# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk02232.fasta.huge -Q ../query/KIAA1887.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1887, 967 aa vs ./tmplib.25089 library 1986538 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.0838+/-0.0129; mu= -22.2399+/- 0.870 mean_var=814.6432+/-194.641, 0's: 0 Z-trim: 27 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.044936 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1461 ( 1498 res) fh17578 (1498) 483 47.4 1.6e-05 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 438 44.4 0.00011 KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 439 44.7 0.00015 KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 437 44.8 0.0002 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 362 39.6 0.0038 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 359 39.3 0.0041 >>KIAA1461 ( 1498 res) fh17578 (1498 aa) initn: 460 init1: 248 opt: 483 Z-score: 190.9 bits: 47.4 E(): 1.6e-05 Smith-Waterman score: 572; 28.068% identity (47.023% similar) in 823 aa overlap (1-731:41-816) 10 20 30 KIAA18 ISPSGTELSSLEQTRSYLLSDGTCKCGLEC .::::. :: :::...:::.:::::::::: KIAA14 CDGGDKEGGLPAIQVPVGWQRRVDQNGVLYVSPSGSLLSCLEQVKTYLLTDGTCKCGLEC 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 KIAA18 PLNVPKVFNFDPLAPVTPGGAGVGPASEEDMTKLCNHRRKAVAMATLYRSMET---TCSH :: .:::::::: : : : : .::.:::: :.:: .:.:::..:::. . 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KIAA03 VLVPASALASPF--------PSAPNPAPAQASLLAPASSASQALATPLAPMAAPQTAILA 1380 1390 1400 1410 1420 510 520 530 540 550 560 KIAA18 PLSLGQPP--PSPLLNHSLFGVLTGGGGQPPPEPLLPPPGGPGPPLAPGEP-EGPSLLVA : :: : :.: : :. ... : :.. : . :: :: . : .:. ..: KIAA03 PSP--APPLAPLPVLAPSP-GAAPVLASSQTPVPVMAPSSTPGTSLASASPVPAPTPVLA 1430 1440 1450 1460 1470 570 580 590 600 610 KIAA18 -----SLLPPPPSDLLPPPSAPPSNLLASFLPLLALGPTAGDGEGSAE---GAGGPSGEP ..:: : . :: :.. . :: : ::.:: : . : :.:.:.: : KIAA03 PSSTQTMLPAPVPSPLPSPASTQTLALA---P--ALAPTLGGSSPSQTLSLGTGNPQG-P 1480 1490 1500 1510 1520 1530 620 630 640 650 660 670 KIAA18 FSGLGDLSPLLFPPLSAPPTLIALNSALLAATLDPPSGTPPQPCVLSAPQPGPPTSSVTT : : :. .:. . :. . :: : : : :. :.:: . .. KIAA03 F-------PTQTLSLTPASSLVPTPAQTLSLAPGPPLG-PTQTLSLA---PAPPLAPASP 1540 1550 1560 1570 1580 680 690 700 710 720 730 KIAA18 ATTDPGASSLGKAPSNSGRPPQLLSPLLGASLLGDLSSLTSSPGALPSLLQPPGPLLSGQ . : : .: ::..:. .::.: .....:: ::. .:.: :: .. KIAA03 VGPAP-AHTLTLAPASSS--ASLLAP-------ASVQTLTLSPAPVPTL----GP--AAA 1590 1600 1610 1620 740 750 760 770 780 KIAA18 LGLQLLPGGGAPPPLSEASS---------PLACLLQS-LQIPPEQPEAPCL---PPESPA : : :.. . : :.::: :: . : : . ..:.. : :: :. KIAA03 QTLALAPAS-TQSPASQASSLVVSASGAAPLPVTMVSRLPVSKDEPDTLTLRSGPPSPPS 1630 1640 1650 1660 1670 1680 790 800 810 820 830 840 KIAA18 SALE---PEPARPPLSALAPPHGSPDPPVPELLTGRGSGKRGRRGGGGLRGINGEARPAR .: :.: : : :: :: KIAA03 TATSFGGPRPRRQP----PPPPRSPFYLDSLEEKRKRQRSERLERIFQLSEAHGALAPVY 1690 1700 1710 1720 1730 1740 >>KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552 aa) initn: 173 init1: 104 opt: 362 Z-score: 148.4 bits: 39.6 E(): 0.0038 Smith-Waterman score: 491; 25.325% identity (44.970% similar) in 845 aa overlap (169-950:730-1496) 140 150 160 170 180 190 KIAA18 FPTLAGPGGLFPPRLADPVPSGGSSSPRFLPRGNAPSPAPPPPPAISLNAPSYNWGAALR : : .:.:. :: . .: .: : . KIAA04 SIPSPQDNESDSDSSAQQQMLQAQPPALQAPTGVTPAPSSAPPGTPQLPTP----GPTPS 700 710 720 730 740 750 200 210 220 230 240 250 KIAA18 SSLVPSDLGSPPAPHASSSP--PSDP-PLFHCSDA-LTPPPLPPSNNLPAHPGPASQPPV .. :: . ::: : .: ..: :. : : : ..: : ::: . : ::.: .::. KIAA04 ATAVPPQ-GSPTASQAPNQPQAPTAPVPHTHIQQAPALHPQRPPSPHPPPHPSP--HPPL 760 770 780 790 800 810 260 270 280 290 300 KIAA18 SSATMHLPLVLGPLGGAPTVEGPGAPPFLASSLLSAAAKAQHP--PLP---PPSTLQGRR . : .: . : ..: : :: . :.:. ::: : : ::.. ::. KIAA04 QPLTGSAGQPSAPSHAQPPLHGQG-PP--GPHSLQAGPLLQHPGPPQPFGLPPQASQGQA 820 830 840 850 860 310 320 330 340 350 360 KIAA18 PRAQAPSAS--HSSSLRPSQRRPRRPPTVFRLLEGRGPQTPRRSRPRAPAPVPQPFSLPE : . .:.:. :.: :... . : : : .: :::. .: : KIAA04 PLGTSPAAAYPHTSLQLPASQSALQS------------QQPPREQPLPPAPLAMPHIKPP 870 880 890 900 910 370 380 390 400 410 420 KIAA18 PSQPILPSVLSLLGLPTPG----PSHSDGSFNLLGSDAHLPPPPTLSSGSPPQPRHPIQP :. :: :. ::.: : : .: . .. .:.:::::.:. : . .:: . 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KIAA04 AERAAKASSSAHEGRLSDPQLSGPGH--MRPSFEPPPTTIAAVPPYIGPDTPAL-RTLSE 1190 1200 1210 1220 1230 1240 700 710 720 730 740 750 KIAA18 SGRPPQLLSPLLGASLLGDLSSLTSSPGALPSLLQPPGPLLSGQL-GLQLLPGGGAPPPL .:: ...:: . . : .: :.: :::. .. :: . : KIAA04 YARP-HVMSP-----------TNRNHPFYMP--LNPTDPLLAYHMPGLYNVDPTIREREL 1250 1260 1270 1280 1290 760 770 780 790 800 KIAA18 SEASSPLACL----LQSLQIPPEQPEAPCLPPESPASALEPEPARPPLSALA-PPHGSPD : . :. . : . . : : : ::. . :: :::. :: ..: KIAA04 REREIREREIRERELRERMKPGFEVKPPELDPLHPAANPMEHFARH--SALTIPPTAGPH 1300 1310 1320 1330 1340 810 820 830 840 850 860 KIAA18 PPVPELLTGRGSGKRGRRGGGGLRGINGEARPAR--GRKPGSRREPGRLALKWGTRGGFN : . : . .: : . .: . . : : ... ..: . . . :: KIAA04 P-FASFHPGLNPLERERLALAGPQLRPEMSYPDRLAAERIHAERMASLTSDPLARLQMFN 1350 1360 1370 1380 1390 1400 870 880 890 900 910 KIAA18 ---GQMERSPRRTH-HWQHNGELAEGGAEPK----DPPPPGPHSEDLKVPPGVVRKSRRG . ..: ..: : ... : .:.: : :: ::: . :::.. . : KIAA04 VTPHHHQHSHIHSHLHLHQQDPLHQGSAGPVHPLVDPLTAGPHLARFPYPPGTLPNPLLG 1410 1420 1430 1440 1450 1460 920 930 940 950 960 KIAA18 RRRKYNPTRNSNSSRQDITLEPSPTAR-AAVPLPPRARPGRPAKNKRRKLAP . : .. . :. . : : .:.: :: KIAA04 Q-----PPHEHEMLRHPVFGTPYPRDLPGAIP-PPMSAAHQLQAMHAQSAELQRLAMEQQ 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA04 WLHGHPHMHGGHLPSQEDYYSRLKKEGDKQL 1530 1540 1550 >>KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421 aa) initn: 241 init1: 121 opt: 359 Z-score: 147.8 bits: 39.3 E(): 0.0041 Smith-Waterman score: 455; 28.174% identity (45.391% similar) in 575 aa overlap (59-616:704-1181) 30 40 50 60 70 80 KIAA18 ECPLNVPKVFNFDPLAPVTPGGAGVGPASEEDMTKLCNHRRKAVA-----MATLYRSMET ::. : .. : : .:.: . .. KIAA14 QYAAVRRVLSDLDQKWNSTLQTLVASYEAYEDLMKKSQEGRDFYADLESKVAALLERTQS 680 690 700 710 720 730 90 100 110 120 130 140 KIAA18 TCSHSSPGEGASPQMFHTVSPGPPSARPPCRVPPTTPLNGGPGSLPPEPPSVSQAFPTLA ::. :.: :.. : :: : . . . .:: ...: KIAA14 TCQAR---EAARQQLLDRELKKKPPPRPTAPKPLLPRREESEAVEAGDPPEELRSLP--- 740 750 760 770 780 150 160 170 180 190 200 KIAA18 GPGGLFPPRLADPVPSGGSSSPRFLPRGNAPSPAPPPPPAISLNAPSYNWGAALRSSLVP : . ::: : ::..: .: . :: . : : .: : .... : KIAA14 -PDMVAGPRLPDTFL--GSATPLHFPPSPFPSSTGPGPHYLSGPLPPGTYSG-------P 790 800 810 820 830 210 220 230 240 250 260 KIAA18 SDLGSPPAPHASSSPPSDPPLFHCSDALTPP-PLPPSNNLPAHPGPASQPPVSSATMHLP ..: .: :: . : . : .. . : :: : : .. : : : .:.: :. KIAA14 TQLIQPRAPGPHAMPVAPGPALYPAPAYTPELGLVPRSS-PQH-GVVSSPYVG------- 840 850 860 870 880 270 280 290 300 310 320 KIAA18 LVLGPLGGAPTVEG-PGAPPF-LASSLLSAAAKAQHPPLPPPSTLQGRRPRAQAPSASHS .:: :: : : :.::: ... :. :.. : .:... ::: ::. KIAA14 --VGP---APPVAGLPSAPPPQFSGPELAMAVR------PATTTVDS----IQAPIPSHT 890 900 910 920 930 330 340 350 360 370 380 KIAA18 SSLRPSQRRPRRPPTVFRLLEGRGPQTPRRSRPRAPAPVPQPFSLPEPSQPILPSVLSLL . ::. : :: : : : : :.: :.. : .. .:. . KIAA14 AP-RPNPT-PAPPPPCF-------PVPP-------PQPLPTPYTYPAGAKQPIPAQHHFS 940 950 960 970 390 400 410 420 430 KIAA18 -GLPTPGPSHSDGSFNLLGSDAHLPPPPTLSSGSPPQPRHPIQPSLPGTTSGSLSSVPGA :.:: :. : . : : :. . : ::: : :: :: . : : KIAA14 SGIPTGFPAPRIGP----QPQPHPQPHPSQAFG--PQP--PQQP-LPLQHPHLFP--PQA 980 990 1000 1010 1020 440 450 460 470 480 490 KIAA18 PA--PPAASKAPVVPSP-VLQSPSEGLG--MGAGPAC-PLPPLAGGEAFPFPSPEQGLAL :. :: : : .:.: :: .: : . ::: ::: .:. :: :.: : KIAA14 PGLLPPQ-SPYPYAPQPGVLGQPPPPLHTQLYPGPAQDPLPAHSGALPFPSPGPPQP--- 1030 1040 1050 1060 1070 1080 500 510 520 530 540 550 KIAA18 SGAGFPGMLGALPLPLSLGQPPPSPLLNHSLFGVLTGGGGQPPPEPLLPPPGGPGPPLAP : : : .: : .:: .. : ...:: : : : : .:.: .: KIAA14 --PHPPLAYGPAPSTRPMG-PQAAPL---TIRG--PSSAGQSTPSPHLVPSPAPSP--GP 1090 1100 1110 1120 1130 560 570 580 590 600 610 KIAA18 GEPEGPSLLVASLLPPPPSDLLPPPSAPPSNLL--ASFLPLLALGPTAGDGEGSAEGAGG : : :: :: . :: : :. ::. .: . : .. :.: KIAA14 G-------------PVPPR---PPAAEPPPCLRRGAAAADLLSSSPESQHGGTQSPGGGQ 1140 1150 1160 1170 620 630 640 650 660 670 KIAA18 PSGEPFSGLGDLSPLLFPPLSAPPTLIALNSALLAATLDPPSGTPPQPCVLSAPQPGPPT : .: KIAA14 PLLQPTKVDAAEGRRPQALRLIERDPYEHPERLRQLQQELEAFRGQLGDVGALDTVWREL 1180 1190 1200 1210 1220 1230 967 residues in 1 query sequences 1986538 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:50 2008 done: Thu Dec 18 15:20:51 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.300 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]