seq1 = pF1KE1920.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE1920/gi568815595r_15156089.tfa (gi568815595r:15156089_15432408), 276320 bp

>pF1KE1920 1365
>gi568815595r:15156089_15432408 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   99% ->
139-201  (101843-101905)   100% ->
202-330  (128178-128306)   100% ->
331-495  (162532-162696)   100% ->
496-626  (170120-170250)   100% ->
627-669  (172606-172648)   100% ->
670-889  (173359-173578)   100% ->
890-1150  (175296-175556)   100% ->
1151-1365  (176106-176320)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCGGCACTGAAGCGGAGCCGCTCGGAGGAGCCAGCCGAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCGGCACTGAAGCGGAGCCGCTCGGAGGAGCCAGCCGAAATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCCTGCCCGGGACGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGGGGATGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCCTGCCCGGGACGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGGGATGGAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGGAGGAGGAAGAAGAGGTGGATCCCCGGATCCAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 GGCTGGAGGAGGAAGAAGAGGTGGATCCCCGGATCCAGGTA...CAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACTGGAGAAGTTAAATCAGTCCACGGATGATATCAACAGACGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 GAACTGGAGAAGTTAAATCAGTCCACGGATGATATCAACAGACGGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACTTGAG         GATGCTCGTCAGAAGTTCCGCTCTGTTCTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101896 TGAACTTGAGGTA...CAGGATGCTCGTCAGAAGTTCCGCTCTGTTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGAAGCAACGGTGAAACTGGATGAACTGGTGAAGAAAATTGGCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128209 TTGAAGCAACGGTGAAACTGGATGAACTGGTGAAGAAAATTGGCAAAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGAAGACTCCAAGCCCTACTGGGAGGCACGGAGGGTGGCGAGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 128259 GTGGAAGACTCCAAGCCCTACTGGGAGGCACGGAGGGTGGCGAGGCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GCTCAGCTGGAAGCTCAGAAAGCCACGCAGGACTTCCAGAGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128309 A...CAGGCTCAGCTGGAAGCTCAGAAAGCCACGCAGGACTTCCAGAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCACAGAGGTGCTCCGTGCCGCCAAGGAGACCATCTCCCTGGCCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162575 CCACAGAGGTGCTCCGTGCCGCCAAGGAGACCATCTCCCTGGCCGAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGCTGCTGGAGGATGACAAGCGGCAGTTCGACTCCGCCTGGCAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162625 CGGCTGCTGGAGGATGACAAGCGGCAGTTCGACTCCGCCTGGCAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGAATCACGCCACTCAGAGG         GTCATGGAGGCGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 162675 GCTGAATCACGCCACTCAGAGGGTA...AAGGTCATGGAGGCGGAGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAGACCAGGAGCGAGCTGGTGCATAAGGAGACGGCAGCCAGGTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170139 CCAAGACCAGGAGCGAGCTGGTGCATAAGGAGACGGCAGCCAGGTACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCGCCATGGGCCGCATGCGACAGCTGGAGAAGAAACTCAAGAGAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170189 GCCGCCATGGGCCGCATGCGACAGCTGGAGAAGAAACTCAAGAGAGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACAAGTCCAA         GCCTTATTTTGAACTCAAGGCAAAGTACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 170239 CAACAAGTCCAAGTA...CAGGCCTTATTTTGAACTCAAGGCAAAGTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGTGCAGCTCGAG         CAACTGAAAAAGACTGTGGATGACCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 172635 ATGTGCAGCTCGAGGTA...CAGCAACTGAAAAAGACTGTGGATGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGCCAAACTGACCCTGGCAAAAGGCGAGTACAAGATGGCCCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173386 CAGGCCAAACTGACCCTGGCAAAAGGCGAGTACAAGATGGCCCTGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGGAGATGATCTCAGATGAGATCCACGAGCGGCGGCGCTCCAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173436 CCTGGAGATGATCTCAGATGAGATCCACGAGCGGCGGCGCTCCAGTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGGGCCTCGGGGATGCGGTGTTGGTGCTGAGGGCAGCAGCACATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173486 TGGGGCCTCGGGGATGCGGTGTTGGTGCTGAGGGCAGCAGCACATCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGATCTGCCAGGGAGCAAACCTGAGCCTGATGCCATTTCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 173536 GAGGATCTGCCAGGGAGCAAACCTGAGCCTGATGCCATTTCTGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   TGGCCTCGGAGGCCTTTGAAGATGACAGCTGTAGCAACTTTGTGTCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175294 AGTGGCCTCGGAGGCCTTTGAAGATGACAGCTGTAGCAACTTTGTGTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGATGACTCGGAAACCCAGTCCGTGTCCAGCTTTAGTTCAGGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175344 AAGATGACTCGGAAACCCAGTCCGTGTCCAGCTTTAGTTCAGGACCAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCCCGTCTGAGATGCCTGACCAGTTCCCTGCGGTTGTGAGGCCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175394 AGCCCGTCTGAGATGCCTGACCAGTTCCCTGCGGTTGTGAGGCCTGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTGGATCTGCCCAGCCCTGTGTCCCTGTCAGAGTTTGGGATGATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175444 CCTGGATCTGCCCAGCCCTGTGTCCCTGTCAGAGTTTGGGATGATGTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGTGTTGGGCCCTCGAAGTGAATGCAGCGGGGCCTCCTCCCCTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175494 CAGTGTTGGGCCCTCGAAGTGAATGCAGCGGGGCCTCCTCCCCTGAATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAAGTAGAACGAG         GAGACAGGGCAGAAGGGGCAGAGAATAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 175544 GAAGTAGAACGAGGTG...TAGGAGACAGGGCAGAAGGGGCAGAGAATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AACAAGTGACAAAGCCAACAACAACCGGGGCCTCAGCAGTAGCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176134 AACAAGTGACAAAGCCAACAACAACCGGGGCCTCAGCAGTAGCAGTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTGGTGGCAGCAGTAAGAGCCAAAGCAGCACCTCCCCTGAGGGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176184 GTGGTGGCAGCAGTAAGAGCCAAAGCAGCACCTCCCCTGAGGGCCAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTGGAGAACCGGATGAAGCAGCTCTCCCTACAGTGCTCAAAGGGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176234 TTGGAGAACCGGATGAAGCAGCTCTCCCTACAGTGCTCAAAGGGAAGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .
   1329 TGGAATTATTGCTGACATAAAAATGGTGCAGATTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176284 TGGAATTATTGCTGACATAAAAATGGTGCAGATTGGC