# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh15959s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1631.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1631, 1032 aa vs ./tmplib.25089 library 1986473 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0287+/-0.00599; mu= 6.0068+/- 0.406 mean_var=151.1054+/-36.388, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.104336 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0054 ( 1943 res) ha00503s1 (1943) 299 57.9 1.6e-08 KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114) 275 54.3 2e-07 KIAA0221 ( 1151 res) ha02799 (1151) 209 44.1 0.00013 >>KIAA0054 ( 1943 res) ha00503s1 (1943 aa) initn: 509 init1: 104 opt: 299 Z-score: 245.1 bits: 57.9 E(): 1.6e-08 Smith-Waterman score: 652; 29.825% identity (59.649% similar) in 570 aa overlap (473-1012:591-1111) 450 460 470 480 490 500 KIAA16 KGFVHKVELDRVKLSFSMSLLSRFVDGLTFKVNFTFNRQPLRVQHRALE-LTGRWLLWPM ...: .:: :: .: ::. . .:.: KIAA00 EEKTKEYIFLRLSRECCEELNLRPDCDTQVELQFQLNRLPLCEMHYALDRIKDNGVLFPD 570 580 590 600 610 620 510 520 530 540 550 KIAA16 LFPVAPRDVPLLPSDVKLKLYDRSLES--NPEQLQAMRHIVTGTT-RPAPYIIFGPPGTG . ..: .: :. . .:..:. : .: .:. :.: . . : .:.:: ::: KIAA00 I-SMTPT-IPWSPN----RQWDEQLDPRLNAKQKEAVLAITTPLAIQLPPVLIIGPYGTG 630 640 650 660 670 560 570 580 590 600 610 KIAA16 KTVTLVEAIKQVVKHLPKAHILACAPSNSGADL-----LCQRLRVHLPSS-IYRLLAPSR :: ::..:.:..... ...:: :. :::.::: : ... :.. :. .: KIAA00 KTFTLAQAVKHILQQ-QETRILICTHSNSAADLYIKDYLHPYVEAGNPQARPLRVYFRNR 680 690 700 710 720 730 620 630 640 650 660 670 KIAA16 DIRMVPEDIKPCCNWDAKKGEYVFPAKKKLQEYRVLITTLITAGRLVSAQFPIDHFTHIF .. : .. : .. .. . .: :. . ..::...:: :. : . .. ::::. KIAA00 WVKTVHPVVHQYCLISSAHSTFQMPQKEDILKHRVVVVTLNTSQYLCQLDLEPGFFTHIL 740 750 760 770 780 790 680 690 700 710 720 730 KIAA16 IDEAGHCMEPESLVAIAGLMEVKETGDPGGQLVLAGDPRQLGPVLRSPLTQKHGLGYSLL .:::.. :: :... .: . ...: ..::::: ::.: . : ......: ::: KIAA00 LDEAAQAMECETIMPLA--LATQNT-----RIVLAGDHMQLSPFVYSEFARERNLHVSLL 800 810 820 830 840 740 750 760 770 780 790 KIAA16 ERLLTYNSLYKKGPDGYDPQFITKLLRNYRSHPTILDIPNQLYYEGELQACADVVDRERF .:: :.. : . : : : .::::: .:.. ..:.:::.:.: . .. : KIAA00 DRL------YEHYPAEF-PCRIL-LCENYRSHEAIINYTSELFYEGKLMASGKQPAHKDF 850 860 870 880 890 800 810 820 830 840 850 KIAA16 CRWAGLPRQGFPIIFHGVMGKDEREGNSPSFFNPEEAATVTSYLKLLLAPSSKKGKARLS .:. : . :.: .: :: .:.: :. :. .. : . . ..:. KIAA00 ----------YPLTFFTARGEDVQEKNSTAFYNNAEVFEVVERVEEL-RRKWPVAWGKLD 900 910 920 930 940 860 870 880 890 900 910 KIAA16 PRSVGVISPYRKQVEKIRYCITKLDRELRGLDDIKDLKVGSVEEFQGQERSVILISTVRS :.::..:: :: .:: ::: ..:..: : . ::.. :...::::. KIAA00 DGSIGVVTPYADQVFRIR-------AELRK-KRLSDVNVERVLNVQGKQFRVLFLSTVRT 950 960 970 980 990 920 930 940 950 KIAA16 ------SQSFV----QL------DLDFNLGFLKNPKRFNVAVTRAKALLIIVGNPLLL-- .:. . :: :::. :::.: : .:.:.:::..:. .::.:. : KIAA00 RHTCKHKQTPIKKKEQLLEDSTEDLDY--GFLSNYKLLNTAITRAQSLVAVVGDPIALCS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 960 970 980 990 1000 1010 KIAA16 -GHDPD-WKVFLEFCKENGGYTGCPFPAKLDLQQGQNLLQGLSKLSPSTSGPHSHDYLPQ :. :. :. .:.::.. : : .: . :..: . . .: . ...:. KIAA00 IGRCRKFWERFIALCHENSSLHGITF------EQIKAQLEALELKKTYVLNPLAPEFIPR 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1020 1030 KIAA16 EREGEGGLSLQVEPEWRNEL KIAA00 ALRLQHSGSTNKQQQSPPKGKSLHHTQNDHFQNDGIVQPNPSVLIGNPIRAYTPPPPLGP 1120 1130 1140 1150 1160 1170 >>KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114 aa) initn: 336 init1: 141 opt: 275 Z-score: 225.0 bits: 54.3 E(): 2e-07 Smith-Waterman score: 418; 25.826% identity (50.000% similar) in 666 aa overlap (393-968:1491-2093) 370 380 390 400 410 420 KIAA16 RNYEVKLRLLLHLEELQMEHDIRHYDLESVPMTWDP-VDQNPRLLTLEVPGVTESRPSVL : . : .. .: : . : ::. . KIAA17 ENCADINFSCCYLCIRLEGLLAPTASPRPGPSSLGPGLNVDPGTYTWVAHGQTEDWDQER 1470 1480 1490 1500 1510 1520 430 440 450 460 470 480 KIAA16 RGDHLFALLSSETHQEDPITYKGFVHKVELDRVKLSFSMSLLSRFVDGLTFKVNFTFNRQ :.:. :: : . :::.. ...: . : : :.. .. KIAA17 RADR----------QEAPRRVHLFVHHMGMEKVPEEV-------LRPGTLFTVELLPKQL 1530 1540 1550 1560 490 500 510 520 530 KIAA16 P-LRVQH--RALELTGRWLLWPMLFPVA-PRDVPL-LPSDVKLKLYDRSLESNP---EQL : :: .. :.:: .. :.. .: : :: : . .. .:. . : ..: KIAA17 PDLRKEEAVRGLEEAS-----PLVTSIALGRPVPQPLCRVIPSRFLERQTYNIPGGRHKL 1570 1580 1590 1600 1610 540 550 560 570 KIAA16 QAMRHIVTGTTRPAPY-IIFGPPGTGKTVTLVEAI--------KQVV--------KHLPK . ..... . :. .: ::::::::.. .. . .:: :.: KIAA17 NPSQNVAVREALEKPFTVIQGPPGTGKTIVGLHIVFWFHKSNQEQVQPGGPPRGEKRLGG 1620 1630 1640 1650 1660 1670 580 590 600 610 620 KIAA16 AHILACAPSNSGADLLCQRL--RVHL-PSSIYRLLAPSRD-----------IRMVPEDIK :: :.:::...:.: : :..: : .: : . . .: :.. . KIAA17 PCILYCGPSNKSVDVLAGLLLRRMELKPLRVYSEQAEASEFPVPRVGSRKLLRKSPREGR 1680 1690 1700 1710 1720 1730 630 640 KIAA16 PCCN-----------------------WDAK--KGEY------------VFPAKK-KLQE : . .:.. .:: .. :.: .:.. KIAA17 PNQSLRSITLHHRIRQAPNPYSSEIKAFDTRLQRGELFSREDLVWYKKVLWEARKFELDR 1740 1750 1760 1770 1780 1790 650 660 670 680 690 700 KIAA16 YRVLITTLITAGRLVSAQFPIDHFTHIFIDEAGHCMEPESLVAIAGLMEVKETGDPGGQL ..:.. : :. ::.. : .:..:::: :::.:. .. . ... .. KIAA17 HEVILCTCSCAA---SASLKILDVRQILVDEAGMATEPETLIPLVQFPQAE-------KV 1800 1810 1820 1830 1840 710 720 730 740 750 760 KIAA16 VLAGDPRQLGPVLRSPLTQKHGLGYSLLERLLTYNSLYKKGPDGYDPQFITKLLRNYRSH :: :: .:: ::... :. :: ::.:: :.. : : :: : KIAA17 VLLGDHKQLRPVVKNERLQNLGLDRSLFER-------YHEDAHMLDTQ--------YRMH 1850 1860 1870 1880 1890 770 780 790 800 810 KIAA16 PTILDIPNQLYYEGELQACADVVDRERFCRWAGLPRQGFPIIFHGVMGKDER------EG : .:. .:...:.. . :: ... :.:: :.:... :: KIAA17 EGICAFPSVAFYKSKLKTWQGLRRPPSVLGHAG--KESCPVIFGHVQGHERSLLVSTDEG 1900 1910 1920 1930 1940 1950 820 830 840 850 860 870 KIAA16 NSPSFFNPEEAATVTSYLKLLLAPSSKKGKARLSPRSVGVISPYRKQVEKIRYCITKLDR : : : ::.: :. : : :.. . :....:..:: :. .: .. KIAA17 NENSKANLEEVAEVVRITKQLTL-----GRT-VEPQDIAVLTPYNAQASEI-------SK 1960 1970 1980 1990 880 890 900 910 920 930 KIAA16 ELRGLDDIKDLKVGSVEEFQGQERSVILISTVRS------SQSFVQLDLDFNLGFLKNPK :: . : . :.:. . ::.: .:.::::. .: .. : :::. .:. KIAA17 ALRR-EGIAGVAVSSITKSQGSEWRYVLVSTVRTCAKSDLDQRPTKSWLKKFLGFVVDPN 2000 2010 2020 2030 2040 2050 940 950 960 970 980 990 KIAA16 RFNVAVTRAKALLIIVGNPLLLGHDPDWKVFLEFCKENGGYTGCPFPAKLDLQQGQNLLQ . :::::::. : ..:. ::: : :. .:.::. KIAA17 QVNVAVTRAQEGLCLIGDHLLLRCCPLWRSLLDFCEAQQTLVPAGQVRVCRRPTMPS 2060 2070 2080 2090 2100 2110 1000 1010 1020 1030 KIAA16 GLSKLSPSTSGPHSHDYLPQEREGEGGLSLQVEPEWRNEL >>KIAA0221 ( 1151 res) ha02799 (1151 aa) initn: 546 init1: 155 opt: 209 Z-score: 174.8 bits: 44.1 E(): 0.00013 Smith-Waterman score: 567; 30.508% identity (57.627% similar) in 472 aa overlap (529-969:505-927) 500 510 520 530 540 550 KIAA16 WPMLFPVAPRDVPLLPSDVKLKLYDRSLESNPEQLQAMRHIVTGTTRPAPYIIFGPPGTG : :. :.. .. :: .: :::::: KIAA02 YHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQ---RPLS-LIQGPPGTG 480 490 500 510 520 530 560 570 580 590 600 KIAA16 KTVTLVEAIKQVVKHLPKAHILACAPSNSGADLL--------------CQRLR--VHLPS :::: . . ..... .. .:.::::: ..: : : . : . : KIAA02 KTVTSATIVYHLARQ-GNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPV 540 550 560 570 580 610 620 630 640 650 KIAA16 SIYRLLAPSRDIRMVPE-----DIKPCCNWDAKKGEYVFPAKKKLQEYRVLITTLITAGR :. : :.. .:: ..: . .. : . : :. : ..:... . KIAA02 SFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCT 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 KIAA16 LVSAQFP---IDHFTHIFIDEAGHCMEPESLVAIAGLMEVKETGDPGGQLVLAGDPRQLG :.: : .: :.:::. . ::: .: . .. .: ::.:.:: ::: KIAA02 CVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPV--VLGAK-------QLILVGDHCQLG 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 770 KIAA16 PVLRSPLTQKHGLGYSLLERLLTYNSLYKKGPDGYDPQFITKLLRNYRSHPTILDIPNQL ::. . : ::. ::.:::.. : : .: .:: ::.. .:... KIAA02 PVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVL---------GIRP---IRLQVQYRMHPALSAFPSNI 710 720 730 740 780 790 800 810 820 830 KIAA16 YYEGELQACADVVDRER--F-CRWAGLPRQGFPIIFHGVMGKDEREGNSPSFFNPEEAAT .::: :: . ..:: . : .: :. :..:. ..:..: ... :..: :::. KIAA02 FYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQW---PQPDKPMFFYVTQGQEEIASSGTSYLNRTEAAN 750 760 770 780 790 800 840 850 860 870 880 KIAA16 VTSYLKLLLAPSSKKGKARLSPRSVGVISPYRKQ----VEKIRYCITKLDRELRGLDDIK : . :: :: .: ..:.:.::. : :. ... . : .: . KIAA02 VEKITTKLL-------KAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGS-LHTKL-----YQ 810 820 830 840 850 890 900 910 920 930 940 KIAA16 DLKVGSVEEFQGQERSVILISTVRSSQSFVQLDLDFNLGFLKNPKRFNVAVTRAKALLII .....::. :::.:.. :..: ::... : ..:::..:.:.:::.:::. .:: KIAA02 EVEIASVDAFQGREKDFIILSCVRANEH--Q-----GIGFLNDPRRLNVALTRARYGVII 860 870 880 890 900 950 960 970 980 990 1000 KIAA16 VGNPLLLGHDPDWKVFLEFCKENGGYTGCPFPAKLDLQQGQNLLQGLSKLSPSTSGPHSH :::: :...: :. .:.. :: KIAA02 VGNPKALSKQPLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTT 910 920 930 940 950 960 1032 residues in 1 query sequences 1986473 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:55 2008 done: Thu Dec 18 15:10:56 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]