# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh05613a.fasta.huge -Q ../query/KIAA1543.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1543, 917 aa vs ./tmplib.25089 library 1986588 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8887+/-0.00975; mu= -19.4244+/- 0.657 mean_var=560.5627+/-135.013, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054170 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1078 ( 1365 res) fg04938 (1365) 838 80.8 1.2e-15 >>KIAA1078 ( 1365 res) fg04938 (1365 aa) initn: 1703 init1: 763 opt: 838 Z-score: 372.8 bits: 80.8 E(): 1.2e-15 Smith-Waterman score: 1586; 35.396% identity (55.505% similar) in 1099 aa overlap (10-911:304-1359) 10 20 30 KIAA15 ASPRGTEASPPQNNSGSSSPVFTFRHPLLSSGGPQSPLR : .. :. . : . .: ..: : KIAA10 YSRPQAHSSASGGIRRSSSMSYVDGFIGTWPKEKRSSVHGVSFDISFDKEDSVQRSTPNR 280 290 300 310 320 330 40 50 60 70 80 90 KIAA15 GSTGSLKSSPSMSHMEALGKAWNRQLS-RPLS---QAVSFSTPFGLDSDVDVVMGDPVLL : : :... . ..: ..:: .:.. .: :. ...:: :. :. 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