# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj14762.fasta.huge -Q ../query/KIAA2010.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2010, 920 aa vs ./tmplib.25089 library 1986585 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5852+/-0.00765; mu= -6.5252+/- 0.520 mean_var=232.1698+/-55.670, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.084173 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1387 ( 950 res) fj06480 ( 950) 2811 354.7 2.9e-98 >>KIAA1387 ( 950 res) fj06480 (950 aa) initn: 3178 init1: 2023 opt: 2811 Z-score: 1856.0 bits: 354.7 E(): 2.9e-98 Smith-Waterman score: 3961; 71.842% identity (87.370% similar) in 863 aa overlap (100-911:101-946) 70 80 90 100 110 120 KIAA20 AGALTPRPSPLQGPFPGRLLAGPPPRFPGGTMTDTRRRVKVYTLNEDRQWDDRGTGHVSS ::.::::::::::::::::::::::::::: KIAA13 RHYCLYRLLRVRSADEVSEEAAARAVETAATMSDTRRRVKVYTLNEDRQWDDRGTGHVSS 80 90 100 110 120 130 130 140 150 160 170 180 KIAA20 GYVERLKGMSLLVRAESDGSLLLESKINPNTAYQKQQDTLIVWSEAENYDLALSFQEKAG :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA13 TYVEELKGMSLLVRAESDGSLLLESKINPNTAYQKQQDTLIVWSEAENYDLALSFQEKAG 140 150 160 170 180 190 190 200 210 220 230 240 KIAA20 CDEIWEKICQVQGKDPSVDITQDLVDESEEERFDDM--SSPGLELPSCELSRLEEIAELV ::::::::::::::::::..::::.::::::::..: .: ..::.:::..:::::.:: KIAA13 CDEIWEKICQVQGKDPSVEVTQDLIDESEEERFEEMPETSHLIDLPTCELNKLEEIADLV 200 210 220 230 240 250 250 260 270 280 290 300 KIAA20 ASSLPSPLRREKLALALENEGYIKKLLELFHVCEDLENIEGLHHLYEIIKGIFLLNRTAL .: : ::.:::::::::::::::::::.::..::.::: ::::::::::.::..::...: KIAA13 TSVLSSPIRREKLALALENEGYIKKLLQLFQACENLENTEGLHHLYEIIRGILFLNKATL 260 270 280 290 300 310 310 320 330 340 350 360 KIAA20 FEVMFSEECIMDVIGCLEYDPALSQPRKHREFLTKTAKFKEVIPISDPELKQKIHQTYRV ::::::.::::::.:::::::::.::..:::::::::::::::::.: ::.::::::::: KIAA13 FEVMFSDECIMDVVGCLEYDPALAQPKRHREFLTKTAKFKEVIPITDSELRQKIHQTYRV 320 330 340 350 360 370 370 380 390 400 410 420 KIAA20 QYIQDMVLPTPSVFEENMLSTLHSFIFFNKVEIVGMLQEDEKFLTDLFAQLTDEATDEEK :::::..::::::::::.:::: :::::::::::.:::::::::...::::::::::..: KIAA13 QYIQDIILPTPSVFEENFLSTLTSFIFFNKVEIVSMLQEDEKFLSEVFAQLTDEATDDDK 380 390 400 410 420 430 430 440 450 460 470 480 KIAA20 RQELVNFLKEFCAFSQTLQPQNRDAFFKTLSNMGILPALEVILGMDDTQVRSAATDIFSY :.:::::.::::::::::::::::::::::...:::::::...:::: :::::::::::: KIAA13 RRELVNFFKEFCAFSQTLQPQNRDAFFKTLAKLGILPALEIVMGMDDLQVRSAATDIFSY 440 450 460 470 480 490 490 500 510 520 530 540 KIAA20 LVEYNPSMVREFVMQEAQQNDDDILLINLIIEHMICDTDPELGGAVQLMGLLRTLVDPEN :::..::::::::::::::.::::::::..::.::::::::::::::::::::::.:::: KIAA13 LVEFSPSMVREFVMQEAQQSDDDILLINVVIEQMICDTDPELGGAVQLMGLLRTLIDPEN 500 510 520 530 540 550 550 560 570 580 KIAA20 MLATANKTEKTEFLGFFYKHCMHVLTAPLLANTTEDK-------------------PSK- ::::.:::::.:::.:::.:::::::::::.::.::: ::. KIAA13 MLATTNKTEKSEFLNFFYNHCMHVLTAPLLTNTSEDKCEKDFFLKHYRYSWSFVCTPSHS 560 570 580 590 600 610 590 600 610 620 KIAA20 --------------------------DDFQTAQLLALVLELLTFCVEHHTYHIKNYIINK :..::::::::.:::::::::::::::::::.:: KIAA13 HSHSTPSSSISQDNIVGSNKNNTICPDNYQTAQLLALILELLTFCVEHHTYHIKNYIMNK 620 630 640 650 660 670 630 640 650 660 670 680 KIAA20 DILRRVLVLMASKHAFLALCALRFKRKIIGLKDEFYNRYIMKSFLFEPVVKAFLNNGSRY :.:::::::: :::.::::::::: :.::::::::::::: :. :::::..:.:.::.:: KIAA13 DLLRRVLVLMNSKHTFLALCALRFMRRIIGLKDEFYNRYITKGNLFEPVINALLDNGTRY 680 690 700 710 720 730 690 700 710 720 730 740 KIAA20 NLMNSAIIEMFEFIRVEDIKSLTAHVIENYWKALEDVDYVQTFKGLKLRFEQQRERQDNP ::.:::.::.:::::::::::::::..::..::::...::::::::: ..::...:: : KIAA13 NLLNSAVIELFEFIRVEDIKSLTAHIVENFYKALESIEYVQTFKGLKTKYEQEKDRQ-NQ 740 750 760 770 780 750 760 770 780 790 800 KIAA20 KLDSMRSILRNHRYRRDARTLEDEEEMWFNTDEDDMEDGEAVVSPSDKTKNDDDIMDPIS ::.:. ::::..:.::::..::..:::::: ::. :.:.:::.: .: : .::. : KIAA13 KLNSVPSILRSNRFRRDAKALEEDEEMWFNEDEE--EEGKAVVAPVEKPKPEDDFPDNYE 790 800 810 820 830 840 810 820 830 840 850 KIAA20 KFMERKKLKESEEKEVLLKTNLSGRQSPS-FKLSLS-SGTKTNLT-SQSSTTNLPGSPGS :::: :: ::::.:: :: : ::. ::...: :.. .: : :.: ....: :.. KIAA13 KFMETKKAKESEDKE-----NLPKRTSPGGFKFTFSHSASAANGTNSKSVVAQIP--PAT 850 860 870 880 890 900 860 870 880 890 900 910 KIAA20 PGSPGSPGSPGSVPKNTSQTAAITTKGGLVGLVDYPDDDEDDDEDEDKEDTLPLSKKAKF : :: .. ..: :: :: :::.::::::::::.:.:.:.:.. : KIAA13 --SNGSSSKTTNLP--TSVTA---TKGSLVGLVDYPDDEEEDEEEESSPRKRPRLGS 910 920 930 940 950 920 KIAA20 DS 920 residues in 1 query sequences 1986585 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:25:27 2008 done: Thu Dec 18 15:25:28 2008 Total Scan time: 0.620 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]