seq1 = pF1KE5718.tfa, 2913 bp
seq2 = pF1KE5718/gi568815583f_66195098.tfa (gi568815583f:66195098_66433309), 238212 bp

>pF1KE5718 2913
>gi568815583f:66195098_66433309 (Chr15)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-173  (111727-111855)   100% ->
174-309  (113612-113747)   100% ->
310-486  (116627-116803)   100% ->
487-565  (118942-119020)   100% ->
566-745  (119939-120118)   100% ->
746-915  (123352-123521)   100% ->
916-1077  (125474-125635)   99% ->
1078-1325  (127590-127837)   100% ->
1326-1418  (128396-128488)   100% ->
1419-1952  (130734-131267)   100% ->
1953-2107  (133873-134027)   100% ->
2108-2286  (134124-134302)   100% ->
2287-2432  (136778-136923)   100% ->
2433-2607  (137639-137813)   100% ->
2608-2913  (137907-138212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGACAGCTTGTCAAGCTGTGCAGCATCAAAGAGGCAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGCAGACAGCTTGTCAAGCTGTGCAGCATCAAAGAGGCAGGAGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    ACAGTATAACAAACTGCGAAACCTGCTGAAGGATGCGCGTCATGATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111724 CAGACAGTATAACAAACTGCGAAACCTGCTGAAGGATGCGCGTCATGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATTCTCTTTGCTAATGAATTCCAGCAATGCTGCTATCTGCCACGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111774 GCATTCTCTTTGCTAATGAATTCCAGCAATGCTGCTATCTGCCACGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGAGAGTCCATGGAGAAGTGGCAGACCAG         GAGCATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111824 AGAGGAGAGTCCATGGAGAAGTGGCAGACCAGGTA...CAGGAGCATATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAACGCAGCTGTTTGGTACTATCATCACTGCCAGGACAGGATGCCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113621 CAACGCAGCTGTTTGGTACTATCATCACTGCCAGGACAGGATGCCAATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTATGGTGACAGAAGATGAAGAGGCAATTCAGCAGTATGGAAGTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113671 TTATGGTGACAGAAGATGAAGAGGCAATTCAGCAGTATGGAAGTGAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGGAGTATTCGTGATTACTTTCAAG         AATTACCTGGACAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113721 GAAGGAGTATTCGTGATTACTTTCAAGGTA...CAGAATTACCTGGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTCTGGCCTGATTTAAAAGCTGCCCACGAGCTTTGTGATTCTATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116641 TTTCTGGCCTGATTTAAAAGCTGCCCACGAGCTTTGTGATTCTATCCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTCTCGACGGGAGAGAGAGAATGAGAGTCAGGAGAGCCATGGGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116691 AGTCTCGACGGGAGAGAGAGAATGAGAGTCAGGAGAGCCATGGGAAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCCAGAACATCTTCCCCTGGAAGTGTTAGAAGCTGGGATTAAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116741 TACCCAGAACATCTTCCCCTGGAAGTGTTAGAAGCTGGGATTAAATCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACGCTATATCCAG         GGAATTCTGAATGTCAACAAACACAGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116791 ACGCTATATCCAGGTG...TAGGGAATTCTGAATGTCAACAAACACAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAAATAGAAGCTTTTGTTCGACTTCAAGGAGCCAGCAGTAAAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118970 CCCAAATAGAAGCTTTTGTTCGACTTCAAGGAGCCAGCAGTAAAGATTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 G         ATTTAGTCAGTGACATCCTAATCCACGGGATGAAGGCTCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119020 GGTT...CAGATTTAGTCAGTGACATCCTAATCCACGGGATGAAGGCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAACCGCTCAATTCATGGAGATGTGGTAGTTGTGGAGCTGCTTCCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119979 AAACCGCTCAATTCATGGAGATGTGGTAGTTGTGGAGCTGCTTCCTAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGAATGGAAAGGAAGAACCGTAGCCCTGTGTGAGAATGACTGTGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120029 ATGAATGGAAAGGAAGAACCGTAGCCCTGTGTGAGAATGACTGTGACGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGGCTTCGGGCGAGTCCCCAAGTGAGCCCATGCCTACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120079 AAGGCTTCGGGCGAGTCCCCAAGTGAGCCCATGCCTACAGGTG...AAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCGAGTGGTGGGCATACTTCAGAAGAACTGGCGGGATTATGTGGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123353 TCGAGTGGTGGGCATACTTCAGAAGAACTGGCGGGATTATGTGGTGACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCGTCCAAAGAAGAGGTCCAATCTCAGGGCAAAAATGCTCAGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123403 TTCCGTCCAAAGAAGAGGTCCAATCTCAGGGCAAAAATGCTCAGAAAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGGTTACACCTTGGGATTACAGAATTCCCAAAATTCGAATTAGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123453 CTGGTTACACCTTGGGATTACAGAATTCCCAAAATTCGAATTAGCACTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCAAGCAGAAACCCTCCAG         GACTTCAGGGTGGTCGTGCGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123503 GCAAGCAGAAACCCTCCAGGTA...CAGGACTTCAGGGTGGTCGTGCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCGATTCCTGGGAGTCAACATCTGTGTATCCAAACGGACATTTTGTGCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 125496 TCGATTCCTGGGAGTCAACATCTGTGTATCCAAATGGACATTTTGTGCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTTTTAGGAAGAATCGGAGATCTGGAAGGGGAAATTGCAACCATCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125546 GTTTTAGGAAGAATCGGAGATCTGGAAGGGGAAATTGCAACCATCCTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAAAACAGTATTTCAGTTATTCCTTTCTCAGAAGCTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 125596 GGAAAACAGTATTTCAGTTATTCCTTTCTCAGAAGCTCAGGTC...CAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTGTGAGATGCCAGTAAACACACCAGAAAGTCCCTGGAAGGTGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127591 TGTGTGAGATGCCAGTAAACACACCAGAAAGTCCCTGGAAGGTGAGTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGAGGAACAAAAACGTAAAGACTTGAGGAAAAGCCATCTCGTATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127641 GAAGAGGAACAAAAACGTAAAGACTTGAGGAAAAGCCATCTCGTATTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATTGACCCCAAAGGTTGTGAAGATGTGGATGACACACTCTCAGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127691 CATTGACCCCAAAGGTTGTGAAGATGTGGATGACACACTCTCAGTCAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCTTAAATAATGGCAACCTGGAACTTGGGGTCCACATCGCAGATGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127741 CCTTAAATAATGGCAACCTGGAACTTGGGGTCCACATCGCAGATGTAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACTTTGTGGCACCAAATTCTTACATTGATATTGAAGCTAGAACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127791 CACTTTGTGGCACCAAATTCTTACATTGATATTGAAGCTAGAACAAGGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326       GGCCACCACTTATTATCTAGCAGATCGTCGCTATGACATGCTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127841 ...CAGGGCCACCACTTATTATCTAGCAGATCGTCGCTATGACATGCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTTCCGTCCTCAGTGCAGATTTGTGTTCCCTTCTGGGAGGCGTTGATAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128440 CTTCCGTCCTCAGTGCAGATTTGTGTTCCCTTCTGGGAGGCGTTGATAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419         GTATGCTGTAAGCATCATGTGGGAACTGGATAAAGCCTCTTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128490 TG...TAGGTATGCTGTAAGCATCATGTGGGAACTGGATAAAGCCTCTTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGAAATTAAGAAAGTGTGGTATGGCAGAACCATTATTCGATCAGCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130776 TGAAATTAAGAAAGTGTGGTATGGCAGAACCATTATTCGATCAGCATACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AACTGTTCTATGAAGCAGCCCAAGAACTACTGGATGGAAACTTAAGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130826 AACTGTTCTATGAAGCAGCCCAAGAACTACTGGATGGAAACTTAAGCGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTTGATGATATTCCAGAATTCAAAGACTTGGATGAGAAGAGCAGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130876 GTTGATGATATTCCAGAATTCAAAGACTTGGATGAGAAGAGCAGACAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CAAGCTGGAGGAGTTGGTGTGGGCAATTGGAAAGCTGACCGACATAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130926 CAAGCTGGAGGAGTTGGTGTGGGCAATTGGAAAGCTGACCGACATAGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCCATGTCAGAGCTAAACGAGACGGATGTGGTGCCCTGGAACTGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130976 GCCATGTCAGAGCTAAACGAGACGGATGTGGTGCCCTGGAACTGGAAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTAGAGGTTTGCGTACAGCTAGATGACAAAAAGAACATTCACGACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131026 GTAGAGGTTTGCGTACAGCTAGATGACAAAAAGAACATTCACGACCTCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CCCCAAGCAGCCCCTGGAAGTCCACGAGACAGTGGCTGAATGCATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131076 CCCCAAGCAGCCCCTGGAAGTCCACGAGACAGTGGCTGAATGCATGATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGGCCAACCACTGGGTCGCCAAAAAGATCTGGGAGAGCTTCCCTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131126 TGGCCAACCACTGGGTCGCCAAAAAGATCTGGGAGAGCTTCCCTCATCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GCCTTGCTGCGCCAGCACCCTCCTCCACACCAGGAGTTCTTTTCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131176 GCCTTGCTGCGCCAGCACCCTCCTCCACACCAGGAGTTCTTTTCAGAACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CCGGGAATGTGCTAAAGCCAAAGGCTTCTTCATAGATACACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 131226 CCGGGAATGTGCTAAAGCCAAAGGCTTCTTCATAGATACACGGTA...CA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1953  GTCCAATAAAACACTGGCTGATTCTCTGGATAATGCGAACGACCCCCAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133872 GGTCCAATAAAACACTGGCTGATTCTCTGGATAATGCGAACGACCCCCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GATCCCATTGTGAACAGGCTACTGCGCTCCATGGCCACGCAGGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133922 GATCCCATTGTGAACAGGCTACTGCGCTCCATGGCCACGCAGGCCATGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GAATGCTCTGTACTTCTCCACCGGATCCTGTGCGGAGGAGGAGTTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133972 GAATGCTCTGTACTTCTCCACCGGATCCTGTGCGGAGGAGGAGTTCCATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 ATTACG         GTCTTGCATTAGATAAATATACCCACTTTACTTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134022 ATTACGGTG...AAGGTCTTGCATTAGATAAATATACCCACTTTACTTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CCAATAAGAAGATATTCAGATATTGTAGTACACCGCTTGTTAATGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134159 CCAATAAGAAGATATTCAGATATTGTAGTACACCGCTTGTTAATGGCAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CATTTCAAAAGATAAGAAAATGGAAATTAAGGGAAATCTGTTCAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134209 CATTTCAAAAGATAAGAAAATGGAAATTAAGGGAAATCTGTTCAGCAACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AAGATCTTGAGGAATTATGCAGACATATCAACAACAGAAACCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134259 AAGATCTTGAGGAATTATGCAGACATATCAACAACAGAAACCAAGTA...

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2287    GCAGCACAGCATTCTCAGAAGCAGTCTACTGAGCTCTTCCAGTGCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136775 CAGGCAGCACAGCATTCTCAGAAGCAGTCTACTGAGCTCTTCCAGTGCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GTACTTCAAAGACAAAGACCCTGCCACCGAGGAGCGTTGCATATCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136825 GTACTTCAAAGACAAAGACCCTGCCACCGAGGAGCGTTGCATATCTGACG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GAGTTATTTATTCAATTAGAACAAATGGTGTGCTTCTATTTATACCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136875 GAGTTATTTATTCAATTAGAACAAATGGTGTGCTTCTATTTATACCAAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433         GTTTGGGATTAAAGGTGCTGCTTATCTAAAAAATAAAGATGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136925 TA...TAGGTTTGGGATTAAAGGTGCTGCTTATCTAAAAAATAAAGATGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TTTAGTCATCTCATGTGGCCCAGATAGCTGTTCTGAATGGAAACCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137681 TTTAGTCATCTCATGTGGCCCAGATAGCTGTTCTGAATGGAAACCAGGAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 CCCTTCAACGATTTCAAAACAAAATTACCTCTACTACAACAGATGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137731 CCCTTCAACGATTTCAAAACAAAATTACCTCTACTACAACAGATGGGGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 TCTGTTACGTTCCATTTGTTTGACCATGTAACC         GTAAGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 137781 TCTGTTACGTTCCATTTGTTTGACCATGTAACCGTA...TAGGTAAGAAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 ATCCATACAGGCCTCACGTTGCCATTCTGATACAATCAGACTTGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137915 ATCCATACAGGCCTCACGTTGCCATTCTGATACAATCAGACTTGAAATAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 TTAGTAACAAACCATACAAGATACCAAATACAGAACTTATTCATCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137965 TTAGTAACAAACCATACAAGATACCAAATACAGAACTTATTCATCAGAGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 TCCCCCTTGCTGAAGAGTGAGTTAGTGAAAGAAGTAACTAAATCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138015 TCCCCCTTGCTGAAGAGTGAGTTAGTGAAAGAAGTAACTAAATCTGTGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 AGAAGCTCAGCTTGCCCAAGAAGTCAAAGTAAACATCATTCAGGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138065 AGAAGCTCAGCTTGCCCAAGAAGTCAAAGTAAACATCATTCAGGAGGAAT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 ATCAAGAATATCGCCAAACAAAGGGAAGGAGCCTATACACACTTCTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138115 ATCAAGAATATCGCCAAACAAAGGGAAGGAGCCTATACACACTTCTAGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2866 GAGATACGGGACCTAGCTCTCCTGGATGTTTCAAACAATTATGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138165 GAGATACGGGACCTAGCTCTCCTGGATGTTTCAAACAATTATGGAATA