seq1 = pF1KE3437.tfa, 2889 bp
seq2 = pF1KE3437/gi568815575f_47132915.tfa (gi568815575f:47132915_47347927), 215013 bp

>pF1KE3437 2889
>gi568815575f:47132915_47347927 (ChrX)

1-305  (100001-100305)   100% ->
306-415  (106156-106265)   100% ->
416-546  (106437-106567)   100% ->
547-664  (106876-106993)   100% ->
665-810  (107391-107536)   100% ->
811-872  (107673-107734)   100% ->
873-975  (107860-107962)   100% ->
976-1149  (108363-108536)   100% ->
1150-1308  (108627-108785)   100% ->
1309-1533  (109168-109392)   100% ->
1534-1617  (109525-109608)   100% ->
1618-1712  (109712-109806)   100% ->
1713-1919  (110482-110688)   100% ->
1920-1972  (111584-111636)   100% ->
1973-2215  (111768-112010)   100% ->
2216-2286  (112102-112172)   100% ->
2287-2399  (112456-112568)   100% ->
2400-2549  (114158-114307)   100% ->
2550-2665  (114390-114505)   100% ->
2666-2754  (114697-114785)   100% ->
2755-2889  (114879-115013)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGTAGCCCCGCGACTGTTTGGGGGGCTCTGCTTCCGTTTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGTAGCCCCGCGACTGTTTGGGGGGCTCTGCTTCCGTTTCCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGAATCCGGAAGTGGCTGTTGAGGGGCGTCTTCCAATCTCGCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGAATCCGGAAGTGGCTGTTGAGGGGCGTCTTCCAATCTCGCACAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTTGGCTGTAGAAGAGAACGGACGGCGATGGCGACGGTCGCAGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTTGGCTGTAGAAGAGAACGGACGGCGATGGCGACGGTCGCAGCAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCTGCTGCTGCGGCGGCTGTGGCGGCGGCAGCGGCGGTGACTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGCTGCTGCTGCGGCGGCTGTGGCGGCGGCAGCGGCGGTGACTGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGAGAGCCACAGCACGAGGAGCTGCCAGGCCTGGACAGCCAGTGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGAGAGCCACAGCACGAGGAGCTGCCAGGCCTGGACAGCCAGTGGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATAGAAAACGGCGAGAGTGGGCGAGAACGTCCACTGCGGGCCGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATAGAAAACGGCGAGAGTGGGCGAGAACGTCCACTGCGGGCCGGCGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTG         GTTCCTTGTGGAGAAGCACTGGTATAAGCAGTGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTGGTG...CAGGTTCCTTGTGGAGAAGCACTGGTATAAGCAGTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCATACGTGCAGGGAGGGGACCAGGACTCCAGCACCTTCCCTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106192 GGCATACGTGCAGGGAGGGGACCAGGACTCCAGCACCTTCCCTGGCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAACAATGCCACACTCTTTCAAG         ATGAGATAAACTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106242 TCAACAATGCCACACTCTTTCAAGGTA...CAGATGAGATAAACTGGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCAAGGAGGGACTGGTGGAAGGCGAGGATTATGTGCTGCTCCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106454 CTCAAGGAGGGACTGGTGGAAGGCGAGGATTATGTGCTGCTCCCAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCTTGGCATTACCTGGTCAGCTGGTATGGTCTAGAGCATGGCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106504 TGCTTGGCATTACCTGGTCAGCTGGTATGGTCTAGAGCATGGCCAGCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCATTGAACGCAAG         GTCATAGAGCTGCCCAACATCCAGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106554 CCATTGAACGCAAGGTA...CAGGTCATAGAGCTGCCCAACATCCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCGAAGTGTACCCAGTAGAACTGCTGCTTGTCCGGCACAATGATTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106903 GTCGAAGTGTACCCAGTAGAACTGCTGCTTGTCCGGCACAATGATTTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAATCTCACACTGTTCAGTTCAGCCATACCGATTCTATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106953 CAAATCTCACACTGTTCAGTTCAGCCATACCGATTCTATTGGTG...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCTAGTATTGCGCACAGCTCGGGAGCGGTTTCTGGTGGAGCCCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107391 GCCTAGTATTGCGCACAGCTCGGGAGCGGTTTCTGGTGGAGCCCCAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACACTCGGCTTTGGGCCAAGAACTCAGAAGGCTCTTTGGATAGGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107441 GACACTCGGCTTTGGGCCAAGAACTCAGAAGGCTCTTTGGATAGGTTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGACACACACATCACGGTTCTCGATGCGGCCCTTGAGACTGGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107491 TGACACACACATCACGGTTCTCGATGCGGCCCTTGAGACTGGGCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811      TTGATCATCATGGAGACCCGCAAGAAAGATGGCACTTGGCCCAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107541 ..CAGTTGATCATCATGGAGACCCGCAAGAAAGATGGCACTTGGCCCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCACAGCTGCATGTCAT         GAACAACAACATGTCGGAAGAGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107718 GCACAGCTGCATGTCATGTG...CAGGAACAACAACATGTCGGAAGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAGGACTTCAAGGGTCAGCCAGGCATCTGTGGCCTCACCAATCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107884 TGAGGACTTCAAGGGTCAGCCAGGCATCTGTGGCCTCACCAATCTGGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACACGTGCTTCATGAACTCGGCCCTGCAG         TGCCTCAGCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107934 ACACGTGCTTCATGAACTCGGCCCTGCAGGTT...CAGTGCCTCAGCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCCACAGCTCACCGAGTACTTCCTCAACAACTGCTACCTGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108375 GTGCCACAGCTCACCGAGTACTTCCTCAACAACTGCTACCTGGAGGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACTTCCGCAACCCACTGGGCATGAAGGGTGAGATCGCAGAGGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108425 CAACTTCCGCAACCCACTGGGCATGAAGGGTGAGATCGCAGAGGCCTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGACCTGGTGAAGCAGGCGTGGTCTGGCCACCACCGCTCCATTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108475 CAGACCTGGTGAAGCAGGCGTGGTCTGGCCACCACCGCTCCATTGTGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CATGTGTTCAAG         AACAAGGTTGGCCATTTTGCATCCCAATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108525 CATGTGTTCAAGGTG...TAGAACAAGGTTGGCCATTTTGCATCCCAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCTGGGCTACCAGCAGCATGACTCTCAGGAGCTGCTGTCATTCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108656 TCTGGGCTACCAGCAGCATGACTCTCAGGAGCTGCTGTCATTCCTCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGGGCTGCATGAGGACCTTAATCGGGTGAAGAAGAAGGAGTATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108706 ACGGGCTGCATGAGGACCTTAATCGGGTGAAGAAGAAGGAGTATGTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGTGCGATGCTGCTGGGCGACCGGATCAG         GAGGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108756 CTGTGCGATGCTGCTGGGCGACCGGATCAGGTA...CAGGAGGTGGCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAGGCATGGCAAAACCACAAACGGCGGAACGATTCTGTGATCGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109179 GGAGGCATGGCAAAACCACAAACGGCGGAACGATTCTGTGATCGTGGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTTTCCACGGCCTCTTCAAGTCCACGCTGGTGTGCCCCGATTGTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109229 CTTTCCACGGCCTCTTCAAGTCCACGCTGGTGTGCCCCGATTGTGGCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTATCTGTGACCTTCGACCCCTTCTGCTACCTCAGTGTTCCACTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109279 GTATCTGTGACCTTCGACCCCTTCTGCTACCTCAGTGTTCCACTGCCTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAGCCACAAGAGGGTCTTGGAGGTCTTCTTTATCCCCATGGATCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109329 CAGCCACAAGAGGGTCTTGGAGGTCTTCTTTATCCCCATGGATCCGCGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCAAGCCAGAGCAG         CACCGGCTCGTGGTCCCCAAGAAAGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109379 GCAAGCCAGAGCAGGTG...TAGCACCGGCTCGTGGTCCCCAAGAAAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAGATCTCGGATCTATGTGTGGCTCTGTCCAAACACACGGGCATCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109552 AAGATCTCGGATCTATGTGTGGCTCTGTCCAAACACACGGGCATCTCGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGAGAGG         ATGATGGTGGCTGATGTCTTCAGTCACCGCTTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109602 AGAGAGGGTG...TAGATGATGGTGGCTGATGTCTTCAGTCACCGCTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ATAAGCTCTATCAGCTAGAGGAGCCTCTGAGCAGCATCTTGGACCGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109746 ATAAGCTCTATCAGCTAGAGGAGCCTCTGAGCAGCATCTTGGACCGTGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GATATCTTCGT         CTATGAGGTGTCAGGTCGCATTGAGGCCAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109796 GATATCTTCGTGTG...CAGCTATGAGGTGTCAGGTCGCATTGAGGCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGAGGGCTCAAGAGAGGACATCGTGGTTCCTGTCTACCTGCGGGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110512 TGAGGGCTCAAGAGAGGACATCGTGGTTCCTGTCTACCTGCGGGAGCGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CCCCTGCCCGTGACTACAACAACTCCTACTACGGCCTGATGCTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110562 CCCCTGCCCGTGACTACAACAACTCCTACTACGGCCTGATGCTTTTTGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CACCCCCTCCTGGTATCAGTGCCCCGGGACCGCTTCACCTGGGAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110612 CACCCCCTCCTGGTATCAGTGCCCCGGGACCGCTTCACCTGGGAGGGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GTATAACGTCCTGATGTACCGGCTCTC         ACGCTACGTGACCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110662 GTATAACGTCCTGATGTACCGGCTCTCGTA...CAGACGCTACGTGACCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AACCCAACTCAGATGATGAGGACGATGGGGATGAGAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111598 AACCCAACTCAGATGATGAGGACGATGGGGATGAGAAAGGTG...TAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GATGACGAGGAGGATAAAGATGACGTCCCTGGGCCCTCAACTGGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111770 GATGACGAGGAGGATAAAGATGACGTCCCTGGGCCCTCAACTGGGGGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CCTCCGAGACCCTGAGCCAGAGCAGGCTGGGCCCAGCTCTGGAGTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111820 CCTCCGAGACCCTGAGCCAGAGCAGGCTGGGCCCAGCTCTGGAGTCACGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ACAGGTGCCCGTTCCTCCTGGACAATTGCCTTGGCACATCTCAGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111870 ACAGGTGCCCGTTCCTCCTGGACAATTGCCTTGGCACATCTCAGTGGCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CCAAGGCGACGACGCAAGCAGCTGTTCACCCTGCAGACGGTGAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111920 CCAAGGCGACGACGCAAGCAGCTGTTCACCCTGCAGACGGTGAACTCCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TGGGACCAGCGACCGCACAACCTCCCCTGAAGAAGTCCATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111970 TGGGACCAGCGACCGCACAACCTCCCCTGAAGAAGTCCATGGTA...CAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CCCAGCCGTACATTGCTATCGACTGGGAGCCAGAGATGAAGAAGCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112102 CCCAGCCGTACATTGCTATCGACTGGGAGCCAGAGATGAAGAAGCGTTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TATGACGAGGTAGAGGCTGAG         GGCTACGTGAAGCATGACTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112152 TATGACGAGGTAGAGGCTGAGGTA...TAGGGCTACGTGAAGCATGACTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CGTCGGGTACGTGATGAAGAAGGCTCCCGTGCGGCTGCAGGAGTGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112476 CGTCGGGTACGTGATGAAGAAGGCTCCCGTGCGGCTGCAGGAGTGCATTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGCTCTTCACCACTGTGGAGACCCTGGAGAAGGAAAACCCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112526 AGCTCTTCACCACTGTGGAGACCCTGGAGAAGGAAAACCCCTGGTG...T

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2400   GTACTGCCCTTCCTGCAAGCAGCACCAGCTGGCAACCAAGAAGCTGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114156 AGGTACTGCCCTTCCTGCAAGCAGCACCAGCTGGCAACCAAGAAGCTGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CCTGTGGATGCTGCCGGAGATTCTCATCATCCACCTGAAACGCTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114206 CCTGTGGATGCTGCCGGAGATTCTCATCATCCACCTGAAACGCTTTTCCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 ACACCAAGTTCTCCCGAGAGAAGCTGGACACCCTCGTGGAGTTTCCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114256 ACACCAAGTTCTCCCGAGAGAAGCTGGACACCCTCGTGGAGTTTCCTATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 CG         GGACCTGGACTTCTCTGAGTTTGTCATCCAGCCACAGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114306 CGGTC...CAGGGACCTGGACTTCTCTGAGTTTGTCATCCAGCCACAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 TGAGTCGAATCCGGAGCTGTACAAATATGACCTCATCGCGGTTTCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114429 TGAGTCGAATCCGGAGCTGTACAAATATGACCTCATCGCGGTTTCCAACC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 ATTATGGGGGCATGCGTGATGGACACT         ACACAACATTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114479 ATTATGGGGGCATGCGTGATGGACACTGTA...CAGACACAACATTTGCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 TGCAACAAGGACAGCGGCCAGTGGCACTACTTTGATGACAACAGCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114711 TGCAACAAGGACAGCGGCCAGTGGCACTACTTTGATGACAACAGCGTCTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 CCCTGTCAATGAGAATCAGATCGAG         TCCAAGGCAGCCTATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114761 CCCTGTCAATGAGAATCAGATCGAGGTG...CAGTCCAAGGCAGCCTATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TCCTCTTCTACCAACGCCAGGACGTGGCGCGACGCCTGCTGTCCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114895 TCCTCTTCTACCAACGCCAGGACGTGGCGCGACGCCTGCTGTCCCCGGCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 GGCTCATCTGGCGCCCCAGCCTCCCCTGCCTGCAGCTCCCCACCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114945 GGCTCATCTGGCGCCCCAGCCTCCCCTGCCTGCAGCTCCCCACCCAGCTC

   3050     .    :    .
   2871 TGAGTTCATGGATGTTAAT
        |||||||||||||||||||
 114995 TGAGTTCATGGATGTTAAT