# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah02284.fasta.huge -Q ../query/KIAA1881.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1881, 1348 aa vs ./tmplib.25089 library 1986157 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8825+/-0.00606; mu= 4.0003+/- 0.411 mean_var=147.3271+/-34.413, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.105665 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458) 259 53.0 4.5e-07 KIAA0410 ( 505 res) hg01877 ( 505) 158 37.2 0.0091 >>KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458 aa) initn: 78 init1: 46 opt: 259 Z-score: 218.8 bits: 53.0 E(): 4.5e-07 Smith-Waterman score: 294; 20.458% identity (58.277% similar) in 743 aa overlap (429-1119:739-1442) 400 410 420 430 440 450 KIAA18 LDTTKSVLTGTKDAVSTGLTGAVNVAKGTVQTGVDTTKTVLTGTKDTVCSGVTSAVNVA- : ..:.. .: . .. .: ....... KIAA11 DMDIDCLTREELGDDAQAWSRFSFEIEARAQENADASTNVNFSRGASTRAGFSDGASISF 710 720 730 740 750 760 460 470 480 490 500 510 KIAA18 KGA--VQGGLDTTKSVVIGTKDTMSTGLTGAANVAKG---AVQTGVDTAKTVLTGTKDTV .:: .::.. ....:. . :......:... : ..... ..: .. : .. KIAA11 NGAPSSSGGFSGGPGITFGVAPSTSASFSNTASISFGGTLSTSSSFSSAASISFGCAHST 770 780 790 800 810 820 520 530 540 550 560 570 KIAA18 TTGLVGAVNVAKGTVQTGMDTTKTVLTGTKDTIYSGVTSAVNVAKGAVQTGLKTTQNIAT .:.. . .... : :: :.. ..: .. .:: :. . .:....:. : . .. KIAA11 STSFSSEASISFG----GMPCTSASFSGGVSSSFSGPLSTSATFSGGASSGFGGTLSTTA 830 840 850 860 870 880 580 590 600 610 620 KIAA18 G------TKNTFGSGVTGAVNVAKGAVQT-----GVDTAKTVLTGTKDTVTTGLMGAVNV : :...:::. : .. : ..:..: :. .... . :. .. .: .: KIAA11 GFSGVLSTSTSFGSAPTTST-VFSSALSTSTGFGGILSTSVCFGGSPSS--SGSFG---- 890 900 910 920 930 630 640 650 660 670 KIAA18 AKGTVQTSV--DTTKTVLTGTKDTVCSGVTGAANVAKGAVQTGVDTAKTVLTGTKDTVCS ::..::. . . :: :. ..:. ... . .: :. ... . :. .: . KIAA11 --GTLSTSICFGGSPCTSTGFGGTLSTSVSFGGSSSTSANFGGTLSTSICFDGSPST-GA 940 950 960 970 980 990 680 690 700 710 720 730 KIAA18 GVTGAVNVAKGAVQTGLKTTQNIATGTKNTLGSGVTGAANVAKGAVQGGLDTTKSVLTGT : ::.:.. ... .. : .:: ....... ..... .. :: : :: :. KIAA11 GFGGALNTS-----ASFGSVLNTSTGFGGAMSTSADFGGTLSTSVCFGGSPGT-SVSFGS 1000 1010 1020 1030 1040 740 750 760 770 780 790 KIAA18 KDAVSTGLTGAVNLAKGTVQTGMDTTKTVLTGTKDAVCSGVTGAAN--------VAKGAV ...: :::. ... : . .: : . .. .: :: : :. .: KIAA11 ALNTNAGYGGAVST---NTDFGGTLSTSVCFGGSPSTSAGFGGALNTNASFGCAVSTSAS 1050 1060 1070 1080 1090 1100 800 810 820 830 840 850 KIAA18 QTGVDTAKTVLTGTKDTVTTGLMGAVNVAKGTVQTSVDTTKTVLTGT-KDTVCSGVTGAA .:. .... ..:. : . :. :: ... : .. .: . . :: .... :.. .. KIAA11 FSGAVSTSACFSGAPIT-NPGFGGAFSTSAGF--GGALSTAADFGGTPSNSIGFGAAPST 1110 1120 1130 1140 1150 1160 860 870 880 890 900 KIAA18 NVAKGAVQGGLDTTKSVLTGTKDT-VSTGLTGAVNLAKGTVQTGVDTSKTVLTG-TKDTV .:. :...: :. . :. .: . : .. .:: : : .... ..: :. . KIAA11 SVSFGGAHG----TSLCFGGAPSTSLCFGSASNTNLCFG----GPPSTSACFSGATSPSF 1170 1180 1190 1200 1210 910 920 930 940 950 960 KIAA18 CSGVTGAVNVAKG---TVQTGVDTAKTVLSGAKDAVTT--GVTGAVNVAKGTVQTGVDAS :.: . ... . : ....: . .. .: .. : : .:......: . :. .: KIAA11 CDGPSTSTGFSFGNGLSTNAGFGGGLNTSAGFGGGLGTSAGFSGGLSTSSG-FDGGLGTS 1220 1230 1240 1250 1260 1270 970 980 990 1000 1010 KIAA18 KAVLMGTKDTVFSGVTGAMSMAKGAVQGGLDTTKTVLTG--TKDAVSAGL-----MGSGN . .: . .: :... . : .::: :. : :.:. ..:: .:: . KIAA11 AG--FGGGPGTSTGFGGGLGTSAG-FSGGLGTSAGFGGGLVTSDGFGGGLGTNASFGS-T 1280 1290 1300 1310 1320 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA18 VATGATHTGLSTFQNWLPSTPATSWG-GLTSSRTTDNGGE-QTALSPQEAPFSGISTPPD ..:.: .: . .. . : : .:. ::.. .:.. .:... . . .:.:. :. KIAA11 LGTSAGFSGGLSTSDGFGSRPNASFDRGLSTIIGFGSGSNTSTGFTGEPSTSTGFSSGPS 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA18 VL---SVGPEPA--WEAAATTKGLATDVAT---FTQGAAPGREDTGLLTTTHGPEEAPRL . : :: . . .. .:.:.. .: : : : : .:. : KIAA11 SIVGFSGGPSTGVGFCSGPSTSGFSGGPSTGAGFGGGPNTGAGFGGGPSTSAGFGSGAAS 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA18 AMLQNELEGLGDIFHPMNAEEQAQLAASQPGPKVLSAEQGSYFVRLGDLGPSFRQRAFEH KIAA11 LGACGFSYG 1450 >>KIAA0410 ( 505 res) hg01877 (505 aa) initn: 102 init1: 69 opt: 158 Z-score: 141.6 bits: 37.2 E(): 0.0091 Smith-Waterman score: 162; 25.714% identity (53.143% similar) in 350 aa overlap (497-827:14-336) 470 480 490 500 510 520 KIAA18 TTKSVVIGTKDTMSTGLTGAANVAKGAVQTGVDTAKTVLTGTKDTVTTGLVGAVNVAKGT ::. . :: . .: .:...:: : KIAA04 GERSVPDPFRLADGVEPWPDMSTGF--SFGSGTLGSTTVAAGG 10 20 30 40 530 540 550 560 570 580 KIAA18 VQTGMDTTKTVLT-GTKDTIYSGVTSAVNVAKGAVQTGLKTTQNIATGTKNTFGSGVTG- ..:: :.. :: :..: .:. . . : .: ... .. ::.:. : KIAA04 TSTG-----GVFSFGT------GASSNPSVGLNFGNLGSTSTPATTSAPSSGFGTGLFGS 50 60 70 80 90 590 600 610 620 630 640 KIAA18 --AVNVAKGAVQTGVDTAKTVLTG-TKDTVTTGLMGAVNVAKGTVQTSVDTTKTVLTGTK :.. . :...::. : :. :: : : .: .... . : . ....: .: :. KIAA04 KPATGFTLGGTNTGI--ATTITTGLTLGTPATTSAATTGFSLGFNKPAASATPFALPITS 100 110 120 130 140 650 660 670 680 690 KIAA18 DTVCSGVT-GAANVAKGAVQTGVDTAKTVLTGTKDTVCSGVTGAVNVAKGAVQTGLKTT- : ::.: ..: .. :..:: . : :: :. .. :: .. :.. .:: . KIAA04 -TSASGLTLSSALTSTPAASTGFTLNN--LGGTTATTTTASTG---LSLGGALAGLGGSL 150 160 170 180 190 200 700 710 720 730 740 KIAA18 -QNIATGT----KNTLGS--GVTGAANVAKGAVQGGLDTT-----KSVLTGTKDAVSTGL :. ::: .:.:: :.:.:...: . ::.: . :: :::. : .: KIAA04 FQSTNTGTSGLGQNALGLTLGTTAATSTAGNEGLGGIDFSSSSDKKSDKTGTRPEDSKAL 210 220 230 240 250 260 750 760 770 780 790 800 KIAA18 TGAVNLAKGTVQTGMDTTKTVLTGTKDAVCSGVTGAANVAKGAVQTGVDTAKTVLTGTKD :: : . : : . : .. .. : :: . . : .:. . . KIAA04 KDE-NLPPVICQDVENLQKFV--KEQKQVQEEISRMSSKAMLKVQEDIKALKQLLSLAAN 270 280 290 300 310 810 820 830 840 850 860 KIAA18 TVTTGLMGAVNVAKGTVQTSVDTTKTVLTGTKDTVCSGVTGAANVAKGAVQGGLDTTKSV . . . :. : ..:. KIAA04 GIQRNTL---NIDKLKIETAQELKNAEIALRTQKTPPGLQHEYAAPADYFRILVQQFEVQ 320 330 340 350 360 370 1348 residues in 1 query sequences 1986157 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:36 2008 done: Thu Dec 18 15:20:37 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]