (364 aa)
 initn: 458 init1: 183 opt: 615  Z-score: 523.7  bits: 106.0 E(32554): 7.5e-23
Smith-Waterman score: 615; 33.3% identity (64.3% similar) in 339 aa overlap (6-333:1-329)

               10           20        30        40        50       
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGL---ALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP-
            .: : .  : :   :: . ..  ::. . :::.  .. ::.: .:.: : .  : 
CCDS46      MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPN
                    10        20        30        40        50     

         60        70        80        90           100       110  
pF1KB0 LPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEF----LRPSFTDGTIRLS
       .  ....:.:: .  .: . ..:... ..: :      .:.::    :   . ....:. 
CCDS46 MEVTHVSQLTWAR--HGESGSMAVFHQTQGPSY--SESKRLEFVAARLGAELRNASLRMF
          60          70        80          90       100       110 

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB0 RLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATC
        :..:::: : : :.::: :.:  .. : :.::: :  :  .. : .     . : .: :
CCDS46 GLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTG-----EPVPMARC
             120       130       140       150            160      

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pF1KB0 TSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH
       .:..:.::. ..:.. : :  . ... .  .::::: : . :::: ..  ....: :...
CCDS46 VSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHE
        170       180       190       200       210       220      

             240         250       260       270       280         
pF1KB0 MDRFKESLTLN--VQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL
         .  . ::.:  : : :::.: :.:.:::: . .. ::: : .::  : :.:.:  : :
CCDS46 SFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPL
        230       240       250       260       270       280      

     290       300       310       320       330       340         
pF1KB0 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRA
       :  . ::.  :... :..  .  : ::..:: .:.:.... :..                
CCDS46 PPFAVAQGAQLLIR-PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKGTEHASASANGHVSY
        290       300        310       320       330       340     

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pF1KB0 GPVPTAIIGGVAGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHH
                                                                   
CCDS46 SAVSRENSSSQDPQTEGTR                                         
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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