# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04292.fasta.huge -Q ../query/KIAA1505.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1505, 693 aa vs ./tmplib.25089 library 1986812 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2551+/-0.00905; mu= -1.7900+/- 0.610 mean_var=342.3319+/-85.812, 0's: 0 Z-trim: 20 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.069319 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0445 ( 1919 res) hg00102s1 (1919) 283 43.4 0.00023 KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047) 241 38.8 0.003 KIAA1124 ( 1760 res) fg05708 (1760) 230 38.1 0.0087 >>KIAA0445 ( 1919 res) hg00102s1 (1919 aa) initn: 135 init1: 70 opt: 283 Z-score: 170.2 bits: 43.4 E(): 0.00023 Smith-Waterman score: 283; 21.556% identity (57.374% similar) in 617 aa overlap (31-628:712-1303) 10 20 30 40 50 60 KIAA15 SQHGLKIRQVCVCVCVCVCIPYREMEKKKIVLEQEVKTLNDSLKKVENKVSAIVDEKENV : :: ..:...: .... : . .. .. 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KIAA11 KDEDVQRDLEHSLQMEAYERRIRRLEQEKLELSRKLQESTQTVQSLHGSSRALSNS-NRD 480 490 500 510 520 530 150 160 170 180 190 200 KIAA15 RQTQALHQRLLLEKIISEM-ESKLVEQQLAEENKLLKEQENMKELVVNLLRMTQIKIDEK .. . :.... :.. ... .:. .:.:: . : .:.:. . . .: .. .. .:: KIAA11 KEIKKLNEEI--ERLKNKIADSNRLERQLEDTVALRQEREDSTQRLRGLEKQHRVVRQEK 540 550 560 570 580 590 210 220 230 240 250 260 KIAA15 EQKSKDFLKAQQKYTNIVKEMKAKDLEIRIHKKKKCEIYRRLREF-AKLYDTIRNERNKF :. :....:... . .::.: . .. .. :. .:. :. :. . :. :.: KIAA11 EELHKQLVEASERLKSQAKELKDAHQQRKLALQEFSELNERMAELRAQKQKVSRQLRDKE 600 610 620 630 640 650 270 280 290 300 310 320 KIAA15 VNLLHKAHQKVNEIKERHKMSLNELEILRNSAVSQERKLQNSMLKHANNVTIRESMQNDV .. . : :::. .... . . : ::. : .:.... . ... .:: .: KIAA11 EEM-EVATQKVDAMRQEMRRA----EKLRK---ELEAQLDDAVAEASKERKLREHSENFC 660 670 680 690 700 330 340 350 360 370 380 KIAA15 RKIVSKLQEMKEKKEAQLNNIDRLANTITMIEEEMVQLRKRYEKAVQHRNESGVQLIERE ... :.:. .: :. . : :.. ..:. ..... :: : .: .:..:: KIAA11 KQMESELEALKVKQGG------RGAGATLEHQQEISKIKSELEKKVLFYEE---ELVRRE 710 720 730 740 750 390 400 410 420 430 440 KIAA15 E----EICIFYEKINIQEKMKLNGEIEIHLLEEKIQFLKMKIAEKQRQICVTQKLLPAKR :. .... .:. .: . :: .:..:.. : : ..:. . . . : KIAA11 ASHVLEVKNVKKEVHDSESHQLALQKEILMLKDKLE--KSK---RERHNEMEEAVGTIKD 760 770 780 790 800 450 460 470 480 490 500 KIAA15 SLDADLAVLQIQFSQCTDRIKDLEKQFVKPDGENRARFLPGKDLTEKEMIQKLDKLELQL . . . :.: . .. : . . : . : ..:: .::. :. ... . : :. 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KIAA11 KFRADTGLKLPDFQDSIFEYFNTAPLAHDLTFRTSSASEQETQAPKPEASPSMSVAASEQ 990 1000 1010 1020 1030 1040 670 680 690 KIAA15 KPYGALAPFKPSEPGANMRHIRKPVIKPVEI . : : .:: KIAA11 QEDMARPPQRPSAVPLPTTQALALAGPKPKAHQFSIKSFSSPTQCSHCTSLMVGLIRQGY 1050 1060 1070 1080 1090 1100 693 residues in 1 query sequences 1986812 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:05:56 2008 done: Thu Dec 18 15:05:57 2008 Total Scan time: 0.550 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]