Result of FASTA (omim) for pFN21AB6125
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6125, 586 aa
  1>>>pF1KB6125 586 - 586 aa - 586 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5542+/-0.00056; mu= -11.2317+/- 0.034
 mean_var=463.6932+/-100.156, 0's: 0 Z-trim(116.7): 176  B-trim: 429 in 1/56
 Lambda= 0.059561
 statistics sampled from 27939 (28116) to 27939 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.33), width:  16
 Scan time:  9.190

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_005564 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isoform 1 ( 586) 3673 331.1 6.4e-90
NP_001185486 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isofor ( 376) 2373 219.2   2e-56
NP_001269555 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 614) 2020 189.1 3.8e-47
NP_733821 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17667 ( 664) 2020 189.1   4e-47
NP_001269554 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 572) 2016 188.7 4.5e-47
NP_005563 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17667 ( 572) 2016 188.7 4.5e-47
NP_733822 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17667 ( 634) 1960 183.9 1.4e-45
NP_116126 (OMIM: 150341,608709,616540) lamin-B2 [H ( 620) 1692 160.9 1.2e-38
NP_001269553 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 491) 1595 152.4 3.2e-36
XP_011507835 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 552) 1594 152.4 3.7e-36
NP_001244303 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 574) 1594 152.4 3.8e-36
XP_011507836 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 456)  867 89.8   2e-17
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470)  446 53.7 1.6e-06
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432)  437 52.9 2.6e-06
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431)  428 52.1 4.5e-06
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438)  428 52.1 4.5e-06
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472)  428 52.1 4.8e-06
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470)  418 51.3 8.6e-06
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471)  416 51.1 9.7e-06
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466)  404 50.1   2e-05
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466)  404 50.1   2e-05
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916)  386 48.8 9.2e-05
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639)  379 48.1 0.00011
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499)  370 47.2 0.00016
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458)  369 47.1 0.00016
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483)  369 47.1 0.00016
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483)  369 47.1 0.00016
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511)  369 47.1 0.00017
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543)  368 47.0 0.00019
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472)  365 46.7  0.0002
NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452)  360 46.3 0.00026
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456)  359 46.2 0.00028
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644)  362 46.6  0.0003
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448)  355 45.8 0.00035
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449)  355 45.8 0.00036
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638)  358 46.3 0.00038
NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422)  353 45.6 0.00038
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529)  349 45.4 0.00057
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420)  345 45.0 0.00062
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924)  354 46.1 0.00062
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020)  353 46.0  0.0007
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513)  345 45.0 0.00071
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441)  340 44.5 0.00086
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523)  340 44.6 0.00096
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520)  336 44.3  0.0012
XP_005268733 (OMIM: 611161) PREDICTED: keratin, ty ( 487)  331 43.8  0.0016
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600)  333 44.1  0.0016
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600)  333 44.1  0.0016
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473)  329 43.6  0.0017
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445)  327 43.4  0.0019


>>NP_005564 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isoform 1 [Ho  (586 aa)
 initn: 3673 init1: 3673 opt: 3673  Z-score: 1735.4  bits: 331.1 E(85289): 6.4e-90
Smith-Waterman score: 3673; 100.0% identity (100.0% similar) in 586 aa overlap (1-586:1-586)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580      
pF1KB6 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
              550       560       570       580      

>>NP_001185486 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isoform 2   (376 aa)
 initn: 2373 init1: 2373 opt: 2373  Z-score: 1134.1  bits: 219.2 E(85289): 2e-56
Smith-Waterman score: 2373; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (211-586:1-376)

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
                                             10        20        30

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
               40        50        60        70        80        90

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
              100       110       120       130       140       150

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
              160       170       180       190       200       210

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
              220       230       240       250       260       270

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
              280       290       300       310       320       330

              550       560       570       580      
pF1KB6 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
              340       350       360       370      

>>NP_001269555 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670  (614 aa)
 initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020  Z-score: 967.5  bits: 189.1 E(85289): 3.8e-47
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)

               10          20        30        40        50        
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_001   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
NP_001 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_001 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
       120       130       140       150       160       170       

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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_001 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
NP_001 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_001 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
NP_001 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_001 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_001 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM          
       ::::.:. : ..:. :..:.:.   :   .. : :..:.  .:.                
NP_001 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
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NP_001 TCGQPADKASASGSGAQSPQNCSIM
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>>NP_733821 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670,18  (664 aa)
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pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_733   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
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pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
NP_733 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_733 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_733 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
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NP_733 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_733 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
NP_733 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_733 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_733 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM          
       ::::.:. : ..:. :..:.:.   :   .. : :..:.  .:.                
NP_733 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
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NP_733 TCGQPADKASASGSGAQVGGPISSGSSASSVTVTRSYRSVGGSGGGSFGDNLVTRSYLLG
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>>NP_001269554 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670  (572 aa)
 initn: 2045 init1: 1813 opt: 2016  Z-score: 966.0  bits: 188.7 E(85289): 4.5e-47
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               10          20        30        40        50        
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_001   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

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pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
NP_001 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_001 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
       120       130       140       150       160       170       

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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_001 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
NP_001 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_001 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
NP_001 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_001 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
       420         430       440       450       460       470     

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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_001 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
         480       490       500       510       520       530     

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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::.:. : ..:. :..:.:.                            
NP_001 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHHVSGSRR             
         540       550       560       570               

>>NP_005563 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670,18  (572 aa)
 initn: 2045 init1: 1813 opt: 2016  Z-score: 966.0  bits: 188.7 E(85289): 4.5e-47
Smith-Waterman score: 2016; 56.3% identity (84.1% similar) in 558 aa overlap (5-558:3-557)

               10          20        30        40        50        
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_005   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

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pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
NP_005 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_005 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_005 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
NP_005 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_005 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
NP_005 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_005 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_005 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::.:. : ..:. :..:.:.                            
NP_005 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHHVSGSRR             
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>>NP_733822 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670,18  (634 aa)
 initn: 1763 init1: 1763 opt: 1960  Z-score: 939.5  bits: 183.9 E(85289): 1.4e-45
Smith-Waterman score: 1960; 56.8% identity (84.0% similar) in 537 aa overlap (5-537:3-536)

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pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_733   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

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pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
NP_733 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_733 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_733 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
NP_733 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_733 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
NP_733 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_733 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_733 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM          
       :                                                           
NP_733 EGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCGTCGQPADKASASGSGAQVGGPISSGSSASSVTVTRS
         540       550       560       570       580       590     

>>NP_116126 (OMIM: 150341,608709,616540) lamin-B2 [Homo   (620 aa)
 initn: 2242 init1: 1643 opt: 1692  Z-score: 815.1  bits: 160.9 E(85289): 1.2e-38
Smith-Waterman score: 2223; 58.4% identity (83.6% similar) in 604 aa overlap (4-586:22-620)

                                 10        20        30        40  
pF1KB6                   MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDR
                            :::.:    .:::::.:::::::::::::::::::::::
NP_116 MSPPSPGRRREQRRPRAAATMATPLP----GRAGGPATPLSPTRLSRLQEKEELRELNDR
               10        20            30        40        50      

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pF1KB6 LAVYIDKVRSLETENSALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAK
       :: :::.::.:: ::. : :...:.:::  ::..:.:::::.:::::::.::.::::::.
NP_116 LAHYIDRVRALELENDRLLLKISEKEEVTTREVSGIKALYESELADARRVLDETARERAR
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pF1KB6 LQIELGKCKAEHDQLLLNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGD
       ::::.:: .:: :..  .  :.:..:. :: .... :. .. ... ::.::.::..::.:
NP_116 LQIEIGKLRAELDEVNKSAKKREGELTVAQGRVKDLESLFHRSEVELAAALSDKRGLESD
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pF1KB6 LEDLKDQIAQLEASLAAAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRK
       . .:. :.:. : . :.:::::  :::..:::::::::: :.:.::::..:::. ::::.
NP_116 VAELRAQLAKAEDGHAVAKKQLEKETLMRVDLENRCQSLQEELDFRKSVFEEEVRETRRR
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pF1KB6 HETRLVEVDSGRQIEYEYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMN
       :: :::::::.:: ::..:.::::.:.: ::: :::::: ::::::.:::..:.:::..:
NP_116 HERRLVEVDSSRQQEYDFKMAQALEELRSQHDEQVRLYKLELEQTYQAKLDSAKLSSDQN
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pF1KB6 TSTVNSAREELMESRMRIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDK
        .....::::: :.:::.:::: :::.:::.. :  .::.:::. .: :.:. :.::  :
NP_116 DKAASAAREELKEARMRLESLSYQLSGLQKQASAAEDRIRELEEAMAGERDKFRKMLDAK
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pF1KB6 EREMAEIRDQMQQQLNDYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSR
       :.::.:.:: ::::: .:..::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_116 EQEMTEMRDVMQQQLAEYQELLDVKLALDMEINAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSR
        360       370       380       390       400       410      

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pF1KB6 ASSSRSV------RTTRGKRKRVDVEE------------SEASSSVSISHSASATGNVCI
       :.:: :       :  :.::::..:::            . .:..  ....:::.:.: :
NP_116 ATSSSSGSLSATGRLGRSKRKRLEVEEPLGSGPSVLGTGTGGSGGFHLAQQASASGSVSI
        420       430       440       450       460       470      

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pF1KB6 EEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD-TSVSYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANA
       ::::..:::..:::.:..:: .:.:.. :.. .   ..::.: .:.:.::: ::.:::.:
NP_116 EEIDLEGKFVQLKNNSDKDQSLGNWRIKRQVLEGEEIAYKFTPKYILRAGQMVTVWAAGA
        480       490       500       510       520       530      

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pF1KB6 GVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVAQRSTVFKTTIPEEEE--EEEEAA
       ::. :::. :.::.:.::::::. ...: :..:::::.: :: :... .:.:  ::::  
NP_116 GVAHSPPSTLVWKGQSSWGTGESFRTVLVNADGEEVAMR-TVKKSSVMRENENGEEEEEE
        540       550       560       570        580       590     

             570       580      
pF1KB6 GVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       .   ::.:::::: ::...:.: .:
NP_116 AEFGEEDLFHQQGDPRTTSRGCYVM
         600       610       620

>>NP_001269553 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670  (491 aa)
 initn: 1662 init1: 1398 opt: 1595  Z-score: 771.3  bits: 152.4 E(85289): 3.2e-36
Smith-Waterman score: 1595; 53.6% identity (81.4% similar) in 472 aa overlap (93-558:10-476)

             70        80        90       100           110        
pF1KB6 QVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIEL----GKCKAEHDQLL
                                     :.: ::::.   .      :. .:.  . :
NP_001                      MQPLLCLGNLED-ARERTGTLLAQHPAWGRTRAKPGSPL
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          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_001 --NTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_001 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
NP_001 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_001 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
NP_001 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_001 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_001 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::.:. : ..:. :..:.:.                            
NP_001 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHHVSGSRR             
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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