seq1 = pF1KA0128.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KA0128/gi568815575r_119529318.tfa (gi568815575r:119529318_119775669), 246352 bp

>pF1KA0128 1281
>gi568815575r:119529318_119775669 (ChrX)

(complement)

1-30  (82565-82594)   100% ->
31-145  (100002-100116)   100% ->
146-341  (111993-112188)   100% ->
342-528  (122630-122816)   100% ->
529-690  (125572-125733)   100% ->
691-787  (134882-134978)   100% ->
788-956  (138475-138643)   100% ->
957-1089  (142178-142310)   100% ->
1090-1281  (146162-146352)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGACCGATATAGCTCGCCAGGTG         GGTGAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  82565 ATGGCAGCGACCGATATAGCTCGCCAGGTGGTA...TAGGGTGAAGGTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGAACTGTCCCCCTGGCTGGACATGTGGGGTTTGACAGCTTGCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 CCGAACTGTCCCCCTGGCTGGACATGTGGGGTTTGACAGCTTGCCTGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTGGTGAATAAGTCCGTCAGCCAGGGCTTCTGCTTCAACATCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 AGCTGGTGAATAAGTCCGTCAGCCAGGGCTTCTGCTTCAACATCCTGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGG         GAGAGACAGGTTTGGGCAAGTCCACCCTCATGGACAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 GTGGGTG...CAGGAGAGACAGGTTTGGGCAAGTCCACCCTCATGGACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGTTCAACACCAAATTCGAAGGGGAGCCAGCCACCCACACACAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112030 CCTGTTCAACACCAAATTCGAAGGGGAGCCAGCCACCCACACACAGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTCCAGCTCCAGTCTAATACCTATGACCTCCAAGAGAGCAACGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112080 GTGTCCAGCTCCAGTCTAATACCTATGACCTCCAAGAGAGCAACGTGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAAGCTCACGATCGTTAGCACAGTTGGCTTTGGGGACCAGATCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112130 CTAAAGCTCACGATCGTTAGCACAGTTGGCTTTGGGGACCAGATCAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGGACAG         CTACAAGCCTATCGTGGAATTCATCGATGCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112180 AGAGGACAGGTA...TAGCTACAAGCCTATCGTGGAATTCATCGATGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATTCGAGGCCTACCTGCAGGAAGAGCTAAAGATCCGAAGAGTGCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122662 AATTCGAGGCCTACCTGCAGGAAGAGCTAAAGATCCGAAGAGTGCTACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTACCATGACTCCCGAATCCATGTCTGCTTGTATTTCATTGCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122712 ACCTACCATGACTCCCGAATCCATGTCTGCTTGTATTTCATTGCCCCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGTCATTCCCTGAAGTCTCTGGACCTAGTGACTATGAAGAAGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122762 GGGTCATTCCCTGAAGTCTCTGGACCTAGTGACTATGAAGAAGCTGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAAG         GTGAACATCATCCCCATCATTGCCAAAGCAGATGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122812 GTAAGGTA...TAGGTGAACATCATCCCCATCATTGCCAAAGCAGATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTTCGAAGAGTGAGCTAACAAAGTTCAAAATCAAAATCACCAGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125608 ATTTCGAAGAGTGAGCTAACAAAGTTCAAAATCAAAATCACCAGCGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTCAGCAACGGAGTCCAGATCTATCAGTTTCCTACAGATGATGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125658 TGTCAGCAACGGAGTCCAGATCTATCAGTTTCCTACAGATGATGAGTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGCAGAGATCAATGGAACCATGAAC         GCCCACCTGCCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125708 TGGCAGAGATCAATGGAACCATGAACGTG...CAGGCCCACCTGCCGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGTCATTGGCAGCACAGAAGAACTGAAGATAGGCAACAAGATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134897 GCTGTCATTGGCAGCACAGAAGAACTGAAGATAGGCAACAAGATGATGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCGCGGCAGTATCCTTGGGGCACTGTGCAGG         TTGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 134947 GGCGCGGCAGTATCCTTGGGGCACTGTGCAGGGTG...CAGTTGAAAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCCCACTGCGACTTTGTGAAGCTGCGGGAGATGCTGATTCGGGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138484 AGGCCCACTGCGACTTTGTGAAGCTGCGGGAGATGCTGATTCGGGTCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGAGGATCTGCGGGAGCAGACCCACACCCGGCACTATGAGCTGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138534 ATGGAGGATCTGCGGGAGCAGACCCACACCCGGCACTATGAGCTGTATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCGCTGTAAGCTGGAGGAGATGGGCTTCAAGGACACCGACCCTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138584 CCGCTGTAAGCTGGAGGAGATGGGCTTCAAGGACACCGACCCTGACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AACCCTTCAG         TTTACAGGAGACATATGAGGCCAAAAGGAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 138634 AACCCTTCAGGTA...CAGTTTACAGGAGACATATGAGGCCAAAAGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGTTCCTAGGGGAACTCCAGAAAAAAGAAGAGGAGATGAGACAGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142209 GAGTTCCTAGGGGAACTCCAGAAAAAAGAAGAGGAGATGAGACAGATGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGTCCAGCGAGTCAAAGAGAAAGAAGCGGAGCTCAAAGAGGCAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142259 CGTCCAGCGAGTCAAAGAGAAAGAAGCGGAGCTCAAAGAGGCAGAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AG         CTGCACGAGAAGTTTGACCGTCTGAAGAAACTGCACCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142309 AGGTA...CAGCTGCACGAGAAGTTTGACCGTCTGAAGAAACTGCACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACGAGAAGAAGAAACTGGAGGATAAGAAGAAATCCCTGGATGATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146201 GACGAGAAGAAGAAACTGGAGGATAAGAAGAAATCCCTGGATGATGAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAATGCTTTCAAGCAAAGAAAGACGGCGGCTGAGCTGCTCCAGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146251 GAATGCTTTCAAGCAAAGAAAGACGGCGGCTGAGCTGCTCCAGTCCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCTCCCAGGCTGGAGGCTCACAGACTCTGAAGAGAGACAAAGAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146301 GCTCCCAGGCTGGAGGCTCACAGACTCTGAAGAGAGACAAAGAGAAGAAA

   1350 
   1279 AAT
        ||-
 146351 AA