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The Kazusa Metabolomics Portal

 

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プロテオミクスやメタボロミクスでは主要な分析装置として質量分析器が使用されるが、取得したデータは質量分析器のメーカー独自の形式で保存されるため、各社の装置のデータを相互に比較したり、ラボ間で共有したりすることができない。そこで、質量分析のデータを記載できる共通のファイル形式を策定しようという動きが2004年頃から主にプロテオミクス研究者の間で進められ、mzXML、mzData(現在開発終了)、この両者を統合したmzMLなどのフォーマットが開発・使用されてきた。mzXMLはSeattle Proteome Center(SPC, Institute for Systems Biology)で開発された古いフォーマットの一つだが、構造が比較的単純でXMLの割にはファイル容量も小さいせいか、現在でもこの形式をサポートしている解析ソフトは多く見られる。

SPCのWikiサイトでは、各ベンダー独自のデータ形式のファイルをmzXMLに変換するための各種ツールが紹介されている。コンソール画面でコマンドを打って実行するようなプログラム開発者向けのツールが多いが、かゆいところに手が届く貴重なツールの宝庫なので、データ処理パイプラインの構築に困ったときなどは、宝探し気分で覗いてみると良いだろう。mzXMLファイルを開いてマスクロマトグラムやスペクトルを確認するためのツールなどもダウンロードできるので、変換したmzXMLデータの確認も可能だ。

 

サイトURL: tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=Formats:mzXML