# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj08187.fasta.huge -Q ../query/KIAA1491.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1491, 757 aa vs ./tmplib.24314 library 1986748 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5255+/-0.0101; mu= -28.1399+/- 0.679 mean_var=493.7014+/-118.864, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.057722 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0144 ( 983 res) ha03843 ( 983) 1257 119.6 1.5e-27 >>KIAA0144 ( 983 res) ha03843 (983 aa) initn: 1047 init1: 414 opt: 1257 Z-score: 586.4 bits: 119.6 E(): 1.5e-27 Smith-Waterman score: 1566; 47.087% identity (71.024% similar) in 635 aa overlap (5-604:353-968) 10 20 30 KIAA14 LAPPKMANITSSQILDQLK-APSLGQFTTTPSTQ : .. :.::.:.:.: : .:.:... KIAA01 AISQPASGNTFSHHSMVSMLGKGFGDVGEAKGGSTTGSQFLEQFKTAQALAQLAA----- 330 340 350 360 370 40 50 60 70 80 90 KIAA14 QNSTSHPTTTTSWDLKPPTSQSSVLSHLDFKSQPEPSPVLSQLSQRQQHQSQAVTVPPPG :.: : :::.:::. :.:: : . :.:. : : : : ...:: ... . KIAA01 QHSQSGSTTTSSWDMGS-TTQSPSLVQYDLKN-PSDSAVHSPFTKRQAFTPSSTMMEVFL 380 390 400 410 420 430 100 110 120 130 140 150 KIAA14 LESFPSQAKLRESTPGDS---PSTVNKLLQLPSTTIENISVSVHQPQPKHIKLAKRRIPP :. :. : . : : :: .. :. . .: : : :: ...: :.. KIAA01 QEKSPAVATSTAAPPPPSSPLPSKSTSAPQMSPGSSDNQSSS-PQPAQQKLKQQKKKASL 440 450 460 470 480 490 160 170 180 190 200 KIAA14 ASKIPASAVEMPGSADVTGLNVQFGALEFGSEPSLSEFGSAPS-SENSNQIPISLYSKSL .::::: :::::::::..:::.:::::.::::: ::.. :.:. : .:.: : :::... KIAA01 TSKIPALAVEMPGSADISGLNLQFGALQFGSEPVLSDYESTPTTSASSSQAPSSLYTSTA 500 510 520 530 540 550 210 220 230 240 250 260 KIAA14 SEPLNTSLSMTSAVQNSTYTTSVITSCSLTSSSLNSASPVAMSSSYDQSSVHNRIPYQSP :: .: : : :.: : .. : : . ::.. :. .:. :.: :...: : : KIAA01 SESSSTISSNQS--QESGYQSGPIQSTTYTSQN-NAQGPL-----YEQRSTQTR-RYPSS 560 570 580 590 600 270 280 290 300 310 320 KIAA14 VSSSESAPGT-IMNGHGGGRSQQTLDTPKTTGPP-SAL----PSVSSLPS---TTSCTAL .::: . : :: .. .. : : .. : ::. ::.::.: :.: ..: KIAA01 ISSSPQKDLTQAKNGFSSVQATQLQTTQSVEGATGSAVKSDSPSTSSIPPLNETVSAASL 610 620 630 640 650 660 330 340 350 360 KIAA14 LPSTSQHT---GDLTSS---P---LSQLSSSLSSHQSSLSAHAALSSSTSHT--HASVES : .:.::. : :. : : .: ::.::..:..::. .. . ... : :.:::: KIAA01 LTTTNQHSSSLGGLSHSEEIPNTTTTQHSSTLSTQQNTLSSSTSSGRTSTSTLLHTSVES 670 680 690 700 710 720 370 380 390 400 410 420 KIAA14 -ASSHQSSATFSTAATSVSSSASSGVSLSSSMNTANSLCLGGTPASASSSSSRAAPLVTS :. :.::.::::....::. ::.:::.:...:: :. :. ..:.:.. .:: KIAA01 EANLHSSSSTFSTTSSTVSAPPPV-VSVSSSLNSGSSLGLSLGSNSTVTASTRSSVATTS 730 740 750 760 770 780 430 440 450 460 470 480 KIAA14 GKAPPNLPQGVPPLLHNQYLVGPGGLLPAYP--IYGYDELQMLQSRLPVDYYGIPFAAPT :::::::: :::::: : :...:: :: ::: .::::.:::::.:.:.:::.::: .:: KIAA01 GKAPPNLPPGVPPLLPNPYIMAPG-LLHAYPPQVYGYDDLQMLQTRFPLDYYSIPFPTPT 790 800 810 820 830 840 490 500 510 520 530 540 KIAA14 A-LASRDGSLANNPYPGDVTKFGRGDSASPAPATTPAQPQQSQSQTHHTAQQPFVNPALP . :..::::::.::: ::.:::::::..::::::: :::::.:.:::::.:: :.::::: KIAA01 TPLTGRDGSLASNPYSGDLTKFGRGDASSPAPATTLAQPQQNQTQTHHTTQQTFLNPALP 850 860 870 880 890 900 550 560 570 580 590 KIAA14 PGYSYTGLPYYTG---MPSAFQYGPTMF-VPPASAKQHGVNLST--PTPPFQQASGYGQH ::::::.:::::: .::.:::::..: : :.:.::::::.:. . :::: ::::.: KIAA01 PGYSYTSLPYYTGVPGLPSTFQYGPAVFPVAPTSSKQHGVNVSVNASATPFQQPSGYGSH 910 920 930 940 950 960 600 610 620 630 640 650 KIAA14 GYSTGYDDLTQGTAAGDYSKGGYAGSSQAPNKSAGSGPGKGVSVSSSTTGLPDMTGSVYN ::.:: KIAA01 GYNTGRKYPPPYKHFWTAES 970 980 757 residues in 1 query sequences 1986748 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:24:35 2008 done: Thu Dec 18 15:24:35 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]