# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj01953.fasta.huge -Q ../query/KIAA1470.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1470, 564 aa vs ./tmplib.24314 library 1986941 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6796+/-0.0048; mu= 12.5523+/- 0.323 mean_var=168.4213+/-39.247, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.098827 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054) 346 61.9 2.8e-10 KIAA1593 ( 953 res) fj09260 ( 953) 334 60.1 8.6e-10 KIAA1417 ( 1379 res) fh14782 (1379) 276 52.1 3.3e-07 KIAA1563 ( 1658 res) fh20460s1 (1658) 249 48.4 5.2e-06 >>KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054 aa) initn: 320 init1: 263 opt: 346 Z-score: 276.5 bits: 61.9 E(): 2.8e-10 Smith-Waterman score: 452; 29.096% identity (58.192% similar) in 354 aa overlap (171-507:10-334) 150 160 170 180 190 KIAA14 GSKCKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQ-----NLWG----PHRYGCLAGVR : .::: :: : :. : .. KIAA00 KIRTMLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRS 10 20 30 200 210 220 230 240 250 KIAA14 VRTVVSGSCAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAAC :. :. : . ::... .:.... : : :::::: .. . :. : .:. . :. .:: KIAA00 VKEVACG--GNHSVFLLEDGEVYTCGLNTKGQLGH--EREGNKPEQIGALADQHIIHVAC 40 50 60 70 80 90 260 270 280 290 300 310 KIAA14 GRNHTLALTETGSVFAFGENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIM-YNGQPITKMACGAEFSMI :..:.:::.. :..:..: .. ::::: . :.: : :. : : : ...:: . KIAA00 GESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLA 100 110 120 130 140 150 320 330 340 350 360 370 KIAA14 MDCKGNLYSFGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVP . :.....: .:::: :: :. . :.:: .. .: .: KIAA00 LAADGQFFTWGKNSHGQLGL---GK--------EFPSQASPQRV-----RSLEG----IP 160 170 180 190 380 390 400 410 420 430 KIAA14 NVVVRDVACGANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQ . .:: :. :...:. . ::.::... :.:: ...::. : :::. . . KIAA00 ---LAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLRT--QKVVY 200 210 220 230 240 250 440 450 460 470 480 KIAA14 IYAGYTCSFAVSEVGGLFFWGATNT------SRESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKSSI : : . .... ::.: .:: . : .. . :. : .: : .. ..:::.. KIAA00 ISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHT 260 270 280 290 300 310 490 500 510 520 530 540 KIAA14 IVAADESTISWG-PSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIAR .. . : . .. . :.:: : KIAA00 LAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFKYHIVKQ 320 330 340 350 360 370 >>KIAA1593 ( 953 res) fj09260 (953 aa) initn: 445 init1: 264 opt: 334 Z-score: 267.7 bits: 60.1 E(): 8.6e-10 Smith-Waterman score: 402; 31.646% identity (62.869% similar) in 237 aa overlap (195-427:35-246) 170 180 190 200 210 220 KIAA14 PKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAA-HSLLITTEGKLWSWGRNEKGQ .:. .:. ::: .. .... ::.:. :: KIAA15 KIMCVDSLVRICSGLSYGRIRNIKSLSDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQ 10 20 30 40 50 60 230 240 250 260 270 280 KIAA14 LGHG-DTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLALTETGSVFAFGENKMGQLGLGNQT :: : : :. .:.:...: ....: : :...:: .:..:..:.::.:::::.... KIAA15 LGLGTDCKKQTSPQLLKSLLGIPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDEN 70 80 90 100 110 120 290 300 310 320 330 340 KIAA14 DA-VPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYSFGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQ : ::. . . . : :. . :: . . . .:....:: :::::::: .. KIAA15 DRYVPNLLKSLRS-QKIVYICCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSH------ 130 140 150 160 170 350 360 370 380 390 400 KIAA14 RIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVACGANHTLVL-DSQKRVFSWGFGG :. ::.: . . . .: ..::: .:: .. :. :..:.:.:: KIAA15 ------EINPRKV------------FELMGSIVTEIACGRQHTSAFVPSSGRIYSFGLGG 180 190 200 210 410 420 430 440 450 460 KIAA14 YGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSFAVSEVGGLFFWGATNTSREST :.:: . ... : :: .: : KIAA15 NGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKRIFSGGDQSFSHYSSPQN 220 230 240 250 260 270 >>KIAA1417 ( 1379 res) fh14782 (1379 aa) initn: 227 init1: 227 opt: 276 Z-score: 221.4 bits: 52.1 E(): 3.3e-07 Smith-Waterman score: 299; 27.586% identity (55.517% similar) in 290 aa overlap (188-466:201-464) 160 170 180 190 200 210 KIAA14 LIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAHSLLITTEGKLWSWG .:. .. :: : ::.... .:.... : KIAA14 YTWGDNTNFTLGHGSQNSKHHPELVDLFSRSGIYIKQVVL--CKFHSVFLSQKGQVYTCG 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 KIAA14 RNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLALTETGSVFAFGENKMGQLG .. :.::::: . .:::.:::. . ..: ...::..::: : :..:: : . ::: KIAA14 HGPGGRLGHGDEQTCLVPRLVEGLNGHNCSQVAAAKDHTVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLG 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 KIAA14 LGNQTDAVPSPAQIM---YNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYSFGCPEYGQLGH--NS . .. : ::. .:. : .: : .: .. . .:..: . :::: . KIAA14 IIPPPSSCNVPRQIQAKYLKGRTIIGVAAG-RFHTVLWTREAVYTMGL-NGGQLGCLLDP 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 KIAA14 DGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPN----VVVRDVACGANHTLVLD .:. . : : : . .:. . ..:: . : . .. : : . :. KIAA14 NGEKCVTAPR--QVSALHHKDIALSLVAASDGATVCVTTRGDIYLLADYQCKKMASKQLN 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 440 KIAA14 SQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSFAVSEVGGLF :.:. : :: : : . :. .: :...: : .:.. .: .: KIAA14 -LKKVLVSG-------GHMEYKVD--PEHLKE-----NGGQKI-----CILAMDGAGRVF 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 KIAA14 FWGATNTSREST--MYPKAVQDLCGWRIRSLACGKSSIIVAADESTISWGPSPTFGELGY : ..:.: .. ::. : KIAA14 CWRSVNSSLKQCRWAYPRQVFISDIALNRNEILFVTQDGEGFRGRWFEEKRKSSEKKEIL 450 460 470 480 490 500 >>KIAA1563 ( 1658 res) fh20460s1 (1658 aa) initn: 239 init1: 211 opt: 249 Z-score: 199.8 bits: 48.4 E(): 5.2e-06 Smith-Waterman score: 249; 28.270% identity (55.696% similar) in 237 aa overlap (114-334:430-656) 90 100 110 120 130 140 KIAA14 CSSSSGGGSSGDEDGLELDGAPGGGKRAARPATAGKAGGAAVVITE--PEHTKERVKLEG : .: .:.... : . .:.:: :. KIAA15 CASAVGVRVAATYEAGALSLKKVMNFYSTTPCETGAQAGSSAIGPEGLKDSREEQVKQES 400 410 420 430 440 450 150 160 170 180 190 KIAA14 SKCKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWG---PHRYGCLAGVRVRTVV-- . : . .:. .: . .. : .: . :. : :..:::: KIAA15 MQ--------GKKSSSLVDIREEETEGGSRRLSLPGLLSQVSPRLLRKAARVKTRTVVLT 460 470 480 490 500 510 200 210 220 230 240 250 KIAA14 -SGSCAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNH . : : .:: . . ..:.::....:::::::. : .. :. . .. : : KIAA15 PTYSGEADALLPSLRTEVWTWGKGKEGQLGHGDVLPRLQPLCVKCLDGKEVIHLEAGGYH 520 530 540 550 560 570 260 270 280 290 300 310 KIAA14 TLALTETGSVFAFGENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIMY-NGQPITKMACGAEFSMIM--- .:::: ..:...: : .:::: .. .:: :.: :: . ..: : ..:... KIAA15 SLALTAKSQVYSWGSNTFGQLGHSDFPTTVPRLAKISSENG--VWSIAAGRDYSLFLVDT 580 590 600 610 620 320 330 340 350 360 KIAA14 -DCKGNLYSFGC--PEYGQ-LGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQIL : . .:: : : :. : .: .: KIAA15 EDFQPGLYYSGRQDPTEGDNLPENHSGSKTPVLLSCSKLGYISRVTAGKDSYLALVDKNI 630 640 650 660 670 680 564 residues in 1 query sequences 1986941 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:45 2008 done: Thu Dec 18 15:23:46 2008 Total Scan time: 0.480 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]