# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh15779.fasta.huge -Q ../query/KIAA1548.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1548, 545 aa vs ./tmplib.25089 library 1986960 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9042+/-0.00571; mu= 16.6624+/- 0.390 mean_var=130.9407+/-31.230, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 7 in 1/39 Lambda= 0.112082 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0338 ( 934 res) hg01242 ( 934) 501 92.7 1.3e-19 KIAA0987 ( 1115 res) hk01713 (1115) 474 88.4 3e-18 KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055) 401 76.6 1e-14 KIAA1294 ( 1051 res) fg01155 (1051) 173 39.7 0.0013 >>KIAA0338 ( 934 res) hg01242 (934 aa) initn: 468 init1: 282 opt: 501 Z-score: 444.0 bits: 92.7 E(): 1.3e-19 Smith-Waterman score: 501; 35.531% identity (65.201% similar) in 273 aa overlap (1-267:294-557) 10 20 30 KIAA15 RFVPIQTEEMELAIFEKWKEYRGQTPAQAE ::.: ::.:.: :.: : :::.::..:: KIAA03 THALLGSYAVQAELGDYDAEEHVGNYVSELRFAPNQTRELEERIMELHKTYRGMTPGEAE 270 280 290 300 310 320 40 50 60 70 80 90 KIAA15 TNYLNKAKWLEMYGVDMHVVKARDGNDYSLGLTPTGVLVFEGDTKIGLFFWPKITRLDFK ..:..:: : :::::.: .: .: : ::. .:.:... .:. : :::: ....: KIAA03 IHFLENAKKLSMYGVDLHHAKDSEGIDIMLGVCANGLLIYRDRLRINRFAWPKILKISYK 330 340 350 360 370 380 100 110 120 130 140 KIAA15 KNKLTLVVVEDDDQGKEQ-EHTFVFRLDHPKACKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQKSSHRS .... . . . :: : :. :.: . .. :.::: .:::.:::: .: . KIAA03 RSNFYIKIRPGE---YEQFESTIGFKLPNHRSAKRLWKVCIEHHTFFRLVSPEPPPK--- 390 400 410 420 430 150 160 170 180 190 200 KIAA15 GFIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKA--RRSTSFERRPSKRYS-RRTLQMKACATKPEELS ::. .::.:::::.:. :: ... : . ::: ::::. :.:. : ..: : KIAA03 GFLVMGSKFRYSGRTQAQTRQASALIDRPAPFFERSSSKRYTMSRSLD-GAEFSRPA--S 440 450 460 470 480 490 210 220 230 240 250 260 KIAA15 VHNNVSTQSNGSQQAWGMRSALPVSPSISS-APVPVEIENL-PQSPGTDQHDRKCIPLNI : .: .. .:... .:. : . . . .:..:..: :.. : .: .. . 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KIAA07 -SISFPE-------GLRT--PASPSSANAFYSLSPSTLVPSGLPEFKDSSSSLTDPQVSY 390 400 410 420 430 270 280 290 300 310 KIAA15 LNSPDLLETTIGDVIGASDTMETSQALNDVNVATRLPGLGE--PEVEYETLKDT------ ..:: : : : :. :: ..: :. . :::. :. . :. 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