# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/aj01061.fasta.huge -Q ../query/KIAA1975.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1975, 597 aa vs ./tmplib.25089 library 1986908 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9417+/-0.00599; mu= 10.2093+/- 0.406 mean_var=139.1539+/-33.130, 0's: 0 Z-trim: 17 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.108724 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1099 ( 864 res) hk07834 ( 864) 2806 452.0 8.8e-128 KIAA0167 ( 844 res) ha01026 ( 844) 1208 201.4 2.5e-52 KIAA1716 ( 804 res) hj06603 ( 804) 438 80.6 5.4e-16 KIAA1249 ( 949 res) hh04184 ( 949) 435 80.2 8.4e-16 KIAA0041 ( 781 res) ha00469s1 ( 781) 414 76.8 7.3e-15 KIAA0050 ( 796 res) ha01557 ( 796) 402 74.9 2.7e-14 KIAA0400 ( 1022 res) hg01091 (1022) 379 71.4 3.9e-13 KIAA0580 ( 1631 res) hj00601s1 (1631) 328 63.7 1.3e-10 KIAA0148 ( 704 res) fh23975 ( 704) 290 57.3 4.9e-09 KIAA0782 ( 1281 res) hk05405s1 (1281) 256 52.3 2.9e-07 KIAA1334 ( 989 res) fh15842 ( 989) 197 42.9 0.00015 >>KIAA1099 ( 864 res) hk07834 (864 aa) initn: 2143 init1: 1675 opt: 2806 Z-score: 2386.0 bits: 452.0 E(): 8.8e-128 Smith-Waterman score: 2806; 81.977% identity (93.023% similar) in 516 aa overlap (83-595:321-836) 60 70 80 90 100 110 KIAA19 VTLEIHHHITERDADRSLTILDEQLYSFAFSTVHITKKRNGGGSLNNYSSSIPLTPSTSQ :.:::.. ::::::..::::.: ::: :: KIAA10 ATRKKQQLSIGPCKSLPNSPSHSSVCSAQVSAVHISQTSNGGGSLSDYSSSVPSTPSISQ 300 310 320 330 340 350 120 130 140 150 160 170 KIAA19 EDLYFSVPPTANTPTPICKQSMGWSNLFTSEKGSDPDKGRKALESHADTIGSGRAIPIKQ ..: ..::::::::::. ::: ::::::.::::::: .:.:::.::.::::::::::: KIAA10 KELRIDVPPTANTPTPVRKQSKRRSNLFTSRKGSDPDKEKKGLESRADSIGSGRAIPIKQ 360 370 380 390 400 410 180 190 200 210 220 230 KIAA19 GMLLKRSGKWL-KTWKKKYVTLCSNGVLTYYSSLGDYMKNIHKKEIDLRTSTIKVPGKWP ::::::::: : : :::::::::.::::::. :: :::.:.: ::::: .:.::::: : KIAA10 GMLLKRSGKSLNKEWKKKYVTLCDNGVLTYHPSLHDYMQNVHGKEIDLLRTTVKVPGKRP 420 430 440 450 460 470 240 250 260 270 280 290 KIAA19 SLATSACAPISSSKSNGLSKDMEALHMSANSDIGLGDSICFSPSISSTTSPKLNLPPSPH :::::::::: :.::::::: .::.: ::: :::::.: ::::::::::::. ::::: KIAA10 PRATSACAPISSPKTNGLSKDMSSLHISPNSDTGLGDSVCSSPSISSTTSPKLDPPPSPH 480 490 500 510 520 530 300 310 320 330 340 KIAA19 ANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEEE--KFMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWVQAI ::.::: .::::.:.: ::::.::::.:: .:.:::.:::: ::.:::::::::::::: KIAA10 ANRKKHRRKKSTSNFKADGLSGTAEEQEENFEFIIVSLTGQTWHFEATTYEERDAWVQAI 540 550 560 570 580 590 350 360 370 380 390 400 KIAA19 QSQILASLQSCESSKSKSQLTSQSEAMALQSIQNMRGNSHCVDCETQNPKWASLNLGVLM .::::::::::::::.::.:::::::::::::.::::::::::::::::.:::::::.:: KIAA10 ESQILASLQSCESSKNKSRLTSQSEAMALQSIRNMRGNSHCVDCETQNPNWASLNLGALM 600 610 620 630 640 650 410 420 430 440 450 460 KIAA19 CIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIGNDLANSIWEGSSQGQTKPSIES :::::::::.:::.:::::::.:::::.:: ::::::::.::::.:: ::::.::::..: KIAA10 CIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDDWPIELIKVMSSIGNELANSVWEESSQGRTKPSVDS 660 670 680 690 700 710 470 480 490 500 510 520 KIAA19 TREEKERWIRSKYEHKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHGSREEVNET ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: KIAA10 TREEKERWIRAKYEQKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHGSRDEVNET 720 730 740 750 760 770 530 540 550 560 570 580 KIAA19 CGEGDGCTALHLACRKGNVVLAQLLIWYGVDVMARDAHGNTALTYARQASSQECINVLLQ :::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::.:::::::::::.:::: KIAA10 CGEGDGRTALHLACRKGNVVLAQLLIWYGVDVTARDAHGNTALAYARQASSQECIDVLLQ 780 790 800 810 820 830 590 KIAA19 YGCPDECV :::::: KIAA10 YGCPDERFVLMATPNLSRRNNNRNNSSGRVPTII 840 850 860 >>KIAA0167 ( 844 res) ha01026 (844 aa) initn: 1461 init1: 1176 opt: 1208 Z-score: 1031.5 bits: 201.4 E(): 2.5e-52 Smith-Waterman score: 1604; 48.457% identity (73.140% similar) in 551 aa overlap (79-595:259-803) 50 60 70 80 90 100 KIAA19 TIISVTLEIHHHITERDADRSLTILDEQLYSFAFSTVHITKKRNGGGSLNNYSSSIPLTP : . ... .. . ..:: ..::::.: .: KIAA01 RVFQEVAQKVVTLRKQQQLLAACKSLPSSPSHSAASTPVAGQASNGGHTSDYSSSLPSSP 230 240 250 260 270 280 110 120 130 140 150 160 KIAA19 STSQEDLYFSVPPTANTPTP--ICKQSMGWSNLFTSEKGSDPDKGRKALESHADTIGSGR ......: . .:. :: . . . ..::....::: .: ..:.:...: :::: KIAA01 NVGHRELRAEAAAVAGLSTPGSLHRAAKRRTSLFANRRGSDSEK--RSLDSRGETTGSGR 290 300 310 320 330 340 170 180 190 200 210 220 KIAA19 AIPIKQGMLLKRSGKWL-KTWKKKYVTLCSNGVLTYYSSLGDYMKNIHKKEIDLRTSTIK ::::::..::::::. : : :::::::: ::: : :. :..::... : ::.:: .:.: KIAA01 AIPIKQSFLLKRSGNSLNKEWKKKYVTLSSNGFLLYHPSINDYIHSTHGKEMDLLRTTVK 350 360 370 380 390 400 230 240 250 260 270 KIAA19 VPGKWPSLATSACAPISSSKSNGLSKDMEALHMSANSDIGLG-DSICFSPS--------- :::: : : :: .: :.. ::: ::: ...:. . . : ::: KIAA01 VPGKRPPRAISAFGP--SASINGLVKDMSTVQMGEGLEATTPMPSPSPSPSSLQPPPDQT 410 420 430 440 450 460 280 290 300 310 KIAA19 --------------ISSTTSPKLNL-------PPSPHANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSST .:. .:. .: :::: ..:.. .:: :. : .: .. KIAA01 SKHLLKPDRNLARALSTDCTPSGDLSPLSREPPPSPMVKKQR--RKKLTTPSKTEGSAGQ 470 480 490 500 510 520 320 330 340 350 360 370 KIAA19 AEEEEEKFMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWVQAIQSQILASLQSCESSKSKSQLTSQSE ::::. .:.::: :::: ::.:...::::::::::.:::::::: ::::: : . :::: KIAA01 AEEENFEFLIVSSTGQTWHFEAASFEERDAWVQAIESQILASLQCCESSKVKLRTDSQSE 530 540 550 560 570 580 380 390 400 410 420 430 KIAA19 AMALQSIQNMRGNSHCVDCETQNPKWASLNLGVLMCIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDD :.:.:.:.: .::: :::: . :: :::::::.:.:::::::::.:::.:::::::.::: KIAA01 AVAIQAIRNAKGNSICVDCGAPNPTWASLNLGALICIECSGIHRNLGTHLSRVRSLDLDD 590 600 610 620 630 640 440 450 460 470 480 490 KIAA19 WPVELRKVMSSIGNDLANSIWEGSSQGQTKPSIESTREEKERWIRSKYEHKLFLAPLPCT :: :: :...:::: :: .::....:..::: .:.:::.: :::.:::. :::::: . KIAA01 WPRELTLVLTAIGNDTANRVWESDTRGRAKPSRDSSREERESWIRAKYEQLLFLAPLSTS 650 660 670 680 690 700 500 510 520 530 540 550 KIAA19 ELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHGSREEVNETCGEGDGCTALHLACRKGNVVLAQLL : ::..: :. .:. :..:::::. . .. . . . . :::: . ..::..::: KIAA01 EEPLGRQLWAAVQAQDVATVLLLLAHARHGPLDTSVEDPQLRSPLHLAAELAHVVITQLL 710 720 730 740 750 760 560 570 580 590 KIAA19 IWYGVDVMARDAHGNTALTYARQASSQECINVLLQYGCPDECV .:::.:: ::::.: ::: :::::.:: : ..:::.::: : KIAA01 LWYGADVAARDAQGRTALFYARQAGSQLCADILLQHGCPGEGGSAATTPSAATTPSITAT 770 780 790 800 810 820 KIAA01 PSPRRRSSAASVGRADAPVALV 830 840 >>KIAA1716 ( 804 res) hj06603 (804 aa) initn: 478 init1: 348 opt: 438 Z-score: 379.0 bits: 80.6 E(): 5.4e-16 Smith-Waterman score: 501; 41.048% identity (65.939% similar) in 229 aa overlap (295-495:304-531) 270 280 290 300 310 320 KIAA19 GLGDSICFSPSISSTTSPKLNLPPSPHANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEE-EK-- .:.:: : . : : :. :. :. KIAA17 MEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNSQLVYQKKLKDALTVVVDDLRLCSVKPCEDIERRF 280 290 300 310 320 330 330 340 350 360 KIAA19 -FMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWVQAIQSQILASLQ----SCES-------SKSKSQL : ..: : ..: ..: . . :.:::::.:..: .. . :: : : : :.. KIAA17 CFEVLSPT-KSCMLQADSEKLRQAWVQAVQASIASAYRESPDSCYSERLDRTASPSTSSI 340 350 360 370 380 390 370 380 390 400 410 420 KIAA19 TSQSEAM--------ALQSIQNMRGNSHCVDCETQNPKWASLNLGVLMCIECSGIHRSLG : ... .:: .:.. :::.: :: .:.:::.:::::.:::::::::::: KIAA17 DSATDTRERGVKGESVLQRVQSVAGNSQCGDCGQPDPRWASINLGVLLCIECSGIHRSLG 400 410 420 430 440 450 430 440 450 460 470 KIAA19 TRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIGNDLANSIWEGSSQG--QTKPSIESTREEKERWIR .. :.:::: ::.: :: :.: .::. .:.:.:.. .: . ::. :.:..:: ::. KIAA17 VHCSKVRSLTLDSWEPELLKLMCELGNSAVNQIYEAQCEGAGSRKPTASSSRQDKEAWIK 460 470 480 490 500 510 480 490 500 510 520 530 KIAA19 SKYEHKLFL--APL-PCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHGSREEVNETCGEGDGC .:: .: :: ::. : : KIAA17 DKYVEKKFLRKAPMAPALEAPRRWRVQKCLRPHSSPRAPTARRKVRLEPVLPCVAALSSV 520 530 540 550 560 570 >>KIAA1249 ( 949 res) hh04184 (949 aa) initn: 370 init1: 260 opt: 435 Z-score: 375.6 bits: 80.2 E(): 8.4e-16 Smith-Waterman score: 435; 31.449% identity (64.311% similar) in 283 aa overlap (317-589:200-478) 290 300 310 320 330 340 KIAA19 PPSPHANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEEEKFMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWV :....: ..: ..: ::.: .. ::. KIAA12 KNGILTISHATSNRQPAKLNLLTCQVKPNAEDKKSFDLIS-HNRTYHFQAEDEQDYVAWI 170 180 190 200 210 220 350 360 370 380 390 400 KIAA19 QAIQSQILASLQSC---ESSKSKSQLTSQSEAMALQSIQNMRGNSHCVDCETQNPKWASL ... .. .: :.: ....: . ..:. ....: . ::. : :: ...: : : KIAA12 SVLTNSKEEALTMAFRGEQSAGENSLEDLTKAI-IEDVQRLPGNDICCDCGSSEPTWLST 230 240 250 260 270 280 410 420 430 440 450 460 KIAA19 NLGVLMCIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIGNDLANSIWEGSSQGQT :::.: ::::::::: .:...::..::::: . . ...::. :.: :.. . . KIAA12 NLGILTCIECSGIHREMGVHISRIQSLELDKLGTSELLLAKNVGNNSFNDIMEANLPSPS 290 300 310 320 330 340 470 480 490 500 510 520 KIAA19 -KPSIESTREEKERWIRSKY-EHKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLLAHG ::. : ....: .:: .:.. . .:.. ::.: ..:: . : . :.: KIAA12 PKPTPSSDMTVRKEYITAKYVDHRFSRKTCSTSSAKLNE-LLEAIKSRDLLALIQVYAEG 350 360 370 380 390 400 530 540 550 560 570 KIAA19 SR--EEVNETCGEGDGCTALHLACRKGNVV---LAQLLIWYGVDVMARDAHGNTALTYAR . : . : :. : :::::: : .. . :...:. .. . : :::.: : KIAA12 VELMEPLLEP-GQELGETALHLAVRTADQTSLHLVDFLVQNCGNLDKQTALGNTVLHYCS 410 420 430 440 450 460 580 590 KIAA19 QASSQECINVLLQYGCPDECV . :. ::...::. KIAA12 MYSKPECLKLLLRSKPTVDIVNQAGETALDIAKRLKATQCEDLLSQAKSGKFNPHVHVEY 470 480 490 500 510 520 >>KIAA0041 ( 781 res) ha00469s1 (781 aa) initn: 445 init1: 342 opt: 414 Z-score: 358.8 bits: 76.8 E(): 7.3e-15 Smith-Waterman score: 460; 31.613% identity (59.677% similar) in 310 aa overlap (202-488:213-516) 180 190 200 210 220 230 KIAA19 QGMLLKRSGKWLKTWKKKYVTLCSNGVLTYYSSLGDYMKNIHKKEIDLRTSTIKVPGKWP .: :: :::.. . : ... : . KIAA00 LQSKRRSEILKSMLSFMYAHLAFFHQGYDLFSELGPYMKDLGAQLDRLVVDAAKEKREME 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 KIAA19 SLATSACAPISSSKSNGLSKDMEALHMSANSDIGLGDSICFSPSISSTTSPKLNLPPSPH . .. :: .. : ...: ::. . : . . . .: . . . . KIAA00 QKHSTIQQKDFSSDDSKLEYNVDA----ANGIVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNNQ 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 KIAA19 ANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEE-EK---FMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWVQ .:..: . : ..: : .. . :. :. : .:: : ..: ..: . . :.::.. KIAA00 LVYQKKFKDNPTVVVEDLRLCTVKHCEDIERRFCFEVVSPT-KSCMLQADSEKLRQAWIK 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 KIAA19 AIQSQILASLQ---------SCESSKSKSQLTSQSEAM--------ALQSIQNMRGNSHC :.:..: .. . . .:: : ..: : .:. ::: .: . ::. : KIAA00 AVQTSIATAYREKGDESEKLDKKSSPSTGSLDSGNESKEKLLKGESALQRVQCIPGNASC 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 KIAA19 VDCETQNPKWASLNLGVLMCIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIGNDL :: .:.:::.:::. .::::::::::::...:.:::: :: : :: :.: .:::. KIAA00 CDCGLADPRWASINLGITLCIECSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDTWEPELLKLMCELGNDV 420 430 440 450 460 470 460 470 480 490 500 KIAA19 ANSIWEGSSQ--GQTKPSIESTREEKERWIRSKYEHKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATAD : ..:.. . : ::. . :.::: .::.:: .. :. KIAA00 INRVYEANVEKMGIKKPQ-PGQRQEKEAYIRAKYVERKFVDKYSISLSPPEQQKKFVSKS 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 KIAA19 EDLRTAILLLAHGSREEVNETCGEGDGCTALHLACRKGNVVLAQLLIWYGVDVMARDAHG KIAA00 SEEKRLSISKFGPGDQVRASAQSSVRSNDSGIQQSSDDGRESLPSTVSANSLYEPEGERQ 540 550 560 570 580 590 >>KIAA0050 ( 796 res) ha01557 (796 aa) initn: 543 init1: 317 opt: 402 Z-score: 348.5 bits: 74.9 E(): 2.7e-14 Smith-Waterman score: 424; 37.563% identity (67.513% similar) in 197 aa overlap (322-492:385-580) 300 310 320 330 340 350 KIAA19 ANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEEEKFMIVSVTGQTCHFKATTYEERDAWVQAIQS : .:: :...: ..: . . . ::.:.:: KIAA00 KKYKDPVTVVVDDLRLCTVKLCPDSERRFCFEVVS-TSKSCLLQADSERLLQLWVSAVQS 360 370 380 390 400 410 360 370 380 KIAA19 QILASLQSC---ESSKSKSQLTSQ----------SEAMA-----------LQSIQNMRGN .: ..... .: .. .: ... : .:: . ..:.. :: KIAA00 SIASAFSQARLDDSPRGPGQGSGHLAIGSAATLGSGGMARGREPGGVGHVVAQVQSVDGN 420 430 440 450 460 470 390 400 410 420 430 440 KIAA19 SHCVDCETQNPKWASLNLGVLMCIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIG ..: ::. :.:::.:::: .::.:::::::::...:.:::: ::.: :: :.: .: KIAA00 AQCCDCREPAPEWASINLGVTLCIQCSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDSWEPELVKLMCELG 480 490 500 510 520 530 450 460 470 480 490 500 KIAA19 NDLANSIWEGSSQGQT--KPSIESTREEKERWIRSKYEHKLFLAPLPCTELSLGQHLLRA : . :.:.:. .... ::. .:.::: ::..:: .: ::. :: KIAA00 NVIINQIYEARVEAMAVKKPGPSCSRQEKEAWIHAKYVEKKFLTKLPEIRGRRGGRGRPR 540 550 560 570 580 590 510 520 530 540 550 560 KIAA19 TADEDLRTAILLLAHGSREEVNETCGEGDGCTALHLACRKGNVVLAQLLIWYGVDVMARD KIAA00 GQPPVPPKPSIRPRPGSLRSKPEPPSEDLGSLHPGALLFRASGHPPSLPTMADALAHGAD 600 610 620 630 640 650 >>KIAA0400 ( 1022 res) hg01091 (1022 aa) initn: 332 init1: 242 opt: 379 Z-score: 327.7 bits: 71.4 E(): 3.9e-13 Smith-Waterman score: 379; 27.972% identity (59.441% similar) in 286 aa overlap (314-589:374-658) 290 300 310 320 330 340 KIAA19 LNLPPSPHANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEEEKFMIVSVTGQTCHFKATTYEERD : ::.. : ..: .: ::.: .: . 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KIAA04 AEDSVKPNPGSDMNARKDYITAKYIERRYARKKHADNAAKLHSLCEAVKTRDIFGLLQAY 530 540 550 560 570 580 520 530 540 550 560 570 KIAA19 AHGS--REEVNETCGEGDGCTALHLACR---KGNVVLAQLLIWYGVDVMARDAHGNTALT : : :.. . :. :::::: : . .. ....:. . .. . ..:.::: KIAA04 ADGVDLTEKIPLANGHEPDETALHLAVRSVDRTSLHIVDFLVQNSGNLDKQTGKGSTALH 590 600 610 620 630 640 580 590 KIAA19 YARQASSQECINVLLQYGCPDECV : ... ::...::. 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