# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj01607.fasta.huge -Q ../query/KIAA1558.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1558, 882 aa vs ./tmplib.25089 library 1986623 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8928+/-0.00619; mu= 7.2944+/- 0.421 mean_var=160.8648+/-37.867, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.101122 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1115 ( 895 res) hk05464 ( 895) 2136 324.1 4.3e-89 KIAA0685 ( 939 res) hk02959 ( 939) 1792 274.0 5.7e-74 >>KIAA1115 ( 895 res) hk05464 (895 aa) initn: 2228 init1: 1345 opt: 2136 Z-score: 1691.4 bits: 324.1 E(): 4.3e-89 Smith-Waterman score: 2506; 46.580% identity (71.444% similar) in 921 aa overlap (3-881:14-889) 10 20 30 40 KIAA15 KTSMFWKFDLHSSSHIDTLLEREDVTLKELMDEEDVLQECKAQNRKLIE .::::::::.:::.::::::::..: ::.::::::::::. ::::.. 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KIAA11 VDLVNTHHLHSSSDDEDDRLKEFNFPEEAVLQQAFMDFQMQRMTSAFIDHFGFNDEEFGE 540 550 560 570 580 590 580 590 600 610 620 KIAA15 QDDIGNVSFDRVSDINFTLNTN-ESGNIALFEACCKERIQQFDD-------------GGS :.. :. ::....:.:.::.. :. : :.: : :.::::::: : : KIAA11 QEESVNAPFDKTANITFSLNADDENPNANLLEICYKDRIQQFDDDEEEEDEEEAQGSGES 600 610 620 630 640 650 630 640 650 660 670 KIAA15 DEED-IWEEKHIAF-----TPESQRRSSSGSTDSE--ESTDSEEEDGAKQDLFEPSSANT : :: :. ...: : . : :.:::::: : : :::. . .. : KIAA11 DGEDGAWQGSQLARGARLGQPPGVR--SGGSTDSEDEEEEDEEEEEDEEGIGCAARGGAT 660 670 680 690 700 710 680 690 700 710 720 730 KIAA15 EDKMEVDLSEPP--NWSANFDVPMETTHGAPLDSVGSDVWSTEEPMPTKETGWASFSEFT .. .:: .:.:.:: :. : :. : : :: . : . . KIAA11 PLSYPSPGPQPPGPSWTATFD-PV------PTDAPTSPRVSGEEELHTGPPAPQGPLSVP 720 730 740 750 760 740 750 760 770 780 790 KIAA15 SSLSTKDSLRSNSPVEMETSTEPMDPLTPSAAALAVQPEAAGSVAMEASSDGEEDAESTD ..: :. :: : :.. . . .:: ::: :. : ..: . .: . 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KIAA06 FADQDDNINAPFDRIAEINFNIDADEDSPSAALFEACCSDRIQPFDD--DEDEDIWEDSD 580 590 600 610 620 640 650 660 670 KIAA15 IAFTPESQRRSSSGSTDSEESTDSEE-----EDG-----AKQDL----FEPSSANTE-DK . . . : :. . :: ... .:: :..: :. .. : KIAA06 TRCAARVMARPRFGAPHASESCSKNGPERGGQDGKASLEAHRDAPGAGAPPAPGKKEAPP 630 640 650 660 670 680 680 690 700 710 720 730 KIAA15 MEVDLSEPPNWSANFDVPMETTHGAP--LDSVGSDVWSTEEPMPTKETGWASFSEFTSSL .: : :.: :: : ..: :: . .:::.::.. : .: :::.:..: KIAA06 VEGDSEAGAMWTAVFDEPANSTPTAPGVVRDVGSSVWAAGTSAP-EEKGWAKFTDFQPFC 690 700 710 720 730 740 740 750 760 770 780 KIAA15 STKDSLRSNSPVEMETS----------TEPMDPLTPSAAALAVQPEAAGSVAMEASSDGE .... : .:::. : : . ..: .: : . : . : .: ..::.: KIAA06 CSESGPRCSSPVDTECSHAEGSRSQGPEKAFSPASPCAWNVCVT-RKAPLLASDSSSSGG 750 760 770 780 790 800 790 800 810 820 830 KIAA15 EDAESTDKVTETVMN----GGMKETLSLTVDAKTETAVFKRVLKSYREEGKLSTSQDAAC .:. :. . ..:. : .:. : . :.:: :: :... ... KIAA06 SHSEDGDQKAASAMDAVSRGPGREAPPLPTVARTEEAV-----------GRVGCADSRLL 810 820 830 840 850 840 850 860 870 880 KIAA15 KDAEECPETAEAKCAAPRPPSSSPEQRTGQPSAPGDTSVNGPV . : :. . : :. :: .. KIAA06 SPACPAPKEVTAAPAVAVPPEATVAITTALSKAGPAIPTPAVSSALAVAVPLGPIMAVTA 860 870 880 890 900 910 882 residues in 1 query sequences 1986623 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:01 2008 done: Thu Dec 18 15:08:02 2008 Total Scan time: 0.620 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]