# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj02581s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1537.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1537, 619 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7806600 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0818+/-0.000203; mu= 8.5079+/- 0.011 mean_var=138.3613+/-26.941, 0's: 36 Z-trim: 129 B-trim: 341 in 1/66 Lambda= 0.109035 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|110287949|sp|Q8WXA3.2|RUFY2_HUMAN RecName: Full ( 655) 3993 640.0 6.8e-181 gi|119574679|gb|EAW54294.1| RUN and FYVE domain co ( 641) 3899 625.2 1.9e-176 gi|18266358|gb|AAL67520.1|AF461266_1 RUFY2 [Homo s ( 606) 3892 624.1 3.9e-176 gi|75041144|sp|Q5R5R4.1|RUFY2_PONAB RecName: Full= ( 606) 3885 623.0 8.4e-176 gi|149689926|ref|XP_001503659.1| PREDICTED: RUN an ( 641) 3871 620.8 4e-175 gi|73952767|ref|XP_536370.2| PREDICTED: similar to ( 641) 3869 620.5 5e-175 gi|194042290|ref|XP_001928219.1| PREDICTED: RUN an ( 640) 3846 616.9 6.1e-174 gi|15625568|gb|AAL04164.1|AF411980_1 Run- and FYVE ( 590) 3801 609.8 7.8e-172 gi|194679323|ref|XP_869234.3| PREDICTED: RUN and F ( 672) 3788 607.8 3.5e-171 gi|109509387|ref|XP_001072800.1| PREDICTED: simila ( 606) 3777 606.0 1.1e-170 gi|114631064|ref|XP_521496.2| PREDICTED: hypotheti ( 749) 3760 603.5 8e-170 gi|110287950|sp|Q8R4C2.2|RUFY2_MOUSE RecName: Full ( 606) 3743 600.7 4.4e-169 gi|20278979|gb|AAM18673.1|AF484555_1 RUFY2 [Mus mu ( 606) 3731 598.8 1.6e-168 gi|149043917|gb|EDL97368.1| rCG60936 [Rattus norve ( 590) 3686 591.7 2.2e-166 gi|126272594|ref|XP_001369199.1| PREDICTED: simila ( 733) 3642 584.9 3.1e-164 gi|118092570|ref|XP_421568.2| PREDICTED: similar t ( 606) 3539 568.6 2e-159 gi|119574675|gb|EAW54290.1| RUN and FYVE domain co ( 599) 3530 567.2 5.4e-159 gi|161611426|gb|AAI55636.1| Rufy2 protein [Danio r ( 698) 3136 505.3 2.7e-140 gi|220678695|emb|CAX13880.1| RUN and FYVE domain c ( 698) 3128 504.0 6.5e-140 gi|220678696|emb|CAX13881.1| RUN and FYVE domain c ( 632) 3124 503.3 9.4e-140 gi|134025861|gb|AAI34955.1| Rufy2 protein [Danio r ( 602) 3109 500.9 4.6e-139 gi|118097523|ref|XP_001233376.1| PREDICTED: simila ( 598) 2535 410.6 7e-112 gi|118097525|ref|XP_001233395.1| PREDICTED: simila ( 606) 2533 410.3 8.8e-112 gi|194668613|ref|XP_001790275.1| PREDICTED: RUN an ( 691) 2523 408.8 2.9e-111 gi|126291277|ref|XP_001379084.1| PREDICTED: simila ( 705) 2519 408.2 4.5e-111 gi|73970397|ref|XP_857455.1| PREDICTED: similar to ( 601) 2512 407.0 8.6e-111 gi|119574678|gb|EAW54293.1| RUN and FYVE domain co ( 436) 2508 406.2 1.1e-110 gi|209954682|ref|NP_001094197.1| RUN and FYVE doma ( 711) 2499 405.1 4e-110 gi|81873872|sp|Q8BIJ7.1|RUFY1_MOUSE RecName: Full= ( 712) 2497 404.7 5e-110 gi|11558044|emb|CAC17732.1| FYVE-finger containing ( 600) 2494 404.2 6.1e-110 gi|110282993|sp|Q96T51.2|RUFY1_HUMAN RecName: Full ( 708) 2495 404.4 6.2e-110 gi|158257284|dbj|BAF84615.1| unnamed protein produ ( 600) 2493 404.0 6.9e-110 gi|13958036|gb|AAK50771.1|AF361055_1 RUFY1 [Homo s ( 600) 2492 403.9 7.6e-110 gi|149726595|ref|XP_001497583.1| PREDICTED: simila ( 600) 2489 403.4 1.1e-109 gi|73970383|ref|XP_848829.1| PREDICTED: similar to ( 600) 2489 403.4 1.1e-109 gi|26337621|dbj|BAC32496.1| unnamed protein produc ( 437) 2466 399.6 1.1e-108 gi|26350335|dbj|BAC38807.1| unnamed protein produc ( 437) 2465 399.5 1.2e-108 gi|33340133|gb|AAQ14554.1|AF312367_1 La binding pr ( 708) 2462 399.2 2.2e-108 gi|149412132|ref|XP_001505794.1| PREDICTED: simila ( 700) 2434 394.8 4.7e-107 gi|169642437|gb|AAI60732.1| LOC100158302 protein [ ( 599) 2402 389.7 1.4e-105 gi|154757510|gb|AAI51818.1| RUFY2 protein [Bos tau ( 431) 2382 386.4 9.9e-105 gi|48476351|gb|AAT44401.1| antigen MU-RMS-40.17 [H ( 376) 2378 385.7 1.4e-104 gi|116283416|gb|AAH17645.1| Rufy2 protein [Mus mus ( 402) 2336 379.1 1.4e-102 gi|194376750|dbj|BAG57521.1| unnamed protein produ ( 379) 2148 349.5 1.1e-93 gi|12848230|dbj|BAB27878.1| unnamed protein produc ( 373) 2127 346.2 1.1e-92 gi|47218705|emb|CAG05677.1| unnamed protein produc ( 765) 2108 343.6 1.4e-91 gi|73970385|ref|XP_857210.1| PREDICTED: similar to ( 566) 1958 319.9 1.4e-84 gi|89268143|emb|CAJ81796.1| RUN and FYVE domain co ( 457) 1918 313.5 9.7e-83 gi|163915952|gb|AAI57763.1| Rufy2 protein [Xenopus ( 457) 1911 312.4 2.1e-82 gi|189234819|ref|XP_970297.2| PREDICTED: similar t ( 668) 1784 292.6 2.8e-76 >>gi|110287949|sp|Q8WXA3.2|RUFY2_HUMAN RecName: Full=RUN (655 aa) initn: 3993 init1: 3993 opt: 3993 Z-score: 3403.9 bits: 640.0 E(): 6.8e-181 Smith-Waterman score: 3993; 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