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KEGG
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生物学を専攻している人であれば、たとえ「KEGG」という名前は知らなくても、こんな感じの代謝経路マップは文献などで一度は目にしたことがあるだろう。KEGGの正式名称はKyoto Encyclopedia of Genes and Genomesで、その名の通り、京都大学の化学研究所バイオインフォマティクスセンターで制作・運営されている。代謝経路マップを中心として、ゲノム、遺伝子、酵素反応、代謝化合物などが相互に関連づけられた、巨大な生物情報データベースだ。近年では生体反応のみならず、ゲノムと関連して疾患や医薬品などの情報も統合されてきている。化合物関連のデータは、基本的な生体内化合物のカタログKEGG LIGANDのCOMPOUND、糖鎖のGLYCAN、そして医薬品データベースのKEGG DRUGとしてとりまとめられている。

代謝マップを用いた解析ツールとして遺伝子や化合物の定量データをマップ上などに投影できるKEGG Mapperや、化合物が変換される酵素反応を予測してくれるPathPredなどがKEGG自身から提供されている。このほかにも、KEGGを利用して二次的な解析ができるツールは世界中で沢山開発されており、私たちが作っているKaPPA-View4 KEGGもその一つだ。KEGGでは、化合物の構造が独自の方式(KCF)で記述されていたり、遺伝子や化合物などがKEGG BRITEと呼ばれる独自の機能分類に従って整理されていたり、遺伝子オーソログがKEGG ORTHOLOGYとして独自に整備されていたりする。情報処理のスキルがあれば、これらのユニークなデータを駆使して新たなデータ解析方法を研究することも可能である。このような、使い回せる情報基盤としての側面もKEGGの魅力の一つといえるだろう。

 

サイトURL: www.genome.jp/kegg/