# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03408.fasta.nr -Q ../query/KIAA1542.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1542, 1654 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7804733 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5414+/-0.000214; mu= 10.9004+/- 0.012 mean_var=170.4365+/-31.862, 0's: 39 Z-trim: 119 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.098241 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119622758|gb|EAX02353.1| CTD-binding SR-like pr (1649) 11098 1586.7 0 gi|219520425|gb|AAI44294.1| PHRF1 protein [Homo sa (1648) 11081 1584.3 0 gi|219518215|gb|AAI44296.1| PHRF1 protein [Homo sa (1647) 11060 1581.4 0 gi|219519077|gb|AAI44295.1| PHRF1 protein [Homo sa (1645) 11055 1580.6 0 gi|114635394|ref|XP_508199.2| PREDICTED: CTD-bindi (1645) 10673 1526.5 0 gi|109104858|ref|XP_001086134.1| PREDICTED: simila (1640) 9294 1331.1 0 gi|20987470|gb|AAH29651.1| PHRF1 protein [Homo sap (1080) 7294 1047.4 0 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sequence AI4 (1258) 593 97.7 6.3e-17 gi|109096230|ref|XP_001093213.1| PREDICTED: simila (1438) 587 96.9 1.2e-16 gi|12848621|dbj|BAB28024.1| unnamed protein produc (1158) 584 96.4 1.4e-16 gi|114645171|ref|XP_001165167.1| PREDICTED: splici (1437) 585 96.6 1.5e-16 >>gi|119622758|gb|EAX02353.1| CTD-binding SR-like protei (1649 aa) initn: 11098 init1: 11098 opt: 11098 Z-score: 8505.4 bits: 1586.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 11098; 99.879% identity (100.000% similar) in 1649 aa overlap (6-1654:1-1649) 10 20 30 40 50 60 KIAA15 AQCAAMDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTD ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA15 GEDEGASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 GEDEGASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAF 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA15 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