seq1 = pF1KE3152.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE3152/gi568815592f_31871997.tfa (gi568815592f:31871997_32113784), 241788 bp

>pF1KE3152 1092
>gi568815592f:31871997_32113784 (Chr6)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-430  (100306-100515)   100% ->
431-567  (100625-100761)   100% ->
568-663  (106907-107002)   100% ->
664-803  (107418-107557)   100% ->
804-901  (108455-108552)   100% ->
902-1049  (108658-108805)   100% ->
1050-1092  (109008-109050)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAAAGTGGTTTTCTGCTTTCGATGATGCAATCATTCAGCGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAAAGTGGTTTTCTGCTTTCGATGATGCAATCATTCAGCGACAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGCAAACCCCTCCCGGGGCGGGGGAGGTGTGAGCTTCACGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGCAAACCCCTCCCGGGGCGGGGGAGGTGTGAGCTTCACGAAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGACACCAACGTGGCCACCGGCGCCCCTCCACGCCGCCAACGAGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGACACCAACGTGGCCACCGGCGCCCCTCCACGCCGCCAACGAGTCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCGTGCGTGCCCTTGGAGGGAGCCAATCCGCGGCCGGCGTGGGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCGTGCGTGCCCTTGGAGGGAGCCAATCCGCGGCCGGCGTGGGGCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCTGGCGGAGGTGATGCTG         GAGGGACGCCCGGGGAGACCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 GCCTGGCGGAGGTGATGCTGGTA...TAGGAGGGACGCCCGGGGAGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACGTCACTGCTCTGCGCCGGAAGACCCTATTTTCAGGTTCTCTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 TACGTCACTGCTCTGCGCCGGAAGACCCTATTTTCAGGTTCTCTTCCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATTCCTACCCCTTCCCCGGTACCATAAAATCCCGGGATATGAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100377 CATTCCTACCCCTTCCCCGGTACCATAAAATCCCGGGATATGAGCTGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGGCATCACCTGATCCCGGAGACCTTTGGAGTTAAGAGGCGGCGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100427 GAGGCATCACCTGATCCCGGAGACCTTTGGAGTTAAGAGGCGGCGGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGGGCCTGTGGAGTCGGATCCTCTTCGGGGTGAGCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100477 GAGGGCCTGTGGAGTCGGATCCTCTTCGGGGTGAGCCAGGTA...CAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCGGCGCGCGCGGCTGTCTCAGAACTCATGCAGCTGTTCCCGCGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100627 TCGGCGCGCGCGGCTGTCTCAGAACTCATGCAGCTGTTCCCGCGAGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTTGAGGACGCGCTGCCGCCCATCGTGCTGAGGAGCCAGGTGTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 GTTTGAGGACGCGCTGCCGCCCATCGTGCTGAGGAGCCAGGTGTACAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGTGCCTGACAGGACCGTGGCCGACCGGCAGCTG         AAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100727 TTGTGCCTGACAGGACCGTGGCCGACCGGCAGCTGGTG...CAGAAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTCAAGAGCAGGGGGAGATCAGAATCGTCCAGCTGGGCTTCGACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106913 CTTCAAGAGCAGGGGGAGATCAGAATCGTCCAGCTGGGCTTCGACTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCCCATGGAATTATCTTCACTGAGGACTACAGGACCAGA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106963 TGCCCATGGAATTATCTTCACTGAGGACTACAGGACCAGAGTA...TAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTCAAGGCCTGTGATGGCCGACCGTATGCTGGGGCAGTGCAGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107419 TCCTCAAGGCCTGTGATGGCCGACCGTATGCTGGGGCAGTGCAGAAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTAGCTTCAGTACTTCCAGCCTGTGGGGACCTTAGTTTCCAGCAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107469 CTAGCTTCAGTACTTCCAGCCTGTGGGGACCTTAGTTTCCAGCAGGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATGACACAGACCTTTGGCTTCAGGGACTCAGAAATCAC         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107519 AATGACACAGACCTTTGGCTTCAGGGACTCAGAAATCACGTG...CAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCTGGTGAATGCTGGAGTCCTCACCGTCCGAGATGCTGGGAGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108457 ATCTGGTGAATGCTGGAGTCCTCACCGTCCGAGATGCTGGGAGCTGGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTAGCTGTGCCTGGAGCTGGGAGATTCATCAAGTACTTTGTTAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108507 CTAGCTGTGCCTGGAGCTGGGAGATTCATCAAGTACTTTGTTAAAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902      GGCGCCAGGCTGTCCTTAGCATGGTCCGGAAGGCAAAGTACCGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108557 ..TAGGGCGCCAGGCTGTCCTTAGCATGGTCCGGAAGGCAAAGTACCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AACTGCTCCTATCAGAGCTCCTGGGCCGGCGGGCGCCTGTCGTGGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108703 AACTGCTCCTATCAGAGCTCCTGGGCCGGCGGGCGCCTGTCGTGGTGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTTGGCCTCACCTACCATGTGCACGACCTCATTGGGGCCCAGCTAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108753 CTTGGCCTCACCTACCATGTGCACGACCTCATTGGGGCCCAGCTAGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTG         CATCTCTACCACTTCAGGAACCCTCCTCCGCCTGCCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108803 CTGGTG...CAGCATCTCTACCACTTCAGGAACCCTCCTCCGCCTGCCAG

   1150     .
   1088 AGACA
        |||||
 109046 AGACA