seq1 = pF1KE0368.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KE0368/gi568815595f_197860222.tfa (gi568815595f:197860222_198138664), 278443 bp

>pF1KE0368 1965
>gi568815595f:197860222_198138664 (Chr3)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-317  (114156-114253)   100% ->
318-348  (114821-114851)   100% ->
349-431  (115808-115890)   100% ->
432-549  (116377-116494)   100% ->
550-728  (120105-120283)   100% ->
729-834  (123722-123827)   100% ->
835-929  (125575-125669)   100% ->
930-1047  (130338-130455)   100% ->
1048-1155  (135954-136061)   100% ->
1156-1232  (139045-139121)   100% ->
1233-1365  (159032-159164)   100% ->
1366-1525  (161225-161384)   100% ->
1526-1656  (164437-164567)   100% ->
1657-1867  (175612-175822)   100% ->
1868-1965  (178346-178443)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAACGACGCTCGGCCCGAAGATGGCGGCCGAATGGGGCGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAACGACGCTCGGCCCGAAGATGGCGGCCGAATGGGGCGGAGGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTACTCGGGCTCAGGCCCGGGCCGGAGCCGGTGGCGCTGGAGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTTACTCGGGCTCAGGCCCGGGCCGGAGCCGGTGGCGCTGGAGCGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGTGGGTCCGAAGCGTTTTACTCCTGTTGGGCGGGCTCCGGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGTGGGTCCGAAGCGTTTTACTCCTGTTGGGCGGGCTCCGGGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACATCTACTCCCGTCTCCTTGGGCAGTTCCCCTCCCTGCCGGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCACATCTACTCCCGTCTCCTTGGGCAGTTCCCCTCCCTGCCGGCACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTCCCCTCTGACACTGAG         GTCATAAATAAAGTTCATCTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 CGTCCCCTCTGACACTGAGGTA...CAGGTCATAAATAAAGTTCATCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCAAATCATGTGGTCAAGAGAGATGTTGATGAGCATTTAAGAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114178 AGGCAAATCATGTGGTCAAGAGAGATGTTGATGAGCATTTAAGAATCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGTCTATGATAAAAGTGTTGAAGA         GTTGCTCCCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114228 ACTGTCTATGATAAAAGTGTTGAAGAGTA...CAGGTTGCTCCCTGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGAATCTTGTAAAG         AACAAGCTTTTCCCACAAGCGATTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114836 AAAGAATCTTGTAAAGGTA...TAGAACAAGCTTTTCCCACAAGCGATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTATTTAGAGAAGACTTTTCAGGTCCGTCGACCTGCGGGCACTATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115833 CTTATTTAGAGAAGACTTTTCAGGTCCGTCGACCTGCGGGCACTATCTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTAGCAG         ACAATGTGCAACAAACCAATACCTCCGGAAGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115883 CTTAGCAGGTA...AAGACAATGTGCAACAAACCAATACCTCCGGAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAACGATCCTCACAGGTACTGCACCGGGGAGTGTGCCGCACACACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116410 AAACGATCCTCACAGGTACTGCACCGGGGAGTGTGCCGCACACACAAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGGCCCCGTTATTGTTCCTGAGGAACATCTCCAG         CAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116460 GCGGCCCCGTTATTGTTCCTGAGGAACATCTCCAGGTA...CAGCAATGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGGTCTACCGTGGGGGTAAGTGGCCTCATGGAGCAGTGGGTGTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120111 CGGGTCTACCGTGGGGGTAAGTGGCCTCATGGAGCAGTGGGTGTGCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAAGAAGGCATCTCAGATGCAGACTTTGTTCTTTACGTTGGTGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120161 CCAAGAAGGCATCTCAGATGCAGACTTTGTTCTTTACGTTGGTGCTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACCGAGAGATGCAGCCATGAAAACATCATCTCTTATGCAGCCTATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120211 CCACCGAGAGATGCAGCCATGAAAACATCATCTCTTATGCAGCCTATTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGCAGGAAGCAAACATGGACAG         GCCAATAGCAGGATATGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120261 CAGCAGGAAGCAAACATGGACAGGTA...CAGGCCAATAGCAGGATATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAACCTGTGTCCAAATATGATCTCTACCCAGCCTCAGGAGTTTGTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123740 TAACCTGTGTCCAAATATGATCTCTACCCAGCCTCAGGAGTTTGTTGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTGTCCACAGTGAAACATGAGGTTATTCATGCCCTG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123790 TGCTGTCCACAGTGAAACATGAGGTTATTCATGCCCTGGTA...CAGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCTCTGCTGGGCTGTTTGCATTCTACCATGATAAAGATGGAAATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125578 TTCTCTGCTGGGCTGTTTGCATTCTACCATGATAAAGATGGAAATCCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACTTCAAGATTTGCAGATGGCCTCCCACCTTTTAATTATAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 125628 CACTTCAAGATTTGCAGATGGCCTCCCACCTTTTAATTATAGGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930  TCTGGGATTATATCAATGGAGTGATAAAGTAGTTCGAAAAGTGGAGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130337 GTCTGGGATTATATCAATGGAGTGATAAAGTAGTTCGAAAAGTGGAGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTATGGGATGTTCGAGATAATAAGATAGTTCGTCACACTGTGTATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130387 TTATGGGATGTTCGAGATAATAAGATAGTTCGTCACACTGTGTATCTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTAACGCCTCGTGTTGTT         GAGGAAGCACGAAAACATTTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130437 GGTAACGCCTCGTGTTGTTGTA...TAGGAGGAAGCACGAAAACATTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATTGTCCAGTTCTAGAGGGAATGGAACTTGAAAATCAAGGTGGTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135976 ATTGTCCAGTTCTAGAGGGAATGGAACTTGAAAATCAAGGTGGTGTGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACTGAGCTCAACCATTGGGAAAAAAGGTTATTAGAG         AATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136026 ACTGAGCTCAACCATTGGGAAAAAAGGTTATTAGAGGTC...CAGAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGCGATGACTGGTTCTCACACTCAGAATCGAGTACTCTCTCGAATCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139050 AGCGATGACTGGTTCTCACACTCAGAATCGAGTACTCTCTCGAATCACTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGCATTAATGGAGGACACTGG         GAGACAGATGCTGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 139100 TGGCATTAATGGAGGACACTGGGTA...CAGGAGACAGATGCTGAGCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TACTGTGACACGCTCAGAAGTAACCCACTGCAGCTAACTTGCAGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159051 TACTGTGACACGCTCAGAAGTAACCCACTGCAGCTAACTTGCAGACAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCAGAGAGCAGTTGCCGTGTGTAATTTGCAGAAGTTCCCTAAGCCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159101 CCAGAGAGCAGTTGCCGTGTGTAATTTGCAGAAGTTCCCTAAGCCTTTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CACAGGAATACCAG         TACTTTGATGAACTCAGTGGAATACCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 159151 CACAGGAATACCAGGTA...CAGTACTTTGATGAACTCAGTGGAATACCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCAGAAGATTTGCCTTATTATGGTGGCTCCGTGGAAATTGCTGACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161252 GCAGAAGATTTGCCTTATTATGGTGGCTCCGTGGAAATTGCTGACTACTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCCTTTCAGTCAGGAATTCAGTTGGCATTTAAGTGGTGAATATCAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161302 CCCTTTCAGTCAGGAATTCAGTTGGCATTTAAGTGGTGAATATCAGCGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCTCAGATTGTAGAATATTGGAAAATCAACCAG         AAATTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 161352 GCTCAGATTGTAGAATATTGGAAAATCAACCAGGTT...CAGAAATTTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAGAACTATGGCGCTGAAAAGTATGGACCTCATTCCGTTTGTCTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164445 AAGAACTATGGCGCTGAAAAGTATGGACCTCATTCCGTTTGTCTAATTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAAATCAGCATTCGTTATGGAGAAGTGTGAGAGGAAGCTGAGTTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164495 GAAATCAGCATTCGTTATGGAGAAGTGTGAGAGGAAGCTGAGTTACCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACTGGGGAAGCGGATGCTATCAG         GTTTCTTGTTCTCCTCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 164545 ACTGGGGAAGCGGATGCTATCAGGTA...AAGGTTTCTTGTTCTCCTCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GGTCTGAAAGTTTGGGTCCAAGATACTTCATATTTGTGTAGTCGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175630 GGTCTGAAAGTTTGGGTCCAAGATACTTCATATTTGTGTAGTCGGGCTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GCAGGTCCTCCCTGTCAGTATCCAGATGAATGGCTGGATTCACGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175680 GCAGGTCCTCCCTGTCAGTATCCAGATGAATGGCTGGATTCACGATGGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACCTGCTCTGCCCATCATGTTGGGACTTCTGTGAGCTCTGTCCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175730 ACCTGCTCTGCCCATCATGTTGGGACTTCTGTGAGCTCTGTCCTCCAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ACAGATCCTCCAGCCACTAACCTGACCCGAGCTCTGCCACTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 175780 ACAGATCCTCCAGCCACTAACCTGACCCGAGCTCTGCCACTTGGTG...T

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1868   ATCTTTGTTCCTGTTCCTCGAGCCTGGTGGTCACCCTCTGGCTTCTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178344 AGATCTTTGTTCCTGTTCCTCGAGCCTGGTGGTCACCCTCTGGCTTCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TAGGCAATCTGTTTCCTCTGCTGGCTGGATTTCTTCTGTGTATATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178394 TAGGCAATCTGTTTCCTCTGCTGGCTGGATTTCTTCTGTGTATATGGCAC