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MetaboLights
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EMBLのEuropean Bioinformatics Institute(EBI)が整備するメタボロミクスデータのリポジトリ。質量分析、NMR双方のデータを対象としており、生物種を問わず、メタボロミクスデータを広く収集することを目指している。遺伝子発現データで言うところのArrayExpress(EBI)やGEO(NCBI)に相当するリソースといえるだろう。実験データの詳細(メタデータ)の記述は、ISA software suiteというJavaのソフトウェアを使用することが前提となっている。ISAはメタボロミクスに限らず、様々な実験データを記載するために開発されたものだが、MetaboLightsはメタボロミクス用のセッティングをした専用のパッケージを配布している。このツール、オントロジーと連携して機器名を入力補完してくれたりなど、便利ではあるが、操作が複雑なことと検索が(日本からでは?)遅いことがやや難点に思われる。
2013年4月1日現在で、16件のInvestigation(実験プロジェクト)のデータが公開されている。
ちなみにMetaboLightsは、EBIのSteinbeckとケンブリッジ大のGriffinが中心に構築している。SteinbeckはJavaの化合物計算ライブラリーChemistry Development Kit(CDK)などでも有名。EBIは近年化合物のオントロジー整備などにも力を入れている。

 

サイトURL: www.ebi.ac.uk/metabolights/