seq1 = pF1KE4332.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KE4332/gi568815579f_54752517.tfa (gi568815579f:54752517_54883783), 131267 bp

>pF1KE4332 1023
>gi568815579f:54752517_54883783 (Chr19)

1-34  (2507-2540)   94% ->
35-70  (3598-3633)   100% ->
71-370  (6092-6390)   98% ->
371-664  (7916-8209)   99% ->
665-715  (11375-11425)   96% ->
716-819  (13961-14065)   96% ->
820-873  (14526-14580)   90% ->
874-1023  (14679-14828)   94%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTCATGGTCGTCAGCATGGTGTGTGTTG         GGTTCTT
        |||||||||| |||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||
   2507 ATGTCGCTCACGGTCGTCAGCATGGCGTGTGTTGGTG...CAGGGTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGG         GAGTCCACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
   3605 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGGGTG...TAGGAGTCCACAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   6104 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTCAGCACTTCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   6154 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTCAGCACTTCCTTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGAAGGGAAGTTTAAGGACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
   6204 CAGAGAAGGGAAGTTTAACGACACTTTGCACCTCACTGGAGAGCACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGCAAGACCTT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
   6254 ATGGGGTTTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGGAAGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||
   6304 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCC ATCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
   6353 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAGGTG...CAGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7919 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7969 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   8019 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
   8069 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCTGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCATACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
   8119 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCCTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
   8169 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCTTTCACCCACTGAACCAAGCTCCGAAACC
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
  11375 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCAAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GTAACCCCAGACACCTGCATGTTCTGATTGGGACCTCAGT
        |>>>...>>>||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
  11425 GGTG...CAGGTAACCCAAGACACCTGCACGTTCTGATTGGGACCTCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCATCATCCTCTTCATCCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14001 GGTCATCATCCTCTTCATCCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTGCAACAA AAAA         A ATGCTGTTGTAATGGACCAAGAGC
        ||| ||||||-||||>>>...>>>|-|||||| |||||||||||||||||
  14051 GCTCCAACAAGAAAAGTA...TACACATGCTGCTGTAATGGACCAAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845 CTGCAGGGAACAGAACAGTGAACAGGGAG         GACTCTGATGAA
        |||||||||||||||||| ||| || |||>>>...>>>||||||||||||
  14552 CTGCAGGGAACAGAACAGCGAATAGCGAGGTA...CAGGACTCTGATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886 CAAGACCCTCAGGAGGTGACATATGCACAGTTGAATCACTGCGTTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||
  14691 CAAGACCCTCAGGAGGTGACATACGTACAGTTGGATCACTGCGTTTTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936 ACAGAGAAAAATCACTCACCCTTCTCAGAGGCCCAAGACACCCCCAACAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  14741 ACAGAGAAAAATCACTCGCCCTTCTCAGAGGCCCAAGACACCCCCAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    986 ATATCATCGTGTACACGGAACTTCCAAATGCTGAGCCC
        ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||
  14791 ATACCAGAGTGTACACGGAACTTCCAAATGCTGAGTCC