seq1 = pF1KE5226.tfa, 528 bp
seq2 = pF1KE5226/gi568815596r_71009973.tfa (gi568815596r:71009973_71230219), 220247 bp

>pF1KE5226 528
>gi568815596r:71009973_71230219 (Chr2)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-378  (105677-106014)   99% ->
379-528  (120098-120247)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGGGTGCTGAAGGCTGCAGCCGCGAATGCCGTAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCGCGGGTGCTGAAGGCTGCAGCCGCGAATGCCGTAGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTTTTTTCCAGACTTCAAGCTCCCATTCCAACAGTAAGAGCTTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105678 GCTTTTTTCCAGACTTCAAGCTCCCATTCCAACAGTAAGAGCTTCTTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATCACAGCCCTTGGATCAAGTGACAGGTTCTGTGTGGAACCTGGGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105728 CATCACAGCCCTTGGATCAAGTGACAGGTTCTGTGTGGAACCTGGGTCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAACCATGTAGCCATAGCAGTGCCAGATTTGGAAAAGGCTGCAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105778 CTCAACCATGTAGCCATAGCAGTGCCAGATTTGGAAAAGGCTGCAGCATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATAAGAATATTCTGGGGGCCCAGGTAAGTGAAGCGGTCCCTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105828 TTATAAGAATATTCTGGGGGCCCAGGTAAGTGAAGCGGTCCCTCTTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACATGGAGTATCTGTTGTTTTTGTCAACCTGGGAAATACCAAGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105878 AACATGGAGTATCTGTTGTTTTTGTCAACCTGGGAAATACCAAGATGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCTTCATCCATTGGGACTTGACAGTCCAATTGCAGGTTTTCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 105928 CTGCTTCATCCATTGGGACGTGACAGTCCAATTGCAGGTTTTCTGCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAACAAGGCTGGAGGAATGCATCACATCTGCATCGAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105978 AAACAAGGCTGGAGGAATGCATCACATCTGCATCGAGGTA...AAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAATATTAATGCAGCTGTGATGGATTTGAAAAAAAAGAAGATCCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120102 ATAATATTAATGCAGCTGTGATGGATTTGAAAAAAAAGAAGATCCGCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTAAGTGAAGAGGTCAAAATAGGAGCACATGGAAAACCAGTGATTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120152 CTAAGTGAAGAGGTCAAAATAGGAGCACATGGAAAACCAGTGATTTTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    483 CCATCCTAAAGACTGTGGTGGAGTCCTTGTGGAACTGGAGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120202 CCATCCTAAAGACTGTGGTGGAGTCCTTGTGGAACTGGAGCAAGCT