seq1 = pF1KE4372.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE4372/gi568815575f_19244038.tfa (gi568815575f:19244038_19459650), 215613 bp

>pF1KE4372 1170
>gi568815575f:19244038_19459650 (ChrX)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-117  (105275-105334)   100% ->
118-291  (105900-106073)   100% ->
292-418  (107244-107370)   100% ->
419-510  (109045-109136)   100% ->
511-603  (110454-110546)   100% ->
604-759  (111312-111467)   100% ->
760-831  (111649-111720)   100% ->
832-899  (113615-113682)   100% ->
900-1008  (114879-114987)   100% ->
1009-1170  (115452-115613)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAAGATGCTCGCCGCCGTCTCCCGCGTGCTGTCTGGCGCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAAGATGCTCGCCGCCGTCTCCCGCGTGCTGTCTGGCGCTTCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCCG         GCAAGCAGAGTGCTGGTAGCATCCCGTAATTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCCGGTG...AAGGCAAGCAGAGTGCTGGTAGCATCCCGTAATTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAATGATGCTACATTTGAAATTAAG         AAATGTGACCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105309 CAAATGATGCTACATTTGAAATTAAGGTA...CAGAAATGTGACCTTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGGCTGGAAGAAGGCCCTCCTGTCACAACAGTGCTCACCAGGGAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105915 CGGCTGGAAGAAGGCCCTCCTGTCACAACAGTGCTCACCAGGGAGGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCAAATACTACAGGATGATGCAGACTGTACGCCGAATGGAGTTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105965 GCTCAAATACTACAGGATGATGCAGACTGTACGCCGAATGGAGTTGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATCAGCTGTATAAACAGAAAATTATTCGTGGTTTCTGTCACTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106015 CAGATCAGCTGTATAAACAGAAAATTATTCGTGGTTTCTGTCACTTGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGGTCAG         GAAGCTTGCTGTGTGGGCCTGGAGGCCGGCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106065 GATGGTCAGGTG...CAGGAAGCTTGCTGTGTGGGCCTGGAGGCCGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACCCCACAGACCATCTCATCACAGCCTACCGGGCTCACGGCTTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107276 CAACCCCACAGACCATCTCATCACAGCCTACCGGGCTCACGGCTTTACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACCCGGGGCCTTTCCGTCCGAGAAATTCTCGCAGAGCTTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107326 TCACCCGGGGCCTTTCCGTCCGAGAAATTCTCGCAGAGCTTACAGGTT..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     GACGAAAAGGAGGTTGTGCTAAAGGGAAAGGAGGATCGATGCACAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107376 .CAGGACGAAAAGGAGGTTGTGCTAAAGGGAAAGGAGGATCGATGCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTATGCCAAGAACTTCTACGGGGGCAATGGCATCGTGGGAGCGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109091 GTATGCCAAGAACTTCTACGGGGGCAATGGCATCGTGGGAGCGCAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      GTGCCCCTGGGCGCTGGGATTGCTCTAGCCTGTAAGTATAATGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109141 ..TAGGTGCCCCTGGGCGCTGGGATTGCTCTAGCCTGTAAGTATAATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAGATGAGGTCTGCCTGACTTTATATGGCGATGGTGCTGCTAACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110499 AAAGATGAGGTCTGCCTGACTTTATATGGCGATGGTGCTGCTAACCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        GGCCAGATATTCGAAGCTTACAACATGGCAGCTTTGTGGAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110549 A...CAGGGCCAGATATTCGAAGCTTACAACATGGCAGCTTTGTGGAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TACCTTGTATTTTCATCTGTGAGAATAATCGCTATGGAATGGGAACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111355 TACCTTGTATTTTCATCTGTGAGAATAATCGCTATGGAATGGGAACGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTGAGAGAGCGGCAGCCAGCACTGATTACTACAAGAGAGGCGATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111405 GTTGAGAGAGCGGCAGCCAGCACTGATTACTACAAGAGAGGCGATTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCTGGGCTGAGA         GTGGATGGAATGGATATCCTGTGCGTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111455 TCCTGGGCTGAGAGTA...CAGGTGGATGGAATGGATATCCTGTGCGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGAGGCAACAAGGTTTGCTGCTGCCTATTGTAGATCTGGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111677 GAGAGGCAACAAGGTTTGCTGCTGCCTATTGTAGATCTGGGAAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832    GGGCCCATCCTGATGGAGCTGCAGACTTACCGTTACCACGGACACAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113612 TAGGGGCCCATCCTGATGGAGCTGCAGACTTACCGTTACCACGGACACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TATGAGTGACCCTGGAGTCAG         TTACCGTACACGAGAAGAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113662 TATGAGTGACCCTGGAGTCAGGTA...TAGTTACCGTACACGAGAAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCAGGAAGTAAGAAGTAAGAGTGACCCTATTATGCTTCTCAAGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114899 TTCAGGAAGTAAGAAGTAAGAGTGACCCTATTATGCTTCTCAAGGACAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATGGTGAACAGCAATCTTGCCAGTGTGGAAGAACTAAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114949 ATGGTGAACAGCAATCTTGCCAGTGTGGAAGAACTAAAGGTA...TAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AATTGATGTGGAAGTGAGGAAGGAGATTGAGGATGCTGCCCAGTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115454 AATTGATGTGGAAGTGAGGAAGGAGATTGAGGATGCTGCCCAGTTTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CGGCCGATCCTGAGCCACCTTTGGAAGAGCTGGGCTACCACATCTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115504 CGGCCGATCCTGAGCCACCTTTGGAAGAGCTGGGCTACCACATCTACTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCGACCCACCTTTTGAAGTTCGTGGTGCCAATCAGTGGATCAAGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115554 AGCGACCCACCTTTTGAAGTTCGTGGTGCCAATCAGTGGATCAAGTTTAA

   1250     .    :
   1161 GTCAGTCAGT
        ||||||||||
 115604 GTCAGTCAGT