seq1 = pF1KE4529.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE4529/gi568815579f_7424958.tfa (gi568815579f:7424958_7633654), 208697 bp

>pF1KE4529 1740
>gi568815579f:7424958_7633654 (Chr19)

1-31  (97794-97824)   100% ->
32-237  (100004-100209)   100% ->
238-405  (101482-101649)   100% ->
406-571  (101804-101969)   100% ->
572-680  (102563-102671)   100% ->
681-777  (102907-103003)   100% ->
778-877  (103201-103300)   100% ->
878-984  (103640-103746)   100% ->
985-1134  (103864-104013)   100% ->
1135-1236  (104144-104245)   100% ->
1237-1359  (104633-104755)   100% ->
1360-1575  (105329-105544)   100% ->
1576-1706  (108566-108696)   100% ->
1707-1740  (108802-108835)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGCCCCGGCGGGTCCGCGCGGCTCAG         AGACCGAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  97794 ATGACAGCCCCGGCGGGTCCGCGCGGCTCAGGTG...CAGAGACCGAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTTCTGACCCCCAACCCCGGGTATGGGACCCAGGCGGGGCCTTCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GCTTCTGACCCCCAACCCCGGGTATGGGACCCAGGCGGGGCCTTCACCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCTCCGACACCCCCAGAAGAGGAAGACCTTCGCCGTCGTCTCAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 CCCCTCCGACACCCCCAGAAGAGGAAGACCTTCGCCGTCGTCTCAAATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTTCATGAGTCCCTGCGACAAGTTTCGAGCCAAGGGCCGCAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 TTTTTCATGAGTCCCTGCGACAAGTTTCGAGCCAAGGGCCGCAAGCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGCTGATGCTGCAAGTGGTCAAGATCCTGGTGGTCACGGTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100164 CAAGCTGATGCTGCAAGTGGTCAAGATCCTGGTGGTCACGGTGCAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CTCATCCTGTTTGGGCTCAGTAATCAGCTGGCTGTGACATTCCGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 ..CAGCTCATCCTGTTTGGGCTCAGTAATCAGCTGGCTGTGACATTCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGAGAACACCATCGCCTTCCGACACCTCTTCCTGCTGGGCTACTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 GAAGAGAACACCATCGCCTTCCGACACCTCTTCCTGCTGGGCTACTCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGAGCGGATGACACCTTCGCAGCCTACACGCGGGAGCAGCTGTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 CGGAGCGGATGACACCTTCGCAGCCTACACGCGGGAGCAGCTGTACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCTTCCATGCTGTGGACCAG         TACCTGGCGTTGCCTGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101627 CCATCTTCCATGCTGTGGACCAGGTG...CAGTACCTGGCGTTGCCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGTCACTGGGCCGGTATGCGTATGTCCGTGGTGGGGGTGACCCTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 GTGTCACTGGGCCGGTATGCGTATGTCCGTGGTGGGGGTGACCCTTGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATGGCTCAGGGCTTGCTCTCTGCCAGCGGTACTACCACCGAGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 CAATGGCTCAGGGCTTGCTCTCTGCCAGCGGTACTACCACCGAGGCCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGACCCGGCCAACGACACATTTGACATTGATCCGATGGTGGTTACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101922 TGGACCCGGCCAACGACACATTTGACATTGATCCGATGGTGGTTACTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        ACTGCATCCAGGTGGATCCCCCCGAGCGGCCCCCTCCGCCCCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101972 G...TAGACTGCATCCAGGTGGATCCCCCCGAGCGGCCCCCTCCGCCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCGACGATCTCACCCTCTTGGAAAGCAGCTCCAGTTACAAGAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CAGCGACGATCTCACCCTCTTGGAAAGCAGCTCCAGTTACAAGAACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGCTCAAATTCCACAA         GCTGGTCAATGTCACCATCCACTTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102656 CGCTCAAATTCCACAAGTA...TAGGCTGGTCAATGTCACCATCCACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGCTGAAGACCATTAACCTCCAGAGCCTCATCAATAATGAGATCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 CGGCTGAAGACCATTAACCTCCAGAGCCTCATCAATAATGAGATCCCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGCTATACCTTCAGCGTCCTG         ATCACGTTTGACAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102982 CTGCTATACCTTCAGCGTCCTGGTG...CAGATCACGTTTGACAACAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACACAGTGGGCGGATCCCCATCAGCCTGGAGACCCAGGCCCACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103220 CACACAGTGGGCGGATCCCCATCAGCCTGGAGACCCAGGCCCACATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGTGTAAGCACCCCAGTGTCTTCCAGCACG         GAGACAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103270 GAGTGTAAGCACCCCAGTGTCTTCCAGCACGGTG...CAGGAGACAACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTCCGGCTCCTGTTTGACGTGGTGGTCATCCTCACCTGCTCCCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103650 CTTCCGGCTCCTGTTTGACGTGGTGGTCATCCTCACCTGCTCCCTGTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCTCCTCTGCGCCCGCTCACTCCTTCGAGGCTTCCTGCTGCAGAAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103700 TCCTCCTCTGCGCCCGCTCACTCCTTCGAGGCTTCCTGCTGCAGAACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985       GAGTTTGTGGGGTTCATGTGGCGGCAGCGGGGACGGGTCATCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103750 ...CAGGAGTTTGTGGGGTTCATGTGGCGGCAGCGGGGACGGGTCATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGTGGGAGCGGCTGGAATTTGTCAATGGCTGGTACATCCTGCTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103908 CCTGTGGGAGCGGCTGGAATTTGTCAATGGCTGGTACATCCTGCTCGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAGCGATGTGCTCACCATCTCGGGCACCATCATGAAGATCGGCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103958 CCAGCGATGTGCTCACCATCTCGGGCACCATCATGAAGATCGGCATCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCAAG         AACTTGGCGAGCTACGACGTCTGCAGCATCCTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104008 GCCAAGGTG...CAGAACTTGGCGAGCTACGACGTCTGCAGCATCCTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCACCTCGACGCTGCTGGTGTGGGTGGGCGTGATCCGCTACCTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104179 GGGCACCTCGACGCTGCTGGTGTGGGTGGGCGTGATCCGCTACCTGACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTTCCACAACTACAAT         ATCCTCATCGCCACACTGCGGGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104229 TCTTCCACAACTACAATGTG...CAGATCCTCATCGCCACACTGCGGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCCCTGCCCAGCGTCATGCGCTTCTGCTGCTGCGTGGCTGTCATCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104657 GCCCTGCCCAGCGTCATGCGCTTCTGCTGCTGCGTGGCTGTCATCTACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGGCTACTGCTTCTGTGGCTGGATCGTGCTGGGGCCCTATCATGTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104707 GGGCTACTGCTTCTGTGGCTGGATCGTGCTGGGGCCCTATCATGTGAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360         TTCCGCTCACTCTCCATGGTGTCTGAGTGCCTGTTCTCGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 TA...CAGTTCCGCTCACTCTCCATGGTGTCTGAGTGCCTGTTCTCGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATCAATGGGGACGACATGTTTGTGACGTTCGCCGCCATGCAGGCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105371 ATCAATGGGGACGACATGTTTGTGACGTTCGCCGCCATGCAGGCGCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGGCCGCAGCAGCCTGGTGTGGCTCTTCTCCCAGCTCTACCTTTACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105421 GGGCCGCAGCAGCCTGGTGTGGCTCTTCTCCCAGCTCTACCTTTACTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCATCAGCCTCTTCATCTACATGGTGCTCAGCCTCTTCATCGCGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105471 TCATCAGCCTCTTCATCTACATGGTGCTCAGCCTCTTCATCGCGCTCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ACCGGCGCCTACGACACCATCAAG         CATCCCGGCGGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105521 ACCGGCGCCTACGACACCATCAAGGTC...CAGCATCCCGGCGGCGCAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGCAGAGGAGAGCGAGCTGCAGGCCTACATCGCACAGTGCCAGGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108583 CGCAGAGGAGAGCGAGCTGCAGGCCTACATCGCACAGTGCCAGGACAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCACCTCCGGCAAGTTCCGCCGCGGGAGCGGCTCGGCCTGCAGCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108633 CCACCTCCGGCAAGTTCCGCCGCGGGAGCGGCTCGGCCTGCAGCCTTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TGCTGCTGCGGAAG         GGACCCCTCGGAGGAGCATTCGCTGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108683 TGCTGCTGCGGAAGGTT...CAGGGACCCCTCGGAGGAGCATTCGCTGCT

   1850     .
   1734 GGTGAAT
        |||||||
 108829 GGTGAAT