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The Metabolomics Standards Initiative (MSI)
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メタボロームデータの標準化を目指し、UCデービスのOliver Fiehnが旗振り役となって2006年に発足した組織。
マイクロアレイ実験では、その実験に関する「最小限に記載すべき情報」、いわゆるMIAMEの指針がよく知られており、データを公開しようとするとMIAMEに準拠した情報提供を求められる。このような指針は、公開されたデータを適切に理解し評価・再利用するために重要だ。プロテオミクスやメタボロミクスなど、後発のオミクス研究でも、当然その重要性は議論されることとなり、Metabolomics Societyに参加していたメンバーが協力して指針作りに取り組んだのが、このMSIだ。

実は、リンク先であるMSIのホームページは、2006年頃からあまりメンテナンスされていない。MSIの活動の結果は2007年のMetabolomics誌(Volume 3, Issue 3)にまとめられている。サンプルの種類や装置、処理工程などによりいくつかの論文に分かれているが、最小限の記載内容についてはLloyd Sumnerの論文が理解しやすいだろう。ただ、メタボロミクスは多様な分析装置の記述そのものが複雑であるうえ、サンプル準備ひとつとっても何のファクターを重要視するかが目的によって大きく異なるため、MIAMEに比べてもその内容はかなり膨大に感じるものとなっている。「最低限これだけ書けばOK」と言うよりは「これにも注意してなるべく詳しく書いて」と言われているようで、正直頭が痛くなる内容だ。しかし、このような留意点を挙げ尽くすことができたのはMSIの大きな成果の一つと言えるだろう。

実験条件の詳細情報(メタデータ)の整理が大変だということは、メタデータを記載する側だけでなく、それを扱うデータベースを作る側も大変なのである。メタボロミクス業界初の公共データレポジトリ「MetaboLights」が登場したのは、2012年になってようやくのこと。標準化の流れは、MetaboLightsと同時に立ち上がったEUの研究プロジェクト「COSMOS」に事実上引き継がれている。

 

サイトURL: msi-workgroups.sourceforge.net