# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj08085.fasta.huge -Q ../query/KIAA1586.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1586, 739 aa vs ./tmplib.25089 library 1986766 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.7129+/-0.00482; mu= 21.5860+/- 0.329 mean_var=86.6240+/-20.254, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.137802 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0543 ( 1111 res) hg04390 (1111) 385 87.6 7.4e-18 KIAA1925 ( 1147 res) fj02353(revised) (1147) 190 48.8 3.5e-06 KIAA1353 ( 640 res) fj01443 ( 640) 158 42.0 0.00021 >>KIAA0543 ( 1111 res) hg04390 (1111 aa) initn: 206 init1: 113 opt: 385 Z-score: 412.5 bits: 87.6 E(): 7.4e-18 Smith-Waterman score: 490; 22.446% identity (56.502% similar) in 646 aa overlap (100-707:414-1029) 70 80 90 100 110 120 KIAA15 EKPSLSSKKEIDNLVLPDCWNEKQAFMFTEQYKWLEI--KEGKLGCKDCSAVRHLGSKAE :. :: : :: :: :. : .: .:. KIAA05 CSSSICEEGDGPRRIKRTYRPRSIQRSWFGQFPWLVIDPKETKLFCSACIERPNLHDKSS 390 400 410 420 430 440 130 140 150 160 170 180 KIAA15 KHVHVSKEWIAYLVTPNGSNKTTRQASLRKKIREHDVSKAHGKIQDLLKESTNDSICNLV . :. .: .: :. . .. :.::::: . .. . . :: KIAA05 RLVR------GY----TGPFKV-------ETLKYHEVSKAHRLCVNTVEIKEDTPHTALV 450 460 470 480 190 200 210 220 230 240 KIAA15 HKQNNKNIDATVKVFNTVYSLVKHNRPLSDIEGARELQEKNGEV--NCLNTRYSATRIAE . .. . . ::..::.. :.:::.:.: .: ...: : . .: . :.. . KIAA05 PEISSDLMANMEHFFNAAYSIAYHSRPLNDFEKILQLLQSTGTVILGKYRNRTACTQFIK 490 500 510 520 530 540 250 260 270 280 290 300 KIAA15 HIAKEMKMKIFKNIIEENAKICIIIDEASTVSKKTTLVIYLQCTIQSAPAPVMLFVALKE .:.. .: .:.... ... . ...: .. .:... . ::.. : ...: KIAA05 YISETLKREILEDV-RNSPCVSVLLDSSTDASEQACVGIYIRYFKQMEVKES--YITLAP 550 560 570 580 590 600 310 320 330 340 350 360 KIAA15 LVSTIAECIVNTLLTTLNDCGFTNEYLKAN-LIAFCSDGANTILGRKSGVATKLLENFPE : : :. .:....:.. . . : . .... .::. ..:. ..:.. :. : .:. KIAA05 LYSETADGYFETIVSALDELDI--PFRKPGWVVGLGTDGS-AMLSCRGGLVEKFQEVIPQ 610 620 630 640 650 660 370 380 390 400 410 420 KIAA15 IIIWNCLNHRLQLSLDDSISEIKQINHLKIFIDKIYSIYHQPNKNQTKLLGTVAKELETE .. .:. :::.:.. :. . : ... : ....:.. :: ..: .: :: : KIAA05 LLPVHCVAHRLHLAVVDACGSIDLVKKCDRHIRTVFKFYQSSNKRLNELQEGAAP-LEQE 670 680 690 700 710 430 440 450 460 470 KIAA15 IIKIGRVMGPRWAACSLQAATAVWHAYPILYMHFS----------HSYSGLAKRLANINF ::.. . . ::.: .. :. ..: : :.. : .:. : . ...: KIAA05 IIRLKDLNAVRWVASRRRTLHALLVSWPALARHLQRVAEAGGQIGHRAKGMLKLMRGFHF 720 730 740 750 760 770 480 490 500 510 520 530 KIAA15 LQDLALMIDILEEFSVLSTALQSRSTNIKKAQKLIKRTIRALENLKIGTGKYESQIEDLI .. ...:.: . :: . :.. . : ... . :. :::.:. .: : ... . KIAA05 VKFCHFLLDFLSIYRPLSEVCQKEIVLITEVNATLGRAYVALESLRHQAGPKEEEFNASF 780 790 800 810 820 830 540 550 560 570 580 KIAA15 KSDKFKDIPFNK----NNKFNA-LPRSILLDNIIQHMNLRLLSDRNHEDIFNYFDLLEPS :. ... : ..: ...:.: :..: :.... :. .:: . .. ..... KIAA05 KDGRLHGICLDKLEVAEQRFQADRERTVLTG--IEYLQQRFDADRPPQ--LKNMEVFDTM 840 850 860 870 880 890 590 600 610 620 630 KIAA15 TWP------------------YEEITSPWIAGEKTLFHLCKILKYEVDLNDFREFVNNNI .:: : : . : .:..:.. :: .. : . .: . KIAA05 AWPSGIELASFGNDDILNLARYFECSLPTGYSEEALLEEWLGLKTIAQHLPFSMLCKNAL 900 910 920 930 940 950 640 650 660 670 680 690 KIAA15 KSNNVSIPTTIYKAKKIVSTIAINSAEAERGFNLMNIICTRVRNSLTIDHVSDLMTINLL ... .: . : .: . :... ::::. :: : : :..:. . .. :: . KIAA05 -AQHCRFPL-LSKLMAVVVCVPISTSCCERGFKAMNRIRTDERTKLSNEVLNMLMMTAVN 960 970 980 990 1000 1010 700 710 720 730 KIAA15 GKELADWDATPFVKSWSNCNHRLATDTRVRQKSTKVFHENQLAIWNLK : ....: : .. : KIAA05 GVAVTEYDPQPAIQHWYLTSSGRRFSHVYTCAQVPARSPASARLRKEEMGALYVEEPRTQ 1020 1030 1040 1050 1060 1070 >>KIAA1925 ( 1147 res) fj02353(revised) (1147 aa) initn: 178 init1: 106 opt: 190 Z-score: 202.8 bits: 48.8 E(): 3.5e-06 Smith-Waterman score: 223; 22.126% identity (55.098% similar) in 461 aa overlap (240-681:697-1121) 210 220 230 240 250 260 KIAA15 KHNRPLSDIEGARELQEKNGEVNCLNTRYSATRIAEHIAKEMKMKIFKNIIEENAK-ICI : :: : .:..:. .....: . :: . . KIAA19 KDCIKEVCLEMLGESAAKKVAQVPLSNDTIARRIQE-LANDMEDQLIEQI--KLAKYFSL 670 680 690 700 710 720 270 280 290 300 310 320 KIAA15 IIDEASTVSKKTTLVIYLQCTIQSAPAPVMLFVALKELVSTIAECIVNTLLTTLNDCGFT .:: ... :..:.. .. ..: : .: .: . .: ::. KIAA19 QLDECRDIANMIILLVYVRFEHDDDIKEEFFFSASLPTNTTSSELYEAVKNYIVNKCGLE 730 740 750 760 770 780 330 340 350 360 370 380 KIAA15 NEYLKANLIAFCSDGANTILGRKSGVATKLLENFPEIIIWNCLNHRLQLSLDDSISEIKQ .. .. ::::: .. :..: :.:.. : :: .:. :: .:.. .:... KIAA19 FKF----CVGVCSDGAASMTGKHSEVVTQIKELAPECKTTHCFIHRESLAMKKISAELNS 790 800 810 820 830 390 400 410 420 430 440 KIAA15 INHLKIFIDKIYSIYHQPNKNQTKLLGTVAKELETEIIKIGRVMGPRWAACSLQAATAVW . :. .. :: . : . :. ...:.. . ..:.. .. :: . . .. . .. KIAA19 V--LNDIV-KIVN-YIKSNSLNSRLFSLLCDNMEADHKQLLLHAEIRWLSRG-KVLSRMF 840 850 860 870 880 890 450 460 470 480 490 500 KIAA15 HAYPILYMHFSHSYSGLAKRLANINFLQDLALMIDILEEFSVLSTALQSRS-TNIKKAQK . : . .. . .. . ..:. :: . ::. :. :....:... : .. :.: KIAA19 EIRNELLVFLQGKKPMWSQLFKDVNWTARLAYLSDIFSIFNDLNASMQGKNATYFSMADK 900 910 920 930 940 950 510 520 530 540 550 560 KIAA15 L--IKRTIRALENLKIGTGKYESQIEDLIKSDKFKDIPFNKNNKFNALPRSILLDNIIQH . :. ..: .: .:.: : : :... :. : : : : KIAA19 VEGQKQKLEAWKN-RISTDCY----------DMFHNLTTIINEVGNDLD--------IAH 960 970 980 990 570 580 590 600 610 620 KIAA15 MNLRLLSDRNHEDIFNYFDLLEPSTWPYEEITSPWIAGEKTLFHLCKILKYEVDLND--F :: . ... .... :.. :: .: . :: .. .. :. : :.: . KIAA19 --LRKVISEHLTNLLECFEFYFPSK-EDPRIGNLWI--QNPFLSSKDNLNLTVTLQDKLL 1000 1010 1020 1030 1040 1050 630 640 650 660 670 KIAA15 REFVNNNIK---SNNVSIPTTIYKAKKI---VSTIAI-------NSAEAERGFNLMNIIC . .....: :..:.:. :::. .. ::. .. : ::. ...: KIAA19 KLATDEGLKISFENTASLPSFWIKAKNDYPELAEIALKLLLLFPSTYLCETGFSTLSVIK 1060 1070 1080 1090 1100 1110 680 690 700 710 720 730 KIAA15 TRVRNSLTIDHVSDLMTINLLGKELADWDATPFVKSWSNCNHRLATDTRVRQKSTKVFHE :. ::::.: . KIAA19 TKHRNSLNIHYPLRVALSSIQPRLDKLTSKKQAHLSH 1120 1130 1140 >>KIAA1353 ( 640 res) fj01443 (640 aa) initn: 94 init1: 61 opt: 158 Z-score: 170.8 bits: 42.0 E(): 0.00021 Smith-Waterman score: 158; 21.329% identity (54.196% similar) in 286 aa overlap (245-514:199-467) 220 230 240 250 260 270 KIAA15 LSDIEGARELQEKNGEVNCLNTRYSATRIAEHIAKEMKMKIFKNIIE---ENAKICIIID .: :.. : ..:. :. . . :: KIAA13 KPYLVEMCSEVLGSSAGDKMKTIPLSNVTIQHRIDELSADIEDQLIQKVRESKWFALQID 170 180 190 200 210 220 280 290 300 310 320 330 KIAA15 EASTVSKKTTLVIYLQCTIQSAPAPVMLFVALKELVSTIAECI-VNTLLTTLNDCGFTNE :.: .:. : :. :.. .. ... . :: . : .: .. . :. KIAA13 ESSEISNITLLLCYIR----------FIDYDCRDVKEELLFCIEMPTQITGFEIFELINK 230 240 250 260 270 340 350 360 370 380 KIAA15 YLKA------NLIAFCSDGANTILGRKSGVATKLLE-NFPEIIIWNCLNHRLQLSLDDSI :. . . ...:.::: .. :: ::. .:. : . . .:. :: .: . ... KIAA13 YIDSKSLNWKHCVGLCTDGAASMTGRYSGLKAKIQEVAMNTAAFTHCFIHRERL-VAEKL 280 290 300 310 320 330 390 400 410 420 430 440 KIAA15 SEIKQINHLKIFIDKIYSIYHQPNKNQTKLLGTVAKELETEIIKIGRVMGPRWAACS--L : .... . .: : . . : ....: . .:. .: ... :: . . : KIAA13 SPC--LHKILLQSAQILS-FIKSNALNSRMLTILCEEMGSEHVSLPLHAEVRWISRGRML 340 350 360 370 380 390 450 460 470 480 490 500 KIAA15 QAATAVWHAYPILYMHFSHSYSGLAKRLANINFLQDLALMIDILEEFSVLSTALQSRST- . . : :. .:...: ::: . . ... :: . ::. .. :. .::. : KIAA13 KRLFELRHEIEIF---LSQKHSDLAKYFHDEEWVGKLAYLSDIFSLINELNLSLQGTLTT 400 410 420 430 440 450 510 520 530 540 550 KIAA15 --NIKKAQKLIKRTIRALENLKIGTGKYESQIEDLIKSDKFKDIPFNKNNKFNALPRSIL :. . ..:: .. KIAA13 FFNLCNKIDVFKRKLKMWLKRTQENDYDMFPSFSEFSNSSGLNMTDITRIIFEHLEGLSQ 460 470 480 490 500 510 739 residues in 1 query sequences 1986766 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:09 2008 done: Thu Dec 18 15:09:10 2008 Total Scan time: 0.550 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]