# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk00917.fasta.huge -Q ../query/KIAA1808.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1808, 539 aa vs ./tmplib.25089 library 1986966 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5133+/-0.00751; mu= 17.3237+/- 0.513 mean_var=273.6263+/-67.158, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.077535 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0059 ( 724 res) ha00949s1 ( 724) 1660 199.1 9.3e-52 KIAA0843 ( 691 res) hk05155 ( 691) 1514 182.7 7.5e-47 KIAA0613 ( 734 res) hg01088b ( 734) 243 40.6 0.00048 >>KIAA0059 ( 724 res) ha00949s1 (724 aa) initn: 2114 init1: 995 opt: 1660 Z-score: 1021.1 bits: 199.1 E(): 9.3e-52 Smith-Waterman score: 2089; 50.667% identity (67.111% similar) in 675 aa overlap (1-539:55-724) 10 20 30 KIAA18 EVLRVQDKYFHIKCFVCKACGCDLAEGGFF :::::: :.::::::.::.::::::.:::: KIAA00 DYKVAHPQDPHHPSEKPVIHCHKCGEPCKGEVLRVQTKHFHIKCFTCKVCGCDLAQGGFF 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 KIAA18 VRQGEYICTLDYQRLYGTRCFSCDQFIEGEVVSALGKTYHPDCFVCAVCRLPFPPGDRVT ...:::.:::::::.::::: .: .:.:::::.::::::::.::.:..:. ::::::::: KIAA00 IKNGEYLCTLDYQRMYGTRCHGCGEFVEGEVVTALGKTYHPNCFACTICKRPFPPGDRVT 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 150 KIAA18 FNGKECMCQKCSLPVSVGSSAHLSQGLRSCGGCGTEIKNGQALVALDKHWHLGCFKCKSC :::..:.:: :. :.: :: . . .:.::: .:::::::.::::.::::::::::: KIAA00 FNGRDCLCQLCAQPMS--SSPKETTFSSNCAGCGRDIKNGQALLALDKQWHLGCFKCKSC 150 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 KIAA18 GKLLNAEYISKDGLPYCEADYHAKFGIRCDSCEKYITGRVLEAGEKHYHPSCALCVRCGQ ::.:..::::::: :::: ::.. ::..:..:...:::.:::::.:::::::: : ::.: KIAA00 GKVLTGEYISKDGAPYCEKDYQGLFGVKCEACHQFITGKVLEAGDKHYHPSCARCSRCNQ 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 KIAA18 MFAEGEEMYLQGSSIWHPACRQAARTEDRNKETRTSSESIISVPASSTSGSPSRVIYAKL ::.::::::::::..::: :.:...::.. . :::::::: : :.:: :::...::::. 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