seq1 = pF1KB5907.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB5907/gi568815597r_171535928.tfa (gi568815597r:171535928_171752611), 216684 bp

>pF1KB5907 1512
>gi568815597r:171535928_171752611 (Chr1)

(complement)

1-604  (100001-100604)   100% ->
605-730  (113890-114015)   100% ->
731-1512  (115903-116684)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTTCTTCTGTGCACGTTGCTGCAGCTTTGGGCCTGAGATGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTTCTTCTGTGCACGTTGCTGCAGCTTTGGGCCTGAGATGCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCCAGCTGCTGCTTCTGGCCTGCCTGGTGTGGGATGTGGGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCCAGCTGCTGCTTCTGGCCTGCCTGGTGTGGGATGTGGGGGCCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCTCAGCTCAGGAAGGCCAATGACCAGAGTGGCCGATGCCAGTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCTCAGCTCAGGAAGGCCAATGACCAGAGTGGCCGATGCCAGTATACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAGTGTGGCCAGTCCCAATGAATCCAGCTGCCCAGAGCAGAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAGTGTGGCCAGTCCCAATGAATCCAGCTGCCCAGAGCAGAGCCAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGTCAGTCATCCATAACTTACAGAGAGACAGCAGCACCCAACGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGTCAGTCATCCATAACTTACAGAGAGACAGCAGCACCCAACGCTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGGAGGCCACCAAAGCTCGACTCAGCTCCCTGGAGAGCCTCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGGAGGCCACCAAAGCTCGACTCAGCTCCCTGGAGAGCCTCCTCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAATTGACCTTGGACCAGGCTGCCAGGCCCCAGGAGACCCAGGAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAATTGACCTTGGACCAGGCTGCCAGGCCCCAGGAGACCCAGGAGGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGAGGGAGCTGGGCACCCTGAGGCGGGAGCGGGACCAGCTGGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGAGGGAGCTGGGCACCCTGAGGCGGGAGCGGGACCAGCTGGAAACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAACCAGAGAGTTGGAGACTGCCTACAGCAACCTCCTCCGAGACAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAACCAGAGAGTTGGAGACTGCCTACAGCAACCTCCTCCGAGACAAGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTCTGGAGGAAGAGAAGAAGCGACTAAGGCAAGAAAATGAGAATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTTCTGGAGGAAGAGAAGAAGCGACTAAGGCAAGAAAATGAGAATCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGGAGGTTGGAAAGCAGCAGCCAGGAGGTAGCAAGGCTGAGAAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGGAGGTTGGAAAGCAGCAGCCAGGAGGTAGCAAGGCTGAGAAGGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTGTCCCCAGACCCGAGACACTGCTCGGGCTGTGCCACCAGGCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGTGTCCCCAGACCCGAGACACTGCTCGGGCTGTGCCACCAGGCTCCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAG         TTTCTACGTGGAATTTGGACACTTTGGCCTTCCAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAGGTA...CAGTTTCTACGTGGAATTTGGACACTTTGGCCTTCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACTGAAGTCCGAGCTAACTGAAGTTCCTGCTTCCCGAATTTTGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113927 ACTGAAGTCCGAGCTAACTGAAGTTCCTGCTTCCCGAATTTTGAAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCCATCTGGCTATCTCAGGAGTGGAGAGGGAGACACCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113977 GCCCATCTGGCTATCTCAGGAGTGGAGAGGGAGACACCGGTA...CAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGTGGAGAACTAGTTTGGGTAGGAGAGCCTCTCACGCTGAGAACAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115905 TGTGGAGAACTAGTTTGGGTAGGAGAGCCTCTCACGCTGAGAACAGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AACAATTACTGGCAAGTATGGTGTGTGGATGCGAGACCCCAAGCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115955 AACAATTACTGGCAAGTATGGTGTGTGGATGCGAGACCCCAAGCCCACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACCCCTACACCCAGGAGACCACGTGGAGAATCGACACAGTTGGCACGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116005 ACCCCTACACCCAGGAGACCACGTGGAGAATCGACACAGTTGGCACGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTCCGCCAGGTTTTTGAGTATGACCTCATCAGCCAGTTTATGCAGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116055 GTCCGCCAGGTTTTTGAGTATGACCTCATCAGCCAGTTTATGCAGGGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCCTTCTAAGGTTCACATACTGCCTAGGCCACTGGAAAGCACGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116105 CCCTTCTAAGGTTCACATACTGCCTAGGCCACTGGAAAGCACGGGTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGGTGTACTCGGGGAGCCTCTATTTCCAGGGCGCTGAGTCCAGAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116155 TGGTGTACTCGGGGAGCCTCTATTTCCAGGGCGCTGAGTCCAGAACTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATAAGATATGAGCTGAATACCGAGACAGTGAAGGCTGAGAAGGAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116205 ATAAGATATGAGCTGAATACCGAGACAGTGAAGGCTGAGAAGGAAATCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGGAGCTGGCTACCACGGACAGTTCCCGTATTCTTGGGGTGGCTACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116255 TGGAGCTGGCTACCACGGACAGTTCCCGTATTCTTGGGGTGGCTACACGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACATTGACTTGGCTGTGGATGAAGCAGGCCTCTGGGTCATTTACAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116305 ACATTGACTTGGCTGTGGATGAAGCAGGCCTCTGGGTCATTTACAGCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GATGAGGCCAAAGGTGCCATTGTCCTCTCCAAACTGAACCCAGAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116355 GATGAGGCCAAAGGTGCCATTGTCCTCTCCAAACTGAACCCAGAGAATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGAACTCGAACAAACCTGGGAGACAAACATCCGTAAGCAGTCAGTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116405 GGAACTCGAACAAACCTGGGAGACAAACATCCGTAAGCAGTCAGTCGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ATGCCTTCATCATCTGTGGCACCTTGTACACCGTCAGCAGCTACACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116455 ATGCCTTCATCATCTGTGGCACCTTGTACACCGTCAGCAGCTACACCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCAGATGCTACCGTCAACTTTGCTTATGACACAGGCACAGGTATCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116505 GCAGATGCTACCGTCAACTTTGCTTATGACACAGGCACAGGTATCAGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GACCCTGACCATCCCATTCAAGAACCGCTATAAGTACAGCAGCATGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116555 GACCCTGACCATCCCATTCAAGAACCGCTATAAGTACAGCAGCATGATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACTACAACCCCCTGGAGAAGAAGCTCTTTGCCTGGGACAACTTGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116605 ACTACAACCCCCTGGAGAAGAAGCTCTTTGCCTGGGACAACTTGAACATG

   1500     .    :    .    :    .    :
   1483 GTCACTTATGACATCAAGCTCTCCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 116655 GTCACTTATGACATCAAGCTCTCCAAGATG