seq1 = pF1KE6727.tfa, 2136 bp
seq2 = pF1KE6727/gi568815586f_20599577.tfa (gi568815586f:20599577_20852525), 252949 bp

>pF1KE6727 2136
>gi568815586f:20599577_20852525 (Chr12)

1-129  (100001-100129)   99% ->
130-271  (101742-101883)   100% ->
272-404  (106373-106505)   99% ->
405-529  (111810-111934)   100% ->
530-676  (115563-115709)   100% ->
677-775  (117556-117654)   100% ->
776-1021  (122228-122473)   100% ->
1022-1186  (123514-123678)   100% ->
1187-1382  (133333-133528)   100% ->
1383-1548  (137531-137696)   100% ->
1549-1733  (140608-140792)   100% ->
1734-1798  (143729-143793)   100% ->
1799-1916  (151099-151216)   100% ->
1917-2136  (152730-152949)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACTTCATCCAAAGAAAATATCCAGTTGTTCTGCAAAACTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACTTCATCCAAAGAAAATATCCAGTTGTTCTGCAAAACTTCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAACCTGTTGGAAGGCCTTCTTTTAAAACAGAATATCCGTCCTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 GCAACCTGTTGGAAGGCCTTCTTTTAAAACAGAATATCCCTCCTCAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAGCAACCATGCTGTGGTGAACTAAAG         GTGTTCTTGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 AAAAGCAACCATGCTGTGGTGAACTAAAGGTA...CAGGTGTTCTTGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTTGTCTTTTGTTTACTTTGCCAAAGCATTGGCAGAAGGCTATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101754 GCCTTGTCTTTTGTTTACTTTGCCAAAGCATTGGCAGAAGGCTATCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCACCATCACTCAGATAGAGAGAAGGTTTGATATCCCTTCTTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101804 GAGCACCATCACTCAGATAGAGAGAAGGTTTGATATCCCTTCTTCACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGAGTTATTGATGGTAGTTTTGAAATTG         GGAATCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101854 TGGGAGTTATTGATGGTAGTTTTGAAATTGGTA...AAGGGAATCTCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTATAACATTTGTTAGCTACTTTGGAGCCAAACTTCACAGGCCAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106384 GTTATAACATTTGTTAGCTACTTTGGAGCCAAACTTCACAGGCCAAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTGGAGCAGGGTGTGTAATCATGGGAGTTGGAACACTGCTAATTGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 106434 AATTGGAGCAGGGTGTGTAATCATGGGAGTTGGAACACTGCTCATTGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCCTCAGTTCTTCATGGAGCA         GTACAAATATGAGAGATAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106484 TGCCTCAGTTCTTCATGGAGCAGTA...CAGGTACAAATATGAGAGATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTCCTTCCTCCAATTCCACTCTCAGCATCTCTCCGTGTCTCCTAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111829 TCTCCTTCCTCCAATTCCACTCTCAGCATCTCTCCGTGTCTCCTAGAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGCAGTCAATTACCAGTTTCAGTTATGGAAAAATCAAAATCCAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111879 AAGCAGTCAATTACCAGTTTCAGTTATGGAAAAATCAAAATCCAAAATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAACG         AATGTGAAGTGGACACTAGCTCTTCCATGTGGATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111929 GTAACGGTA...AAGAATGTGAAGTGGACACTAGCTCTTCCATGTGGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGTTTTCCTGGGCAATCTTCTTCGTGGAATAGGAGAAACTCCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115598 TATGTTTTCCTGGGCAATCTTCTTCGTGGAATAGGAGAAACTCCCATTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCTTTGGGCATTGCCTACCTGGATGATTTTGCCAGTGAAGACAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115648 GCCTTTGGGCATTGCCTACCTGGATGATTTTGCCAGTGAAGACAATGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTTTCTATATTG         GGTGTGTGCAGACGGTTGCAATTATAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115698 CTTTCTATATTGGTA...CAGGGTGTGTGCAGACGGTTGCAATTATAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAATCTTTGGTTTCCTGTTAGGCTCATTATGTGCCAAACTATATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117585 CCAATCTTTGGTTTCCTGTTAGGCTCATTATGTGCCAAACTATATGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATTGGCTTTGTAAACCTAG         ATCACATAACCATTACCCCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 117635 CATTGGCTTTGTAAACCTAGGTA...CAGATCACATAACCATTACCCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGATCCCCAGTGGGTAGGAGCCTGGTGGCTTGGCTATCTAATAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122249 AAGATCCCCAGTGGGTAGGAGCCTGGTGGCTTGGCTATCTAATAGCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCATAAGTCTTCTTGCAGCTGTGCCTTTCTGGTATTTACCAAAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122299 ATCATAAGTCTTCTTGCAGCTGTGCCTTTCTGGTATTTACCAAAGAGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACCAAGATCCCAAAGTAGAGAGGATTCTAATTCTTCCTCTGAGAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122349 ACCAAGATCCCAAAGTAGAGAGGATTCTAATTCTTCCTCTGAGAAATCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTTTATTATAGATGATCACACAGACTACCAAACACCCCAGGGAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122399 AGTTTATTATAGATGATCACACAGACTACCAAACACCCCAGGGAGAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCAAAAATAATGGAAATGGCAAGAG         ATTTTCTTCCATCACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122449 GCAAAAATAATGGAAATGGCAAGAGGTA...CAGATTTTCTTCCATCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAGAATCTTTTTGGAAACCCAGTATACTTCCTATATTTATGTACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123530 GAAGAATCTTTTTGGAAACCCAGTATACTTCCTATATTTATGTACAAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGTTCAGTTCAATTCTCTGTTCGGCATGGTGACGTACAAACCAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123580 CTGTTCAGTTCAATTCTCTGTTCGGCATGGTGACGTACAAACCAAAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATTGAGCAGCAGTATGGACAGTCATCCTCCAGGGCCAACTTTGTGATCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123630 ATTGAGCAGCAGTATGGACAGTCATCCTCCAGGGCCAACTTTGTGATCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187         GGCTCATCAACATTCCAGCAGTGGCCCTTGGAATATTCTCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123680 TA...CAGGGCTCATCAACATTCCAGCAGTGGCCCTTGGAATATTCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGGGGATAGTTATGAAAAAATTCAGAATCAGTGTGTGTGGAGCTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133375 GGGGGATAGTTATGAAAAAATTCAGAATCAGTGTGTGTGGAGCTGCAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTCTACTTGGGATCATCTGTCTTTGGTTACCTCCTATTTCTTTCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133425 CTCTACTTGGGATCATCTGTCTTTGGTTACCTCCTATTTCTTTCCCTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCACTGGGCTGTGAAAATTCTGATGTGGCAGGACTAACTGTCTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133475 TGCACTGGGCTGTGAAAATTCTGATGTGGCAGGACTAACTGTCTCCTACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAGG         AACCAAACCTGTCTCTTATCATGAACGAGCTCTCTTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133525 AAGGGTA...CAGAACCAAACCTGTCTCTTATCATGAACGAGCTCTCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCAGATTGCAACTCAAGATGCAAATGTTCAGAGACAAAATGGGAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137568 TCAGATTGCAACTCAAGATGCAAATGTTCAGAGACAAAATGGGAACCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTGCGGTGAAAATGGAATCACATATGTATCAGCTTGTCTTGCTGGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137618 GTGCGGTGAAAATGGAATCACATATGTATCAGCTTGTCTTGCTGGTTGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAACCTCCAACAGGAGTGGAAAAAATATT         ATATTTTACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 137668 AAACCTCCAACAGGAGTGGAAAAAATATTGTA...CAGATATTTTACAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGCACTTGTGTGGGAATTGCAGCTTCTAAATCCGGAAATTCCTCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140620 TGCACTTGTGTGGGAATTGCAGCTTCTAAATCCGGAAATTCCTCAGGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGTGGGAAGATGTCAGAAAGACAATGGATGTCCCCAAATGTTTCTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140670 AGTGGGAAGATGTCAGAAAGACAATGGATGTCCCCAAATGTTTCTGTATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCCTTGTAATTTCAGTCATCACATCCTATACTTTATCCCTAGGTGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140720 TCCTTGTAATTTCAGTCATCACATCCTATACTTTATCCCTAGGTGGCATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCTGGATACATATTACTTCTGAG         GTGCATTAAGCCACAGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140770 CCTGGATACATATTACTTCTGAGGTG...TAGGTGCATTAAGCCACAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TAAGTCTTTTGCCTTGGGTATCTACACATTAGCAATAAGAGTTCTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 143747 TAAGTCTTTTGCCTTGGGTATCTACACATTAGCAATAAGAGTTCTTGGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1799       CAGGAATCCCAGCTCCAGTGTATTTTGGAGTTTTGATTGATACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143797 ...CAGCAGGAATCCCAGCTCCAGTGTATTTTGGAGTTTTGATTGATACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TCATGCCTCAAATGGGGATTTAAAAGATGTGGAAGTAGAGGATCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151143 TCATGCCTCAAATGGGGATTTAAAAGATGTGGAAGTAGAGGATCATGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 ATTATATGATTCAAATGTCTTCAG         ACATATATATTTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||| ||||||
 151193 ATTATATGATTCAAATGTCTTCAGGTA...TAGACATATATATCTGGGAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TAACTGTGATACTGGGCACAGTGTCAATTCTCCTAAGCATTGCAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152747 TAACTGTGATACTGGGCACAGTGTCAATTCTCCTAAGCATTGCAGTACTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TTCATTTTAAAGAAAAATTATGTTTCAAAACACAGAAGTTTTATAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152797 TTCATTTTAAAGAAAAATTATGTTTCAAAACACAGAAGTTTTATAACCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GAGAGAAAGAACAATGGTGTCTACAAGATTCCAAAAGGAAAATTACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152847 GAGAGAAAGAACAATGGTGTCTACAAGATTCCAAAAGGAAAATTACACTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CAAGTGATCATCTGCTACAACCCAACTACTGGCCAGGCAAGGAAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152897 CAAGTGATCATCTGCTACAACCCAACTACTGGCCAGGCAAGGAAACTCAA

   2250 
   2134 CTT
        |||
 152947 CTT