seq1 = pF1KE2564.tfa, 1824 bp
seq2 = pF1KE2564/gi568815596r_74433609.tfa (gi568815596r:74433609_74652634), 219026 bp

>pF1KE2564 1824
>gi568815596r:74433609_74652634 (Chr2)

(complement)

1-313  (100001-100313)   100% ->
314-477  (102287-102450)   100% ->
478-658  (116164-116344)   100% ->
659-813  (116485-116639)   100% ->
814-981  (116880-117047)   100% ->
982-1144  (117181-117343)   100% ->
1145-1388  (117861-118104)   100% ->
1389-1504  (118204-118319)   100% ->
1505-1641  (118399-118535)   100% ->
1642-1753  (118642-118753)   100% ->
1754-1824  (118956-119026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACCTGTCAGTGTCTGGCAGTGGAGCCCCTGGGGGCTGCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACCTGTCAGTGTCTGGCAGTGGAGCCCCTGGGGGCTGCTGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGTGCAGTTCGTGCTTGGGGTCTCCGTCCCCTTCCACGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGTGCAGTTCGTGCTTGGGGTCTCCGTCCCCTTCCACGGGCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGAAGGCCGGGAGCCAGGGGCTTCGGTTCCGGCTGGCTGGCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGAAGGCCGGGAGCCAGGGGCTTCGGTTCCGGCTGGCTGGCTTCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGAAGCCCTACGAGGGCCGCGTGGAGATACAGCGAGCTGGTGAATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGAAGCCCTACGAGGGCCGCGTGGAGATACAGCGAGCTGGTGAATGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCATCTGCGATGATGACTTCACGCTGCAGGCTGCCCACATCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCATCTGCGATGATGACTTCACGCTGCAGGCTGCCCACATCCTCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGAGCTGGGCTTCACAGAGGCCACAGGCTGGACCCACAGTGCCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGAGCTGGGCTTCACAGAGGCCACAGGCTGGACCCACAGTGCCAAATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCCTGGAACAG         GCCGCATCTGGCTGGACAACTTGAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCCTGGAACAGGTG...CAGGCCGCATCTGGCTGGACAACTTGAGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGTGGGACCGAGCAGAGTGTGACTGAATGTGCCTCCCGGGGCTGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102315 CAGTGGGACCGAGCAGAGTGTGACTGAATGTGCCTCCCGGGGCTGGGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAGTGACTGTACGCACGATGAGGATGCTGGGGTCATCTGCAAAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102365 ACAGTGACTGTACGCACGATGAGGATGCTGGGGTCATCTGCAAAGACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGCCTCCCTGGCTTCTCGGACTCCAATGTCATTGAG         GCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102415 CGCCTCCCTGGCTTCTCGGACTCCAATGTCATTGAGGTC...TAGGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTCCGTCTAAAGGGCGGCGCCCACCCTGGAGAGGGCCGGGTAGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116169 TGTCCGTCTAAAGGGCGGCGCCCACCCTGGAGAGGGCCGGGTAGAAGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAAGGCCAGCACATGGGGCACAGTCTGTGACCGCAAGTGGGACCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116219 TGAAGGCCAGCACATGGGGCACAGTCTGTGACCGCAAGTGGGACCTGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAGCCAGCGTGGTGTGTCGGGAGCTGGGCTTCGGGAGTGCTCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116269 GCAGCCAGCGTGGTGTGTCGGGAGCTGGGCTTCGGGAGTGCTCGAGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCTGAGTGGCGCTCGCATGGGGCAGG         GCATGGGTGCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116319 TCTGAGTGGCGCTCGCATGGGGCAGGGTG...TAGGCATGGGTGCTATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCTGAGTGAAGTTCGCTGCTCTGGACAGGAGCTCTCCCTCTGGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116500 ACCTGAGTGAAGTTCGCTGCTCTGGACAGGAGCTCTCCCTCTGGAAGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCCACAAGAACATCACAGCTGAGGATTGTTCACATAGCCAGGATGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116550 CCCCACAAGAACATCACAGCTGAGGATTGTTCACATAGCCAGGATGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGTCCGGTGCAACCTACCTTACACTGGGGCAGAGACCAGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116600 GGTCCGGTGCAACCTACCTTACACTGGGGCAGAGACCAGGGTC...CAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCGACTCAGTGGGGGCCGCAGCCAACATGAGGGGCGAGTCGAGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116881 TCCGACTCAGTGGGGGCCGCAGCCAACATGAGGGGCGAGTCGAGGTGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATAGGGGGACCTGGGCCCCTTCGCTGGGGCCTCATCTGTGGGGATGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116931 ATAGGGGGACCTGGGCCCCTTCGCTGGGGCCTCATCTGTGGGGATGACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGGGACCCTGGAGGCCATGGTGGCCTGTAGGCAACTGGGTCTGGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116981 GGGGACCCTGGAGGCCATGGTGGCCTGTAGGCAACTGGGTCTGGGCTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCAACCACGGCCTGCAG         GAGACCTGGTACTGGGACTCTGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117031 CCAACCACGGCCTGCAGGTG...CAGGAGACCTGGTACTGGGACTCTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AATATAACAGAGGTGGTGATGAGTGGAGTGCGCTGCACAGGGACTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117205 AATATAACAGAGGTGGTGATGAGTGGAGTGCGCTGCACAGGGACTGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTCCCTGGATCAGTGTGCCCATCATGGCACCCACATCACCTGCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117255 GTCCCTGGATCAGTGTGCCCATCATGGCACCCACATCACCTGCAAGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAGGGACCCGCTTCACTGCTGGAGTCATCTGTTCTGAGA         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117305 CAGGGACCCGCTTCACTGCTGGAGTCATCTGTTCTGAGAGTG...CAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCATCAGATCTGTTGCTGCACTCAGCACTGGTGCAGGAGACCGCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117863 GCATCAGATCTGTTGCTGCACTCAGCACTGGTGCAGGAGACCGCCTACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGAAGACCGGCCCCTGCATATGTTGTACTGTGCTGCGGAAGAGAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117913 CGAAGACCGGCCCCTGCATATGTTGTACTGTGCTGCGGAAGAGAACTGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGCCAGCTCAGCCCGCTCAGCCAACTGGCCCTATGGTCACCGGCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117963 TGGCCAGCTCAGCCCGCTCAGCCAACTGGCCCTATGGTCACCGGCGTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTCCGATTCTCCTCCCAGATCCACAACCTGGGACGAGCTGACTTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118013 CTCCGATTCTCCTCCCAGATCCACAACCTGGGACGAGCTGACTTCAGGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CAAGGCTGGGCGCCACTCCTGGGTGTGGCACGAGTGCCATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118063 CAAGGCTGGGCGCCACTCCTGGGTGTGGCACGAGTGCCATGGGTG...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389  GCATTACCACAGCATGGACATCTTCACTCACTATGATATCCTCACCCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118203 GGCATTACCACAGCATGGACATCTTCACTCACTATGATATCCTCACCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AATGGCACCAAGGTGGCTGAGGGCCACAAAGCTAGTTTCTGTCTCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118253 AATGGCACCAAGGTGGCTGAGGGCCACAAAGCTAGTTTCTGTCTCGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CACTGAGTGTCAGGAGG         ATGTCTCCAAGCGGTATGAGTGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118303 CACTGAGTGTCAGGAGGGTG...CAGATGTCTCCAAGCGGTATGAGTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCAACTTTGGAGAGCAAGGCATCACTGTGGGTTGCTGGGATCTCTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118423 CCAACTTTGGAGAGCAAGGCATCACTGTGGGTTGCTGGGATCTCTACCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CATGACATTGACTGTCAGTGGATTGACATCACGGATGTGAAGCCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118473 CATGACATTGACTGTCAGTGGATTGACATCACGGATGTGAAGCCAGGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CTACATTCTCCAG         GTTGTCATCAACCCAAACTTTGAAGTAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118523 CTACATTCTCCAGGTA...CAGGTTGTCATCAACCCAAACTTTGAAGTAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGAGAGTGACTTTACCAACAATGCAATGAAATGTAACTGCAAATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118670 CAGAGAGTGACTTTACCAACAATGCAATGAAATGTAACTGCAAATATGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GGACATAGAATCTGGGTGCACAACTGCCACATTG         GTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118720 GGACATAGAATCTGGGTGCACAACTGCCACATTGGTA...CAGGTGATGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CTTCAGTGAAGAGGCCAACAGGAGGTTTGAACGCTACCCTGGCCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118963 CTTCAGTGAAGAGGCCAACAGGAGGTTTGAACGCTACCCTGGCCAGACCA

   1900     .    :
   1811 GCAACCAGATTATC
        ||||||||||||||
 119013 GCAACCAGATTATC