seq1 = pF1KE1558.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE1558/gi568815583f_43085499.tfa (gi568815583f:43085499_43294838), 209340 bp

>pF1KE1558 1080
>gi568815583f:43085499_43294838 (Chr15)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-169  (100322-100381)   100% ->
170-249  (100656-100735)   100% ->
250-331  (103701-103782)   100% ->
332-428  (104557-104653)   100% ->
429-502  (104827-104900)   100% ->
503-579  (105468-105544)   100% ->
580-860  (105897-106177)   99% ->
861-921  (107245-107305)   100% ->
922-968  (108917-108963)   100% ->
969-1080  (109229-109340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGCGCAACTGCACCTGCAGCCGCAGTCCCCACCCTGGCTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGCGCAACTGCACCTGCAGCCGCAGTCCCCACCCTGGCTTCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGGAGCAGCTCCGGCACTTGGCGGAGGAGCTGCGGTTGCTCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTGGAGCAGCTCCGGCACTTGGCGGAGGAGCTGCGGTTGCTCCTGCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGTGCGGG         TCGGCGAAGCCCAGGAGACCACCGAGGAGTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGTGCGGGGTG...AAGTCGGCGAAGCCCAGGAGACCACCGAGGAGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCGAGAGATGTTCTGGAGAAGACTCA         ATGAGGCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100354 AATCGAGAGATGTTCTGGAGAAGACTCAGTG...CAGATGAGGCAGCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACTGTGTCAAGGGAAGCCACGACTCTGACCATAGTCTTCTCTCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100669 GACTGTGTCAAGGGAAGCCACGACTCTGACCATAGTCTTCTCTCAGCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACTGCCGTCTCCACAG         GAAACCCAGAAGTTCTGTGAACAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100719 CACTGCCGTCTCCACAGGTG...TAGGAAACCCAGAAGTTCTGTGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCCATGCTGCCATCAAGGCATTTATTGCAGTGTACTATTTGCTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103725 GTCCATGCTGCCATCAAGGCATTTATTGCAGTGTACTATTTGCTTCCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGATCAGG         GGATCACCCTGAGAAAGCTGGTACGGGGCGCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103775 GGATCAGGGTA...CAGGGATCACCCTGAGAAAGCTGGTACGGGGCGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCTGGACATCGTGGATGGCATGGCTCAGCTCATGGAAGTACTTTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104590 CCCTGGACATCGTGGATGGCATGGCTCAGCTCATGGAAGTACTTTCCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTCCAACTCAGAG         CCCTGAGAACAATGACCTTATTTCCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104640 ACTCCAACTCAGAGGTA...CAGCCCTGAGAACAATGACCTTATTTCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAACAGTGTCTGGGTTGCGTGCCAGCAGATGCCTCAGATACCAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104854 CAACAGTGTCTGGGTTGCGTGCCAGCAGATGCCTCAGATACCAAGAGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503       ATAACAAAGCTGCAGCTCTTTTGATGCTGACCAAGAATGTGGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104904 ...TAGATAACAAAGCTGCAGCTCTTTTGATGCTGACCAAGAATGTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTGTGAAGGATGCACATGAAGAAATGGAGCAG         GCTGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105512 TTTGTGAAGGATGCACATGAAGAAATGGAGCAGGTG...TAGGCTGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGAATGTGACCCTTACTCTGGCCTCTTGAATGATACTGAGGAGAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105905 AGAATGTGACCCTTACTCTGGCCTCTTGAATGATACTGAGGAGAACAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTGACAACCACAATCATGAGGATGATGTGTTGGGGTTTCCCAGCAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105955 CTGACAACCACAATCATGAGGATGATGTGTTGGGGTTTCCCAGCAATCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACTTGTATTGGTCAGAGGACGATCAAGAGCTCATAATCCCATGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106005 GACTTGTATTGGTCAGAGGACGATCAAGAGCTCATAATCCCATGCCTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTGGTAAGAGCATCCAAAGCCTGCCTGAAGAAAATTCGGATGTTAGTGG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106055 GCTGGTGAGAGCATCCAAAGCCTGCCTGAAGAAAATTCGGATGTTAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGAGAATGGGAAGAAGGATCAGGTGGCACAGCTGGATGACATTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106105 CAGAGAATGGGAAGAAGGATCAGGTGGCACAGCTGGATGACATTGTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTTCTGATGAAATCAGCCCTAG         TGTGGATGATTTGGCTCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106155 ATTTCTGATGAAATCAGCCCTAGGTA...TAGTGTGGATGATTTGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAGCATATATCCACCTATGTGTCACCTGACCGTGCGAATCAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107263 GAGCATATATCCACCTATGTGTCACCTGACCGTGCGAATCAATGTA...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   TCTGCGAAACTTGTATCTGTTTTAAAGAAGGCACTTGAAATTACAAA 
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108915 AGTCTGCGAAACTTGTATCTGTTTTAAAGAAGGCACTTGAAATTACAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969         AGCAAGTCATGTGACCCCTCAGCCAGAAGATAGTTGGATCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108965 TA...CAGAGCAAGTCATGTGACCCCTCAGCCAGAAGATAGTTGGATCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TTTACTTATTAATGCCATTGATCATTGCATGAATAGAATCAAGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 TTTACTTATTAATGCCATTGATCATTGCATGAATAGAATCAAGGAGCTCA

   1150     .    :    .    :
   1061 CTCAGAGTGAACTTGAATTA
        ||||||||||||||||||||
 109321 CTCAGAGTGAACTTGAATTA