seq1 = pF1KE1015.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KE1015/gi568815587f_67383159.tfa (gi568815587f:67383159_67590990), 207832 bp

>pF1KE1015 990
>gi568815587f:67383159_67590990 (Chr11)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-279  (103848-104027)   100% ->
280-468  (106109-106297)   100% ->
469-645  (106880-107056)   100% ->
646-787  (107158-107299)   99% ->
788-990  (107630-107832)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATATCATCGCAAGACTCCGGGAGGACGGGATCCAAAAACGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATATCATCGCAAGACTCCGGGAGGACGGGATCCAAAAACGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATACAGGAAGGCCGAGGAGAGCTCCCGGACTTTCAAGATGGGACCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GATACAGGAAGGCCGAGGAGAGCTCCCGGACTTTCAAGATGGGACCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GCCACGTTCCACTACCGGACGCTGCACAGTGACGACGAGGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TT...CAGGCCACGTTCCACTACCGGACGCTGCACAGTGACGACGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCGTGCTGGACGACAGCCGGGCTCGTGGCAAGCCCATGGAGCTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103890 ACCGTGCTGGACGACAGCCGGGCTCGTGGCAAGCCCATGGAGCTCATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCAAGAAGTTCAAGCTGCCTGTGTGGGAGACCATCGTGTGCACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103940 TGGCAAGAAGTTCAAGCTGCCTGTGTGGGAGACCATCGTGTGCACCATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGAAGGGGAGATTGCCCAGTTCCTCTGTGACATCAAG         CAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103990 GAGAAGGGGAGATTGCCCAGTTCCTCTGTGACATCAAGGTG...CAGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGTCCTGTACCCGCTGGTGGCCAAGAGTCTCCGCAACATCGCGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106112 GTGGTCCTGTACCCGCTGGTGGCCAAGAGTCTCCGCAACATCGCGGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGACCCCCTGGAGGGCCAGCGGCACTGCTGCGGTGTTGCACAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106162 CAAGGACCCCCTGGAGGGCCAGCGGCACTGCTGCGGTGTTGCACAGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGAACACAGCTCCCTGGGCCATGCTGACCTGGACGCCCTGCAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106212 GTGAACACAGCTCCCTGGGCCATGCTGACCTGGACGCCCTGCAGCAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCCAGCCCCTCATCTTCCACATGGAGATGCTGAAG         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106262 CCCCAGCCCCTCATCTTCCACATGGAGATGCTGAAGGTG...CAGGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGCCCTGGCACGTACCAGCAGGACCCATGGGCCATGACAGACGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106885 GAGCCCTGGCACGTACCAGCAGGACCCATGGGCCATGACAGACGAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGCAAAGGCAGTGCCACTTATCCACCAGGAGGGCAACCGGTTGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106935 AGGCAAAGGCAGTGCCACTTATCCACCAGGAGGGCAACCGGTTGTACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGGGGCATGTGAAGGAGGCTGCTGCCAAGTACTACGATGCCATTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106985 GAGGGGCATGTGAAGGAGGCTGCTGCCAAGTACTACGATGCCATTGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTCAAGAACCTGCAGATGAAG         GAACAGCCTGGGTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107035 CCTCAAGAACCTGCAGATGAAGGTA...CAGGAACAGCCTGGGTCCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATGGATCCAGCTGGACAAGCAGATCACGCCGCTGCTGCTCAACTACTGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107177 AATGGATCCAGCTGGACCAGCAGATCACGCCGCTGCTGCTCAACTACTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGTGCAAGCTGGTGGTCGAGGAGTACTACGAGGTGCTGGACCACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107227 CAGTGCAAGCTGGTGGTCGAGGAGTACTACGAGGTGCTGGACCACTGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTCCATCCTCAACAAGTACGACG         ACAACGTCAAGGCCTACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107277 TTCCATCCTCAACAAGTACGACGGTG...CAGACAACGTCAAGGCCTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCAAGCGGGGCAAGGCCCACGCGGCCGTGTGGAATGCCCAGGAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107648 TCAAGCGGGGCAAGGCCCACGCGGCCGTGTGGAATGCCCAGGAGGCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTGACTTTGCCAAAGTGCTGGAGCTGGACCCAGCCCTGGCGCCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107698 GCTGACTTTGCCAAAGTGCTGGAGCTGGACCCAGCCCTGGCGCCTGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGCCGAGAGCTGCGGGCCCTGGAGGCACGGATCCGGCAGAAGGACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107748 GAGCCGAGAGCTGCGGGCCCTGGAGGCACGGATCCGGCAGAAGGACGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    956 AGGACAAAGCCCGGTTCCGGGGGATCTTCTCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107798 AGGACAAAGCCCGGTTCCGGGGGATCTTCTCCCAT