# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj05212.fasta.huge -Q ../query/KIAA1478.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1478, 570 aa vs ./tmplib.24314 library 1986935 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7220+/-0.0058; mu= 18.4590+/- 0.395 mean_var=117.3851+/-27.402, 0's: 0 Z-trim: 22 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.118377 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0621 ( 753 res) hg04539 ( 753) 354 71.5 2.6e-13 KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944) 339 69.5 2.6e-12 KIAA1501 ( 735 res) hh12863 ( 735) 325 66.5 8e-12 KIAA0672 ( 824 res) hk02382 ( 824) 284 59.6 1.1e-09 KIAA1204 ( 1445 res) fg03451 (1445) 285 60.1 1.3e-09 KIAA0053 ( 666 res) ha01417 ( 666) 281 59.0 1.4e-09 KIAA0712 ( 1770 res) hg04169 (1770) 284 60.1 1.7e-09 KIAA0782 ( 1281 res) hk05405s1 (1281) 268 57.2 9.3e-09 KIAA1722 ( 1499 res) pf00674s1 (1499) 260 55.9 2.6e-08 KIAA0131 ( 942 res) ha01235 ( 942) 254 54.6 4.1e-08 KIAA0223 ( 1165 res) ha02995 (1165) 244 53.0 1.5e-07 KIAA0411 ( 1061 res) hg02120 (1061) 230 50.5 7.5e-07 KIAA0189 ( 1132 res) ha02928 (1132) 218 48.5 3.2e-06 KIAA0456 ( 1095 res) hg00633 (1095) 212 47.5 6.4e-06 KIAA1314 ( 681 res) fh12718 ( 681) 209 46.7 7e-06 KIAA0580 ( 1631 res) hj00601s1 (1631) 210 47.4 1e-05 KIAA1304 ( 1051 res) fh04032 (1051) 207 46.6 1.1e-05 KIAA1723 ( 1554 res) pf00881 (1554) 206 46.7 1.6e-05 KIAA1688 ( 1094 res) fh26207 (1094) 194 44.4 5.4e-05 KIAA1391 ( 1194 res) hh12985 (1194) 183 42.6 0.00021 KIAA0013 ( 1086 res) ha00450s1 (1086) 182 42.4 0.00022 >>KIAA0621 ( 753 res) hg04539 (753 aa) initn: 346 init1: 175 opt: 354 Z-score: 330.8 bits: 71.5 E(): 2.6e-13 Smith-Waterman score: 354; 31.020% identity (62.857% similar) in 245 aa overlap (302-538:330-568) 280 290 300 310 320 330 KIAA14 PCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNEIEQRGLTETGLYRISGCDRTV ::. .:.. .: ::..: ::::: : . : KIAA06 MEAMDGREPVYNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIVGVNSRV 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 KIAA14 KELKEKFLRVKTVPLLSKVD-----DIHAICSLLKDFLRNLKEPLLTFRLNRAFMEAAEI ..: .. ::. ...: .:..: : :: .:: : ::. ....:.:..::.. 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KIAA14 TNDKYADFIEANRKEDPLDRLKTLKRLIHDLPEHHYETLKFLSAHLKTVAENSEKNKMEP 1230 1240 1250 1260 1270 1280 440 450 460 470 480 490 KIAA14 ANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQENIDPL ::: :::::.: . : . :. . : :.:: :.. . : ...:. .:: KIAA14 RNLAIVFGPTLVRTSEDNM--THMVTHMPDQYKIVETLIQ--HHDW---FFTEEGAEEPL 1290 1300 1310 1320 1330 500 510 520 530 540 550 KIAA14 HVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKNTPRFGSKS .... .. .. .:.: KIAA14 TTVQEESTVDSQPVPNIDHLLTNIGRTGVSPGDVSDSATSDSTKSKGSWGSGKDQYSREL 1340 1350 1360 1370 1380 1390 >>KIAA1501 ( 735 res) hh12863 (735 aa) initn: 360 init1: 140 opt: 325 Z-score: 304.2 bits: 66.5 E(): 8e-12 Smith-Waterman score: 337; 27.231% identity (51.030% similar) in 437 aa overlap (69-470:255-681) 40 50 60 70 80 90 KIAA14 QLIREMLMCDTSGSIQLSEEQKSALAFLNRGQPSSSNAGNKRLSTIDESGSILSDISFDK : ...: .:: :: : : . .::: . 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KIAA15 EKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHMPD---RYKIVETLIQHSDWFFSDEEDK 640 650 660 670 680 690 490 500 510 520 530 540 KIAA14 EQENIDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKN KIAA15 GERTPVGDKEPQAVPNIEYLLPNIGRTVPPGDPGSADLLEI 700 710 720 730 >>KIAA0672 ( 824 res) hk02382 (824 aa) initn: 255 init1: 174 opt: 284 Z-score: 265.8 bits: 59.6 E(): 1.1e-09 Smith-Waterman score: 284; 29.048% identity (63.333% similar) in 210 aa overlap (307-508:281-483) 280 290 300 310 320 330 KIAA14 LIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNEIEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKE ::. . . :. : ::.:.. .:.:: KIAA06 EAWVEKPSFGKPLEEHLTISGREIAFPIEACVTMLLECGMQEEGLFRVAPSASKLKKLKA 260 270 280 290 300 310 340 350 360 370 380 390 KIAA14 KFLRVKTVPLLSKVDDIHAICSLLKDFLRNLKEPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAM : .: . : ::: . ::..::.: :::.::.: ...:... ..:... :. KIAA06 A-LDCCVVDVQEYSADPHAIAGALKSYLRELPEPLMTFELYDEWIQASNVQEQDKKLQAL 320 330 340 350 360 400 410 420 430 440 450 KIAA14 YQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVAQSPHT-KMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTM ..: .::.::.... .:. :..... . :: .:.: :.::... . . . . : KIAA06 WNACEKLPKANHNNIRYLIKFLSKLSEYQDVNKMTPSNMAIVLGPNLLWPQAEG-NITEM 370 380 390 400 410 420 460 470 480 490 500 KIAA14 LQDIKRQP-KVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQE-NI-----DPLHVIENSNAFSTPQTPDI . .. : ..: .. .. . :. : : :: .:.:: .:.: : : .::. KIAA06 MTTVSLQIVGIIEPII----QHADWFFPGEIEFNITGNYGSPVHVNHNANYSSMP-SPDM 430 440 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 KIAA14 KVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKNTPRFGSKSKSATNLGRQGNFFASPM KIAA06 DPADRRQPEQARRPLSVATDNMMLEFYKKDGLRKIQSMGVRVMDTNWVARRGSSAGRKVS 490 500 510 520 530 540 >>KIAA1204 ( 1445 res) fg03451 (1445 aa) initn: 195 init1: 165 opt: 285 Z-score: 264.3 bits: 60.1 E(): 1.3e-09 Smith-Waterman score: 294; 26.603% identity (58.333% similar) in 312 aa overlap (289-564:24-329) 260 270 280 290 300 310 KIAA14 VVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNEIEQRGLTE :.... ... .: .. :.. :: .:... KIAA12 LMKNKGAKQKLKRKGAASAFGCDLTEYLESSGQDVPYVLKSCAEFIETHGIVD 10 20 30 40 50 320 330 340 350 360 370 KIAA14 TGLYRISGCDRTVKELKEKFLRVKTVPLLSKV--DDIHAICSLLKDFLRNLKEPLLTFRL :.::.:: ....:...: . : .: .::: . :: : ..:.: .::::..: KIAA12 -GIYRLSGVTSNIQRLRQEFGSDQCPDLTREVYLQDIHCVGSLCKLYFRELPNPLLTYEL 60 70 80 90 100 110 380 390 400 410 420 430 KIAA14 NRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVAQ-SPHTKMDVANLA . : ::. :....: . ... ::: .. :: .:. :: ..:. : .:.: . ::: KIAA12 YEKFTEAVSHCPEEGQLARIQNVIQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLA 120 130 140 150 160 170 440 450 460 470 480 KIAA14 KVFGPTIV----AHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQENID-- :..:... .:. ...: .. : :.: .:. . ... :: . KIAA12 LVWAPNLLRSKEIEATGCNGDAAFLA-VRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENR 180 190 200 210 220 230 490 500 510 520 KIAA14 -------------PLHVI--ENSNAFST----PQTPDIKVSLLGPVTTPE----HQLLKT :.... :...: : : . . . : .. : : .:. KIAA12 PIMKSLTLPALSLPMKLVSLEEAQARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLEL 240 250 260 270 280 290 530 540 550 560 570 KIAA14 PSS----SSLSQRVRSTLTKNTPRFGSKSKSATNLGRQGNFFASPMLK :.. :: :.. .: . : : :: ::: .:.:.:. : KIAA12 PDNKRKLSSKSKKWKSIF--NLGRSGSDSKS--KLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKS 300 310 320 330 340 KIAA12 MDSLCSVPVEGKETKGNFNRTVTTGGFFIPATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPG 350 360 370 380 390 400 >>KIAA0053 ( 666 res) ha01417 (666 aa) initn: 81 init1: 57 opt: 281 Z-score: 264.0 bits: 59.0 E(): 1.4e-09 Smith-Waterman score: 281; 25.000% identity (60.821% similar) in 268 aa overlap (279-539:172-427) 250 260 270 280 290 300 KIAA14 KLSLKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVS---QTSP-MIPSIV ::: . : . :. . .: ..: .: KIAA00 QNRMGQDSYVLMASSQAEMEEWVKFLRRVAGTPCGVFGQRLDETVAYEQKFGPHLVPILV 150 160 170 180 190 200 310 320 330 340 350 360 KIAA14 VHCVNEIEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLRVKTVPLLSKVDDIHAICSLLKDFL .:.. : ..: .: :..:. : : ::.:.. : . : ... :.:.. :::: .: KIAA00 EKCAEFILEHGRNEEGIFRLPGQDNLVKQLRDAF-DAGERPSFDRDTDVHTVASLLKLYL 210 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 420 KIAA14 RNLKEPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAA--MYQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVA :.: ::.. . ..:. ...:. :.. : ... .. ::. : . :... :... KIAA00 RDLPEPVVPWSQYEGFLLCGQLTNADEAKAQQELMKQLSILPRDNYSLLSYICRFLHEIQ 270 280 290 300 310 320 430 440 450 460 470 480 KIAA14 QS-PHTKMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFM . .::.: ::: :.: ... : ::.... . :.. .:.... .. . . 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