# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh21445.fasta.huge -Q ../query/KIAA1566.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1566, 1313 aa vs ./tmplib.25089 library 1986192 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7125+/-0.0068; mu= 12.7147+/- 0.465 mean_var=221.1497+/-53.403, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.086244 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 537 81.1 2.3e-15 KIAA0344 ( 2066 res) hg01568 (2066) 433 68.1 1.7e-11 >>KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219 aa) initn: 1132 init1: 326 opt: 537 Z-score: 367.8 bits: 81.1 E(): 2.3e-15 Smith-Waterman score: 794; 25.463% identity (52.500% similar) in 1080 aa overlap (89-1121:965-1951) 60 70 80 90 100 110 KIAA15 TPIKKTREKKPAGCLEERRDSQCKSMGNVFPQPQNTTLPLAPAQQT--GAECEETEVDQH ::: :. : : . 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KIAA03 VHSAGRRFIVSPVPESRLRESKVFPSEITDTVAASTAQSPGMNLSHSASSLSLQQAFSEL 940 950 960 970 980 990 480 490 500 510 KIAA15 --------PLPSPKNTSNK----EISRDTLLTIENNPCHRA----LFTSKSEHKDVVDGK : .: : :. . : .: . : : . ...: .:. . KIAA03 RRAQMTEGPNTAPPNFSHTGPTFPVVPPFLSSIAGVPTTAAATAPVPATSSPPNDISTSV 1000 1010 1020 1030 1040 1050 520 530 KIAA15 ISECASVETKQ-------------------------------------PAILYQVEDNRQ :. ..: :.. ::.. . . KIAA03 IQSEVTVPTEEGIAGVATSTGVVTSGGLPIPPVSESPVLSSVVSSITIPAVVSISTTSPS 1060 1070 1080 1090 1100 1110 540 550 560 570 580 KIAA15 IMAP-------VTNSSSYSTTSVRAVPAECEGLTKQASIFIPVYPCHQTA---------S ...: :.... : ...: :. : : : . :. .:.: . 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