seq1 = pF1KE0487.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE0487/gi568815576f_45222380.tfa (gi568815576f:45222380_45436411), 214032 bp

>pF1KE0487 1071
>gi568815576f:45222380_45436411 (Chr22)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-300  (100796-101048)   100% ->
301-522  (105463-105684)   99% ->
523-651  (108224-108352)   100% ->
652-937  (110046-110331)   99% ->
938-970  (112971-113003)   100% ->
971-1054  (113949-114032)   100% ->
1055-1071  (118007-118023)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCAGTGGAAAAGACAACAAATAGAAGTGAACAAAAATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGATTCAGTGGAAAAGACAACAAATAGAAGTGAACAAAAATCCAGGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       AAAGTTTTTAAAAAGCCTCATCCGGAAACAGCCCCAGGAACTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...TAGAAAGTTTTTAAAAAGCCTCATCCGGAAACAGCCCCAGGAACTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTGGTTATCGGGACTGGCGTCAGCGCAGCAGTGGCCCCCGGAATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100840 TCCTGGTTATCGGGACTGGCGTCAGCGCAGCAGTGGCCCCCGGAATCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCTTTGCTCGTGGAGAAGCTGCATCGAGGCCGTCATCGAGGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100890 GCCCTTTGCTCGTGGAGAAGCTGCATCGAGGCCGTCATCGAGGCTGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCTGGAGGTGCTGCACCCCGGAGACGTCGCCGAGTTCCGGAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100940 GCAGCTGGAGGTGCTGCACCCCGGAGACGTCGCCGAGTTCCGGAGGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACAAAGGACCGGGACCTGTTGGTTGTCGCCCATGATCTGATCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100990 TGACAAAGGACCGGGACCTGTTGGTTGTCGCCCATGATCTGATCCGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGTCACCT         CGCACAGGCGATGCCAAGCCCAGCTTCTTCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101040 ATGTCACCTGTA...TAGCGCACAGGCGATGCCAAGCCCAGCTTCTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACTGCCTGATGGAGGTGTTTGACGACCTGGAGCAGCACATCCGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105495 GGACTGCCTGATGGAGGTGTTTGACGACCTGGAGCAGCACATCCGGAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCTGGTGCTGCAGTCGATCCTCAGCCTGATGGACAGAGGCGCCATGGTC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 105545 CTGTGGTGCTGCAGTCGATCCTCAGCCTGATGGACAGGGGCGCCATGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGACCACCAACTATGACAACCTGCTGGAGGCCTTTGGCCGGCGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105595 CTGACCACCAACTATGACAACCTGCTGGAGGCCTTTGGCCGGCGGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGCCCATGGAGTCCCTGGACTTGAAGGACAAGACCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105645 CAAGCCCATGGAGTCCCTGGACTTGAAGGACAAGACCAAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTTGAATGGGCAAGAGGGCACATGAAGTACGGCGTCCTCCACATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108225 TCCTTGAATGGGCAAGAGGGCACATGAAGTACGGCGTCCTCCACATTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCCTCTACACGGACCCCTGCGGGGTGGTGCTGGACCCATCGGGGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 GGCCTCTACACGGACCCCTGCGGGGTGGTGCTGGACCCATCGGGGTATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGACGTCACTCAAGACGCAGAAGTCATG         GAAGTCCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108325 AGACGTCACTCAAGACGCAGAAGTCATGGTA...TAGGAAGTCCTCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTTATACCGCACCAAGTCCTTTCTGTTTGTGGGCTGTGGGGAGACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110059 ACTTATACCGCACCAAGTCCTTTCTGTTTGTGGGCTGTGGGGAGACCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CATGATCAGATATTCCAGGCCCTCTTTCTTTACTCCGTGCCGAATAAGGT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110109 CGTGATCAGATATTCCAGGCCCTCTTTCTTTACTCCGTGCCGAATAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGATTTGGAGCACTACATGCTTGTGCTGAAGGAGAATGAAGACCATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110159 GGATTTGGAGCACTACATGCTTGTGCTGAAGGAGAATGAAGACCATTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTAAGCATCAGGCAGATATGCTTCTGCACGGAATCAAAGTTGTATCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110209 TTAAGCATCAGGCAGATATGCTTCTGCACGGAATCAAAGTTGTATCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGGACTGTTTTGACCACTTTCCAGGATATGTGCAAGACCTTGCCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110259 GGGGACTGTTTTGACCACTTTCCAGGATATGTGCAAGACCTTGCCACTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GATCTGCAAACAGCAAAGCCCAG         ATGCTGATCGCGTGGACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110309 GATCTGCAAACAGCAAAGCCCAGGTA...CAGATGCTGATCGCGTGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCACCACATTATTGG         GTAATGCATGCCAGGACTGTGCAAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112989 GCACCACATTATTGGGTA...TAGGTAATGCATGCCAGGACTGTGCAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGGAAGTTAGAAGAGAATGGAATTGAAGTTTCAAAAAAACGCACACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113975 AGGAAGTTAGAAGAGAATGGAATTGAAGTTTCAAAAAAACGCACACAATC

   1100     .    :    .    :    .    :
   1047 AGATACTG         ATGATGCTGGAGGGTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114025 AGATACTGGTA...CAGATGATGCTGGAGGGTCT