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Golm Metabolome Database
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GMD (Golm Metabolome Database)は、ドイツGolmにあるMax Planck研究所の分子植物生理学研究所(Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology)が運営しているデータベースで、GC-MSを用いたメタボロミクスの関連リソースを公開している。ガスクロマトグラフィー(GC)では、鎖長の決まったアルカン類の溶出時間をもとにして、代謝産物の保持時間を標準化できる(Retention Index: RI)。GMDでは、使用するGCのカラムごとに、精製化合物のRIと、電子衝撃イオン化(Electron Impact Ionization: EI)のMSスペクトルを収集することで、どのラボで取得したデータからでも化合物の同定が可能となるライブラリーの構築を目指している。また精製化合物だけでなく、植物サンプルに繰り返し現れる「未同定の」化合物もライブラリー化して、将来の研究に役立てる取り組みも進められている。GMDでは、ユーザーが問い合わせたEIスペクトルに類似のスペクトルを持つ化合物を検索できるだけでなく(ms analysis)、ライブラリーの情報と各化合物の分子構造を結びつけて化合物の部分構造を推定できるデータが構築されており(decision tree)、問い合わせたスペクトルがどの化合物群に含まれそうかも推定してくれる。また、植物サンプルを実際に分析したデータが現在10セットほど閲覧でき(profile data)、ISA-Tabフォーマットや、XEMLと呼ばれる独自に開発されたメタデータ記述フレームワークでデータをダウンロードできる。GMDで提供されている検索機能のほとんどはSOAP方式のウェブサービスとして公開されているので、ソフトウェア開発ができる方ならば、自作プログラムに検索機能を組み込むことも可能だ。

 

サイトURL: gmd.mpimp-golm.mpg.de