seq1 = pF1KA0611.tfa, 2733 bp
seq2 = pF1KA0611/gi568815578r_51501214.tfa (gi568815578r:51501214_51829979), 328766 bp

>pF1KA0611 2733
>gi568815578r:51501214_51829979 (Chr20)

(complement)

1-23  (61656-61678)   100% ->
24-168  (100002-100146)   100% ->
169-282  (104048-104161)   100% ->
283-391  (116906-117014)   100% ->
392-468  (153772-153848)   100% ->
469-629  (155667-155827)   100% ->
630-772  (158723-158865)   98% ->
773-885  (159871-159983)   100% ->
886-1098  (172830-173042)   100% ->
1099-1260  (190476-190637)   100% ->
1261-1353  (200908-201000)   100% ->
1354-1437  (202297-202380)   100% ->
1438-1608  (204618-204788)   100% ->
1609-1707  (207808-207906)   100% ->
1708-1797  (210937-211026)   100% ->
1798-1942  (211174-211318)   100% ->
1943-2007  (212426-212490)   100% ->
2008-2163  (216148-216303)   100% ->
2164-2228  (219815-219879)   100% ->
2229-2337  (221354-221462)   100% ->
2338-2395  (222396-222453)   100% ->
2396-2599  (224960-225163)   100% ->
2600-2733  (228633-228766)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCAGGCCCCGCGCCGG         GTGCTGCGAGTGGCTGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  61656 ATGGACAGCAGGCCCCGCGCCGGGTG...CAGGTGCTGCGAGTGGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATGCTGCGGTGGAGGGGAGGCCAGGCCCCGCACTGTCTGGCTGGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 ATGCTGCGGTGGAGGGGAGGCCAGGCCCCGCACTGTCTGGCTGGGGCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGAGAAGAGAGACCAGAGGTATCCTCGGAATGTCATCAACAATCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 CCGAGAAGAGAGACCAGAGGTATCCTCGGAATGTCATCAACAATCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAATTTCTTCACCTTTCTTCCTGGG         GTGCTGTTCAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100120 TACAATTTCTTCACCTTTCTTCCTGGGGTA...CAGGTGCTGTTCAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTCAAATACTTTTTCAACCTCTATTTCTTACTTCTTGCCTGCTCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104062 GTTCAAATACTTTTTCAACCTCTATTTCTTACTTCTTGCCTGCTCTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTTCCCGAAATGAGACTTGGTGCACTCTATACCTACTGGGTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104112 TTGTTCCCGAAATGAGACTTGGTGCACTCTATACCTACTGGGTTCCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          GGCTTCGTGCTGGCCGTCACTGTCATCCGTGAGGCGGTGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104162 GTA...CAGGGCTTCGTGCTGGCCGTCACTGTCATCCGTGAGGCGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGATCCGATGCTACGTGCGGGACAAGGAAGTCAACTCCCAGGTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116947 GGAGATCCGATGCTACGTGCGGGACAAGGAAGTCAACTCCCAGGTCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCGGCTCACAGCACGAG         GTACTGTTGTGGGTGTTGTTCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 116997 GCCGGCTCACAGCACGAGGTC...TAGGTACTGTTGTGGGTGTTGTTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACACTGGCAGAGAACTCCGGAGTGTCATGAATACCTCAAATCCCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153795 TACACTGGCAGAGAACTCCGGAGTGTCATGAATACCTCAAATCCCCGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAG         ATCGGCCTGTTCGACTTGGAAGTGAACTGCCTCACCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153845 TAAGGTG...CAGATCGGCCTGTTCGACTTGGAAGTGAACTGCCTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGATCCTCTTTGGTGCCCTGGTGGTGGTCTCGCTGGTCATGGTTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155704 AGATCCTCTTTGGTGCCCTGGTGGTGGTCTCGCTGGTCATGGTTGCCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGCACTTTGCAGGCCGTTGGTACCTGCAGATCATCCGCTTCCTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155754 CAGCACTTTGCAGGCCGTTGGTACCTGCAGATCATCCGCTTCCTCCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTTTCCAACATCATCCCCATTAG         TTTGCGCGTGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| ||||||||||
 155804 GTTTTCCAACATCATCCCCATTAGGTA...TAGTTTGCGTGTGAACCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACATGGGCAAGATCGTGTACAGCTGGGTGATTCGAAGGGACTCAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 158740 ACATGGGCAAGATCGTGTACAGCTGGGTGATTCGAAGGGACTCGAAAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCGGGACCGTGGTTCGCTCCAGCACGATTCCTGAGCAGCTGGGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158790 CCCGGGACCGTGGTTCGCTCCAGCACGATTCCTGAGCAGCTGGGCAGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCGTACTTACTCACAGACAAGACAG         GCACTCTTACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 158840 TTCGTACTTACTCACAGACAAGACAGGTG...TAGGCACTCTTACCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGAGATGATTTTCAAACGGCTCCATCTCGGAACAGTAGCCTACGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159886 ACGAGATGATTTTCAAACGGCTCCATCTCGGAACAGTAGCCTACGGCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACTCAATGGACGAAGTACAAAGCCACATTTTCAGCATTTACACCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 159936 GACTCAATGGACGAAGTACAAAGCCACATTTTCAGCATTTACACCCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        CAATCCCAGGACCCACCGGCTCAGAAGGGCCCAACGCTCACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159986 A...TAGCAATCCCAGGACCCACCGGCTCAGAAGGGCCCAACGCTCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTAAGGTCCGGCGGACCATGAGCAGCCGCGTGCACGAAGCCGTGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172873 CTAAGGTCCGGCGGACCATGAGCAGCCGCGTGCACGAAGCCGTGAAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCGCGCTCTGCCACAACGTGACTCCCGTGTATGAGTCCAACGGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172923 ATCGCGCTCTGCCACAACGTGACTCCCGTGTATGAGTCCAACGGTGTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGATCAGGCTGAGGCCGAGAAGCAGTACGAAGACTCCTGCCGCGTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172973 TGATCAGGCTGAGGCCGAGAAGCAGTACGAAGACTCCTGCCGCGTATACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGCATCCAGCCCCGATGAG         GTGGCCCTGGTACAGTGGACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 173023 AGGCATCCAGCCCCGATGAGGTA...TAGGTGGCCCTGGTACAGTGGACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAAGTGTGGGCTTAACCCTGGTGGGCCGAGACCAGTCTTCCATGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190497 GAAAGTGTGGGCTTAACCCTGGTGGGCCGAGACCAGTCTTCCATGCAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAGGACCCCTGGCGACCAGATCCTGAACTTCACCATCCTACAGATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190547 GAGGACCCCTGGCGACCAGATCCTGAACTTCACCATCCTACAGATCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTTTCACCTATGAAAGCAAACGTATGGGCATCATCGTGCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 190597 CTTTCACCTATGAAAGCAAACGTATGGGCATCATCGTGCGGGTG...TAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GATGAATCAACTGGAGAAATTACGTTTTACATGAAGGGAGCAGATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200908 GATGAATCAACTGGAGAAATTACGTTTTACATGAAGGGAGCAGATGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATGGCTGGCATTGTGCAGTACAATGACTGGTTGGAGGAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 200958 CATGGCTGGCATTGTGCAGTACAATGACTGGTTGGAGGAAGAGGTA...C

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1354   TGTGGCAACATGGCCCGAGAAGGGCTGCGGGTGCTCGTGGTGGCAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202295 AGTGTGGCAACATGGCCCGAGAAGGGCTGCGGGTGCTCGTGGTGGCAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGTCTCTTGCAGAGGAGCAGTATCAGGACTTTGAA         GCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 202345 AAGTCTCTTGCAGAGGAGCAGTATCAGGACTTTGAAGTA...CAGGCCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTACGTCCAGGCCAAGCTGAGTGTGCACGACCGCTCCCTCAAAGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204623 CTACGTCCAGGCCAAGCTGAGTGTGCACGACCGCTCCCTCAAAGTGGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGGTGATCGAGAGCCTGGAGATGGAGATGGAACTGCTGTGCCTGACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204673 CGGTGATCGAGAGCCTGGAGATGGAGATGGAACTGCTGTGCCTGACGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTGGAGGACCAGCTGCAGGCAGATGTGCGGCCCACGCTGGAGACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204723 GTGGAGGACCAGCTGCAGGCAGATGTGCGGCCCACGCTGGAGACCCTGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAATGCTGGCATCAAG         GTTTGGATGCTGACAGGGGACAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 204773 GAATGCTGGCATCAAGGTA...CAGGTTTGGATGCTGACAGGGGACAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGAGACAGCTACGTGCACAGCGAAGAATGCACATCTGGTGACCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207833 TGGAGACAGCTACGTGCACAGCGAAGAATGCACATCTGGTGACCAGAAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CAAGACATCCACGTTTTTCGGCTG         GTGACCAACCGCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 207883 CAAGACATCCACGTTTTTCGGCTGGTA...CAGGTGACCAACCGCGGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGCTCACCTCGAGCTGAACGCCTTCCGCAGGAAGCATGATTGTGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210954 GGCTCACCTCGAGCTGAACGCCTTCCGCAGGAAGCATGATTGTGCCCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCATCTCGGGAGACTCCCTGGAG         GTTTGCCTCAAGTACTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 211004 TCATCTCGGGAGACTCCCTGGAGGTG...CAGGTTTGCCTCAAGTACTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GAGTACGAGTTCATGGAGCTGGCCTGCCAGTGCCCGGCCGTAGTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211192 GAGTACGAGTTCATGGAGCTGGCCTGCCAGTGCCCGGCCGTAGTCTGCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CCGATGTGCCCCCACCCAGAAGGCCCAGATCGTGCGCCTGCTTCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211242 CCGATGTGCCCCCACCCAGAAGGCCCAGATCGTGCGCCTGCTTCAGGAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GCACGGGCAAGCTCACCTGTGCAGTAG         GGGACGGAGGCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 211292 GCACGGGCAAGCTCACCTGTGCAGTAGGTA...CAGGGGACGGAGGCAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GACGTCAGCATGATTCAGGAATCTGACTGCGGCGTGGGAGTGGAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212440 GACGTCAGCATGATTCAGGAATCTGACTGCGGCGTGGGAGTGGAAGGAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 G         GAAGGAAAACAGGCTTCGTTGGCTGCAGACTTCTCCATCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212490 GGTG...TAGGAAGGAAAACAGGCTTCGTTGGCTGCAGACTTCTCCATCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CTCAATTTAAGCATCTTGGCCGGTTGCTTATGGTGCATGGCCGGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216188 CTCAATTTAAGCATCTTGGCCGGTTGCTTATGGTGCATGGCCGGAACAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 TACAAGCGGTCAGCCGCCCTCAGCCAGTTCGTGATTCACAGGAGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216238 TACAAGCGGTCAGCCGCCCTCAGCCAGTTCGTGATTCACAGGAGCCTCTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TATCAGCACCATGCAG         GCTGTCTTTTCCTCCGTGTTTTACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 216288 TATCAGCACCATGCAGGTG...CAGGCTGTCTTTTCCTCCGTGTTTTACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TTGCCTCCGTCCCTCTCTATCAAGGATTCCTCATCATTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 219840 TTGCCTCCGTCCCTCTCTATCAAGGATTCCTCATCATTGGGTA...CAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 TACTCCACAATTTACACCATGTTTCCTGTGTTTTCTCTGGTCCTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221355 TACTCCACAATTTACACCATGTTTCCTGTGTTTTCTCTGGTCCTGGACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 AGATGTCAAATCGGAAGTTGCCATGCTGTATCCTGAGCTCTACAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221405 AGATGTCAAATCGGAAGTTGCCATGCTGTATCCTGAGCTCTACAAGGATC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 TTCTCAAG         GGACGGCCGTTGTCCTACAAGACATTCTTAATA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 221455 TTCTCAAGGTT...CAGGGACGGCCGTTGTCCTACAAGACATTCTTAATA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 TGGGTTTTGATTAGCATCTATCAAG         GGAGCACCATCATGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 222429 TGGGTTTTGATTAGCATCTATCAAGGTA...CAGGGAGCACCATCATGTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 CGGGGCGCTGCTGCTGTTTGAGTCGGAGTTCGTGCACATCGTGGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224976 CGGGGCGCTGCTGCTGTTTGAGTCGGAGTTCGTGCACATCGTGGCCATCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CCTTCACCTCGCTGATCCTCACCGAGCTGCTCATGGTGGCGCTGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225026 CCTTCACCTCGCTGATCCTCACCGAGCTGCTCATGGTGGCGCTGACCATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 CAGACCTGGCACTGGCTCATGACAGTGGCGGAGCTGCTCAGCCTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225076 CAGACCTGGCACTGGCTCATGACAGTGGCGGAGCTGCTCAGCCTGGCCTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 CTACATCGCCTCCCTGGTGTTCTTACACGAGTTCATCG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 225126 CTACATCGCCTCCCTGGTGTTCTTACACGAGTTCATCGGTA...CAGATG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 TGTACTTCATCGCCACCTTGTCATTCTTGTGGAAAGTCTCCGTCATCACT
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 228636 TGTACTTCATCGCCACCTTGTCATTCTTGTGGAAAGTCTCCGTCATCACT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 CTGGTCAGCTGCCTCCCCCTCTATGTCCTCAAGTACCTGCGAAGACGGTT
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 228686 CTGGTCAGCTGCCTCCCCCTCTATGTCCTCAAGTACCTGCGAAGACGGTT

   2900     .    :    .    :    .    :
   2703 CTCTCCCCCCAGCTACTCAAAGCTCACATCA
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 228736 CTCTCCCCCCAGCTACTCAAAGCTCACATCA