seq1 = pF1KE6426.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KE6426/gi568815579f_15573530.tfa (gi568815579f:15573530_15797082), 223553 bp

>pF1KE6426 1572
>gi568815579f:15573530_15797082 (Chr19)

1-198  (100001-100198)   99% ->
199-343  (104732-104876)   99% ->
344-397  (106715-106768)   100% ->
398-525  (106863-106990)   100% ->
526-647  (108860-108981)   99% ->
648-918  (109964-110234)   100% ->
919-985  (111287-111353)   100% ->
986-1115  (111539-111668)   100% ->
1116-1249  (122407-122540)   100% ->
1250-1314  (122632-122696)   100% ->
1315-1397  (122901-122983)   100% ->
1398-1572  (123379-123553)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTGCTGAGCCTGCCCTGGCTGGGCCTCAGACCGGTGGCAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100001 ATGTCGCTGCTGAGCCTGCCCTGGCTGGGCCTCAGACCGGTGGCAACGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCATGGCTACTCCTGCTGCTGGTTGTGGGCTCCTGGCTACTCGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCATGGCTACTCCTGCTGCTGGTTGTGGGCTCCTGGCTACTCGCCCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGCTTGGACCTATGCCTTCTATAACAACTGCCGCCGGCTCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGCTTGGACCTATGCCTTCTATAACAACTGCCGCCGGCTCCAGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCCACAGCCCCCAAAACGGAACTGGTTTTGGGGTCACCTGGGCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 TTCCCACAGCCCCCAAAACGGAACTGGTTTTGGGGTCACCTGGGCCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        ATCACTCCTACAGAGGAGGGCTTGAAGGACTCGACCCAGATGT
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100201 G...CAGATCACTCCTACAGAGGAGGGCTTGAAGAACTCGACCCAGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGCCACCTATTCCCAGGGCTTTACGGTATGGCTGGGTCCCATCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104775 CGGCCACCTATTCCCAGGGCTTTACGGTATGGCTGGGTCCCATCATCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCATCGTTTTATGCCACCCTGACACCATCCGGTCTATCACCAATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104825 TTCATCGTTTTATGCCACCCTGACACCATCCGGTCTATCACCAATGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AG         CTGCCATTGCACCCAAGGATAATCTCTTCATCAGGTTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104875 AGGTA...CAGCTGCCATTGCACCCAAGGATAATCTCTTCATCAGGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAAGCCCTGGCTGG         GAGAAGGGATACTGCTGAGTGGCGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106754 TGAAGCCCTGGCTGGGTG...TAGGAGAAGGGATACTGCTGAGTGGCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACAAGTGGAGCCGCCACCGTCGGATGCTGACGCCCGCCTTCCATTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106889 GACAAGTGGAGCCGCCACCGTCGGATGCTGACGCCCGCCTTCCATTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCTGAAGTCCTATATAACGATCTTCAACAAGAGTGCAAACATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106939 CATCCTGAAGTCCTATATAACGATCTTCAACAAGAGTGCAAACATCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TT         GACAAGTGGCAGCACCTGGCCTCAGAGGGCAGCAGTTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 106989 TTGTG...CAGGACAAGTGGCAGCACCTGGCCTCAGAGGGCAGCAGTCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGACATGTTTGAGCACATCAGCCTCATGACCTTGGACAGTCTACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108899 CTGGACATGTTTGAGCACATCAGCCTCATGACCTTGGACAGTCTACAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATGCATCTTCAGCTTTGACAGCCATTGTCAGGA         GAGGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108949 ATGCATCTTCAGCTTTGACAGCCATTGTCAGGAGTG...CAGGAGGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGAATATATTGCCACCATCTTGGAGCTCAGTGCCCTTGTAGAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109972 GTGAATATATTGCCACCATCTTGGAGCTCAGTGCCCTTGTAGAGAAAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCCAGCATATCCTCCAGCACATGGACTTTCTGTATTACCTCTCCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110022 AGCCAGCATATCCTCCAGCACATGGACTTTCTGTATTACCTCTCCCATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGGCGGCGCTTCCACAGGGCCTGCCGCCTGGTGCATGACTTCACAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110072 CGGGCGGCGCTTCCACAGGGCCTGCCGCCTGGTGCATGACTTCACAGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGTCATCCGGGAGCGGCGTCGCACCCTCCCCACTCAGGGTATTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110122 CTGTCATCCGGGAGCGGCGTCGCACCCTCCCCACTCAGGGTATTGATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTTTCAAAGACAAAGCCAAGTCCAAGACTTTGGATTTCATTGATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110172 TTTTTCAAAGACAAAGCCAAGTCCAAGACTTTGGATTTCATTGATGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCTGCTGAGCAAG         GATGAAGATGGGAAGGCATTGTCAGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110222 TCTGCTGAGCAAGGTA...CAGGATGAAGATGGGAAGGCATTGTCAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGATATAAGAGCAGAGGCTGACACCTTCATGTTTGGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111315 AGGATATAAGAGCAGAGGCTGACACCTTCATGTTTGGAGGTG...CAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATGACACCACGGCCAGTGGCCTCTCCTGGGTCCTGTACAACCTTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111541 CATGACACCACGGCCAGTGGCCTCTCCTGGGTCCTGTACAACCTTGCGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCACCCAGAATACCAGGAGCGCTGCCGACAGGAGGTGCAAGAGCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111591 GCACCCAGAATACCAGGAGCGCTGCCGACAGGAGGTGCAAGAGCTTCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGACCGCGATCCTAAAGAGATTGAATG         GGACGACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111641 AGGACCGCGATCCTAAAGAGATTGAATGGTG...TAGGGACGACCTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGCTGCCCTTCCTGACCATGTGCGTGAAGGAGAGCCTGAGGTTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122420 CAGCTGCCCTTCCTGACCATGTGCGTGAAGGAGAGCCTGAGGTTACATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCAGCTCCCTTCATCTCCCGATGCTGCACCCAGGACATTGTTCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122470 CCCAGCTCCCTTCATCTCCCGATGCTGCACCCAGGACATTGTTCTCCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGGCCGAGTCATCCCCAAAG         GCATTACCTGCCTCATCGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122520 ATGGCCGAGTCATCCCCAAAGGTG...CAGGCATTACCTGCCTCATCGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATTATAGGGGTCCATCACAACCCAACTGTGTGGCCGGATCCTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122652 ATTATAGGGGTCCATCACAACCCAACTGTGTGGCCGGATCCTGAGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315     GTCTACGACCCCTTCCGCTTTGACCCAGAGAACAGCAAGGGGAGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122702 .CAGGTCTACGACCCCTTCCGCTTTGACCCAGAGAACAGCAAGGGGAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CACCTCTGGCTTTTATTCCTTTCTCCGCAGGGCCCAG         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 122947 CACCTCTGGCTTTTATTCCTTTCTCCGCAGGGCCCAGGTA...CAGGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCATCGGGCAGGCGTTCGCCATGGCGGAGATGAAAGTGGTCCTGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123383 TGCATCGGGCAGGCGTTCGCCATGGCGGAGATGAAAGTGGTCCTGGCGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GATGCTGCTGCACTTCCGGTTCCTGCCAGACCACACTGAGCCCCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123433 GATGCTGCTGCACTTCCGGTTCCTGCCAGACCACACTGAGCCCCGCAGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCTGGAATTGATCATGCGCGCCGAGGGCGGGCTTTGGCTGCGGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123483 AGCTGGAATTGATCATGCGCGCCGAGGGCGGGCTTTGGCTGCGGGTGGAG

   1650     .    :    .    :
   1552 CCCCTGAATGTAAGCTTGCAG
        |||||||||||||||||||||
 123533 CCCCTGAATGTAAGCTTGCAG