# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj15383.fasta.huge -Q ../query/KIAA1701.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1701, 570 aa vs ./tmplib.25089 library 1986935 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8263+/-0.00544; mu= 10.1313+/- 0.371 mean_var=122.5122+/-29.213, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 11 in 1/39 Lambda= 0.115874 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0443 ( 1404 res) pj00552 (1404) 799 145.3 3.1e-35 KIAA0512 ( 710 res) hf00239 ( 710) 327 66.0 1.1e-11 >>KIAA0443 ( 1404 res) pj00552 (1404 aa) initn: 717 init1: 270 opt: 799 Z-score: 724.6 bits: 145.3 E(): 3.1e-35 Smith-Waterman score: 850; 29.624% identity (60.720% similar) in 611 aa overlap (14-570:793-1388) 10 20 30 40 KIAA17 DFDLGHIENQGQDWTGPYNWASTMAGTKNKTRAQAKTEKKAAI :.: . : :... : : ::.. . 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KIAA04 LAIFENIGNNIKKETVFSDDDFNIEPLISAFHKVEKFAKELQGKTDNQNDPEGDQEN 1350 1360 1370 1380 1390 1400 >>KIAA0512 ( 710 res) hf00239 (710 aa) initn: 203 init1: 147 opt: 327 Z-score: 301.7 bits: 66.0 E(): 1.1e-11 Smith-Waterman score: 335; 22.262% identity (53.142% similar) in 557 aa overlap (28-541:118-660) 10 20 30 40 50 KIAA17 DFDLGHIENQGQDWTGPYNWASTMAGTKNKTRAQAKTEKKAAIQAKAGAEREATGVV : :.:: : : .: .:: . . KIAA05 VAAGIVIGAGAWYCVYKYTRGRDQTKKRMAKPKNRAVAGTGARARAGLRAGFTIDLGSGF 90 100 110 120 130 140 60 70 80 90 100 KIAA17 RPVAKTRAKAKAKTGSKTDAVAEM--KAVSKNKVVAETKEGALSE----------PKT-- : . .::.:. .. ....:. . .::. ::.. :: :. ::. KIAA05 SPPTPVRAEAEDRAQDEASALDTVGAEAVAPAASSAEAQSGAGSQAQEADGAGVGPKAES 150 160 170 180 190 200 110 120 130 140 150 KIAA17 -LGKAMGD-FTPKAG-NESTSST-CKNEAGTDAWFWAGEEATINSWFWNGEEAGNSFSTK .: ::.. ..: : .:. ... ::. : .:: . . :. :. 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