# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02174.fasta.huge -Q ../query/KIAA1650.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1650, 797 aa vs ./tmplib.25089 library 1986708 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5395+/-0.0108; mu= -19.5965+/- 0.729 mean_var=514.4475+/-125.486, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056546 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1022 ( 1131 res) fg00613 (1131) 628 66.3 2.1e-11 >>KIAA1022 ( 1131 res) fg00613 (1131 aa) initn: 1059 init1: 379 opt: 628 Z-score: 296.6 bits: 66.3 E(): 2.1e-11 Smith-Waterman score: 1329; 35.722% identity (58.119% similar) in 893 aa overlap (4-794:279-1128) 10 20 30 KIAA16 GAFSASLFAPSKPQRRKSPLVKQLQVEDAQERA : ....:.:: :::. :::: .:::. :.. KIAA10 YSRNAGPQANFRNKRGQMPENPYSEVGKIASKAVYVPAKPARRKGMLVKQSNVEDSPEKT 250 260 270 280 290 300 40 50 60 70 KIAA16 ALAVGSPGPGGGSFAREPSPTHRGPRPGG----LDYGAGDGPG-------LAFGGP---- . : : ...::: . : : .: : . :. :. ..: KIAA10 ---CSIPIPT--IIVKEPSTSSSGKSSQGSSMEIDPQAPEPPSQLRPDESLTVSSPFAAA 310 320 330 340 350 360 80 90 100 KIAA16 --GPAKDR--RLEERRRSTVFLS-------VG-------------------AIEGSAP-- : ..:: ::: :: : .::: :: : : :: KIAA10 IAGAVRDREKRLEARRNSPAFLSTDLGDEDVGLGPPAPRTRPSMFPEEGDFADEDSAEQL 370 380 390 400 410 420 110 120 130 140 150 KIAA16 GADLPSLQPSRSIDERLLG----TGP-TAGRDLLLPSPVSALK--PLVSGPSLGPSG-ST .. .:: : : .....: ..: ::: : : ... . : : . : : .: .. KIAA10 SSPMPSATP-REPENHFVGGAEASAPGEAGRPLNSTSKAQGPESSPAVPSASSGTAGPGN 430 440 450 460 470 480 160 170 180 190 200 210 KIAA16 FIHPLTGKPLDPSSPLALALAARERALASQAPSRSPTPVHSPDADRPGPLFVDVQARDPE ..:::::. :::::::::::.::.::. . ...: ..: :: ::..:.. : : KIAA10 YVHPLTGRLLDPSSPLALALSARDRAM--KESQQGPKG-EAPKADLNKPLYIDTKMR-P- 490 500 510 520 530 220 230 240 250 260 270 KIAA16 RGSLASPAFSPRSPAWIPVPARREAEKVPRE-----ERKSPEDKKSMILSVLDTSLQRPA :: . .: . : ::. . : .::. .:::.:.....::: :. : KIAA10 --SLDA-GFPTVTRQNTRGPLRRQETENKYETDLGRDRKG-DDKKNMLIDIMDTSQQKSA 540 550 560 570 580 590 280 290 300 310 320 KIAA16 GLIVVHATSNGQEPSRLGGAEE--ERPGTPELAPA--PMQSAAVAEPLPSPRAQPPGGTP ::..::... . . : .: : :. .:. : . . : : : .: KIAA10 GLLMVHTVDATKLDNALQEEDEKAEVEMKPDSSPSEVPEGVSETEGALQISAAPEPTTVP 600 610 620 630 640 650 330 340 350 360 370 380 KIAA16 ADAGPGQGSSEEEPELVFAVNLPPAQLSSSDEETREELARIGLVPPPEEFANGVLLATPL . . . :: :: ... .:: :.: : . :.. .::: ::::. . KIAA10 GRTIVAVGSMEEA--VILPFRIPPPPLASVDLD--EDFIFTEPLPPPLEFANSFDIPDDR 660 670 680 690 700 390 400 410 KIAA16 AGPGP------------SPTTVPSPASGKPS----SEPP------------PAPES---A :. : .: . :: :..:. :. : : ::: . KIAA10 AASVPALSDLVKQKKSDTPQS-PSLNSSQPTNSADSKKPASLSNCLPASFLPPPESFDAV 710 720 730 740 750 760 420 430 440 450 460 470 KIAA16 ADSGVEEADTRSSSDPHLETTSTISTVSSMSTLSSESGELTDTHTSFADGHTFLLEKPPV ::::.::.:.::::: :::::::::::::.::::::.:: .:: : .:::..:...:::: KIAA10 ADSGIEEVDSRSSSDHHLETTSTISTVSSISTLSSEGGENVDTCTVYADGQAFMVDKPPV 770 780 790 800 810 820 480 490 500 510 520 530 KIAA16 PPKPKLKSPLGKGPVTFRDPLLKQSSDSELMAQQHHAASAGLASAAGPARPRYLFQRRSK :::::.: . :. . ..: :.... :: .. : .: :. . : : :: KIAA10 PPKPKMKPIIHKSNALYQDALVEEDVDSFVIPPPAPPPPPG---SAQPGMAKVLQPRTSK 830 840 850 860 870 880 540 550 560 570 580 590 KIAA16 LWGDPVESRG--LPGPEDDKPTVISELSSRLQQLNKDTRSL-GE---EPVGGLGSLLDPA :::: .: .. : :: : .:::::.: :::.:.. . :: :.:. .. : : KIAA10 LWGDVTEIKSPILSGP---KANVISELNSILQQMNREKLAKPGEGLDSPMGAKSASLAP- 890 900 910 920 930 940 600 610 620 630 640 650 KIAA16 KKSPIAAARLFSSLGELSSISAQRSPGGPGGGASYSVRPSGRYPVARRAPSPV-KPASLE .:: . . .. . ..... . . : : .: .::::::: .:. .. KIAA10 -RSPEIMSTISGTRSTTVTFTVRPGTSQPITLQSRPPDYESRTSGTRRAPSPVVSPTEMN 950 960 970 980 990 1000 660 670 680 690 700 710 KIAA16 RVEGLGAGAGGAGRPFGLTPPTILKSSSLSIPHEPKEVRFVVRSVSARSRSPSPSPLPSP . : : : ..: . :. :. .:.: .: . . ..:::::::: : .: KIAA10 K-ETLPAPLSAA-----TASPSPALSDVFSLPSQPPSGDLFGLNPAGRSRSPSPSILQQP 1010 1020 1030 1040 1050 720 730 740 750 760 770 KIAA16 ASGPGPGAPGPRRPFQQKPLQLWSKFDVGDWLESIHLGEHRDRFEDHEIEGAHLPALTKD :. .:: ::..::.: ::.:::::..::::.. : :.::.:.::: : :. KIAA10 ISN---------KPFTTKPVHLWTKPDVADWLESLNLGEHKEAFMDNEIDGSHLPNLQKE 1060 1070 1080 1090 1100 780 790 KIAA16 DFVELGVTRVGHRMNIERALRQLDGS :...::::::::::::::::.:: KIAA10 DLIDLGVTRVGHRMNIERALKQLLDR 1110 1120 1130 797 residues in 1 query sequences 1986708 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:41 2008 done: Thu Dec 18 15:11:42 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]