seq1 = pF1KE1366.tfa, 891 bp
seq2 = pF1KE1366/gi568815587f_60362375.tfa (gi568815587f:60362375_60568465), 206091 bp

>pF1KE1366 891
>gi568815587f:60362375_60568465 (Chr11)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-279  (100628-100747)   100% ->
280-336  (101914-101970)   100% ->
337-573  (103547-103783)   100% ->
574-675  (104585-104686)   100% ->
676-891  (105876-106091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAACACCCAGAAATTCAGTAAATGGGACTTTCCCGGCAGAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAACACCCAGAAATTCAGTAAATGGGACTTTCCCGGCAGAGCCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGGCCCTATTGCTATGCAATCTGGTCCAAAACCACTCTTCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGGCCCTATTGCTATGCAATCTGGTCCAAAACCACTCTTCAGGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCTTCACTGGTGGGCCCCACGCAAAGCTTCTTCATGAGGGAATCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTCTTCACTGGTGGGCCCCACGCAAAGCTTCTTCATGAGGGAATCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTTTGGGG         GCTGTCCAGATTATGAATGGGCTCTTCCACAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTTTGGGGGTA...CAGGCTGTCCAGATTATGAATGGGCTCTTCCACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCTGGGGGGTCTTCTGATGATCCCAGCAGGGATCTATGCACCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 TGCCCTGGGGGGTCTTCTGATGATCCCAGCAGGGATCTATGCACCCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTGACTGTGTGGTACCCTCTCTGGGGAGGCATTATG         TAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100710 GTGTGACTGTGTGGTACCCTCTCTGGGGAGGCATTATGGTG...CAGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTATTTCCGGATCACTCCTGGCAGCAACGGAGAAAAACTCCAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101917 ATTATTTCCGGATCACTCCTGGCAGCAACGGAGAAAAACTCCAGGAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTG         GTCAAAGGAAAAATGATAATGAATTCATTGAGCCTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101967 TTTGGCA...CAGGTCAAAGGAAAAATGATAATGAATTCATTGAGCCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGCTGCCATTTCTGGAATGATTCTTTCAATCATGGACATACTTAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103584 TTGCTGCCATTTCTGGAATGATTCTTTCAATCATGGACATACTTAATATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAATTTCCCATTTTTTAAAAATGGAGAGTCTGAATTTTATTAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103634 AAAATTTCCCATTTTTTAAAAATGGAGAGTCTGAATTTTATTAGAGCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACACCATATATTAACATATACAACTGTGAACCAGCTAATCCCTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103684 CACACCATATATTAACATATACAACTGTGAACCAGCTAATCCCTCTGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAACTCCCCATCTACCCAATACTGTTACAGCATACAATCTCTGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103734 AAAACTCCCCATCTACCCAATACTGTTACAGCATACAATCTCTGTTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574          GGCATTTTGTCAGTGATGCTGATCTTTGCCTTCTTCCAGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103784 GTA...CAGGGCATTTTGTCAGTGATGCTGATCTTTGCCTTCTTCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTTGTAATAGCTGGCATCGTTGAGAATGAATGGAAAAGAACGTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104626 ACTTGTAATAGCTGGCATCGTTGAGAATGAATGGAAAAGAACGTGCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GACCCAAATCT         AACATAGTTCTCCTGTCAGCAGAAGAAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104676 GACCCAAATCTGTA...TAGAACATAGTTCTCCTGTCAGCAGAAGAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGAACAGACTATTGAAATAAAAGAAGAAGTGGTTGGGCTAACTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105906 AAAGAACAGACTATTGAAATAAAAGAAGAAGTGGTTGGGCTAACTGAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCTTCCCAACCAAAGAATGAAGAAGACATTGAAATTATTCCAATCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105956 ATCTTCCCAACCAAAGAATGAAGAAGACATTGAAATTATTCCAATCCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGAGGAAGAAGAAGAAACAGAGACGAACTTTCCAGAACCTCCCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106006 AAGAGGAAGAAGAAGAAACAGAGACGAACTTTCCAGAACCTCCCCAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    856 CAGGAATCCTCACCAATAGAAAATGACAGCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 CAGGAATCCTCACCAATAGAAAATGACAGCTCTCCT